EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSSHAG00000008925 (Gene tree)
Gene ID: 100932638
Gene Symbol: APOBEC1
Alias: APOBEC-1|BEDP|CDAR1|HEPR
Full Name: apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 1
Gene Type: protein_coding
Species: Sarcophilus_harrisii
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 5316 bases
Position: chrGL861611.1:481548-486863
Accession: 604
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSSHAP00000010336	APOBEC_N	PF08210.11	7.8e-29	1	1
ENSSHAP00000010336	APOBEC_C	PF05240.14	6.9e-24	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSSHAT00000010426	APOBEC1-201	1830	-	ENSSHAP00000010336	228 (aa)	-	G3W4I1

Gene Model

Click here to download ENSSHAG00000008925's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSSHAG00000008925's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	69.604	ENSG00000111701	APOBEC1	96	69.604	Homo_sapiens
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	69.163	ENSAMEG00000007098	APOBEC1	96	69.163	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	72	41.818	ENSACAG00000028578	-	90	41.818	Anolis_carolinensis
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	69.163	ENSANAG00000027743	APOBEC1	92	69.163	Aotus_nancymaae
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	62.555	ENSBTAG00000014683	APOBEC1	96	62.555	Bos_taurus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	97	70.136	ENSCJAG00000005398	APOBEC1	100	70.136	Callithrix_jacchus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	69.163	ENSCAFG00000013901	APOBEC1	96	69.163	Canis_familiaris
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	66.814	ENSCAFG00020003511	APOBEC1	95	66.814	Canis_lupus_dingo
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	61.674	ENSCHIG00000011898	APOBEC1	94	61.674	Capra_hircus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	61	70.504	ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	70.504	Carlito_syrichta
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	94	62.150	ENSCAPG00000015882	-	99	62.150	Cavia_aperea
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	61.504	ENSCPOG00000033068	APOBEC1	96	61.504	Cavia_porcellus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	69.163	ENSCCAG00000022258	APOBEC1	96	69.163	Cebus_capucinus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.044	ENSCATG00000021613	APOBEC1	92	70.044	Cercocebus_atys
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	96	62.727	ENSCLAG00000014645	APOBEC1	96	62.727	Chinchilla_lanigera
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	83	69.474	ENSCSAG00000009817	APOBEC1	99	69.474	Chlorocebus_sabaeus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	77	47.753	ENSCPBG00000014335	-	72	47.753	Chrysemys_picta_bellii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	89	46.190	ENSCPBG00000014328	-	92	46.190	Chrysemys_picta_bellii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	77	45.556	ENSCPBG00000017398	-	79	45.556	Chrysemys_picta_bellii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	78	45.304	ENSCPBG00000014331	-	75	45.304	Chrysemys_picta_bellii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	86	48.980	ENSCPBG00000014329	-	54	48.980	Chrysemys_picta_bellii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	88	45.813	ENSCPBG00000014327	-	76	45.813	Chrysemys_picta_bellii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.044	ENSCANG00000038359	APOBEC1	99	70.044	Colobus_angolensis_palliatus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	96	63.927	ENSCGRG00001011130	Apobec1	96	63.927	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	96	63.927	ENSCGRG00000008644	Apobec1	96	63.927	Cricetulus_griseus_crigri
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	68.722	ENSDNOG00000010926	APOBEC1	96	68.722	Dasypus_novemcinctus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	93	57.477	ENSDORG00000023717	Apobec1	100	57.477	Dipodomys_ordii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	69.469	ENSETEG00000004867	APOBEC1	96	69.469	Echinops_telfairi
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.044	ENSEASG00005015951	APOBEC1	95	70.044	Equus_asinus_asinus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	83	67.895	ENSECAG00000017163	APOBEC1	99	67.895	Equus_caballus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	96	57.466	ENSEEUG00000009112	-	98	57.466	Erinaceus_europaeus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	90	47.805	ENSEEUG00000007530	-	98	47.805	Erinaceus_europaeus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.925	ENSFCAG00000009350	APOBEC1	96	70.925	Felis_catus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	62	45.775	ENSFALG00000007257	-	70	45.775	Ficedula_albicollis
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	91	52.174	ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	52.174	Fukomys_damarensis
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	70	51.852	ENSGAGG00000004947	-	80	51.852	Gopherus_agassizii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	88	48.020	ENSGAGG00000011837	-	87	49.701	Gopherus_agassizii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	75	48.538	ENSGAGG00000006624	-	62	48.538	Gopherus_agassizii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	75	43.678	ENSGAGG00000021745	-	64	43.678	Gopherus_agassizii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	86	43.655	ENSGAGG00000021744	-	77	43.655	Gopherus_agassizii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	58.850	ENSHGLG00000001495	APOBEC1	96	58.850	Heterocephalus_glaber_female
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	58.850	ENSHGLG00100002187	APOBEC1	96	58.850	Heterocephalus_glaber_male
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	94	54.884	ENSSTOG00000021971	APOBEC1	100	74.490	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	96	65.753	ENSJJAG00000022108	Apobec1	96	65.753	Jaculus_jaculus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	98	69.955	ENSLAFG00000030837	APOBEC1	100	69.955	Loxodonta_africana
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.044	ENSMFAG00000000277	APOBEC1	99	69.474	Macaca_fascicularis
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.485	ENSMNEG00000029670	APOBEC1	96	70.485	Macaca_nemestrina
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.044	ENSMLEG00000036301	APOBEC1	96	70.044	Mandrillus_leucophaeus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	95	64.352	ENSMAUG00000022167	Apobec1	97	64.352	Mesocricetus_auratus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	67.841	ENSMICG00000043645	APOBEC1	97	68.018	Microcebus_murinus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	100	83.333	ENSMODG00000018004	APOBEC1	97	83.333	Monodelphis_domestica
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	96	63.303	ENSMUSG00000040613	Apobec1	95	63.303	Mus_musculus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	96	62.385	MGP_PahariEiJ_G0022580	-	95	62.385	Mus_pahari
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	96	63.303	MGP_SPRETEiJ_G0029857	Apobec1	95	63.303	Mus_spretus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	66.520	ENSMPUG00000017532	APOBEC1	96	66.520	Mustela_putorius_furo
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	96	63.182	ENSNGAG00000022607	Apobec1	96	63.182	Nannospalax_galili
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	69.604	ENSNLEG00000005342	APOBEC1	96	69.604	Nomascus_leucogenys
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	84.581	ENSMEUG00000013406	APOBEC1	96	84.581	Notamacropus_eugenii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	78	55.367	ENSOPRG00000009508	-	98	55.367	Ochotona_princeps
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	65.487	ENSOCUG00000025736	APOBEC1	85	65.487	Oryctolagus_cuniculus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.925	ENSOGAG00000026415	APOBEC1	96	70.925	Otolemur_garnettii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	62.555	ENSOARG00000002072	APOBEC1	95	62.555	Ovis_aries
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	65.639	ENSPPAG00000027657	APOBEC1	96	65.639	Pan_paniscus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.485	ENSPPRG00000012182	APOBEC1	96	70.485	Panthera_pardus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.485	ENSPTIG00000020280	APOBEC1	96	70.485	Panthera_tigris_altaica
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.485	ENSPTRG00000004614	APOBEC1	96	70.485	Pan_troglodytes
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.044	ENSPANG00000021027	APOBEC1	96	70.044	Papio_anubis
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	55	48.649	ENSPSIG00000012791	-	71	48.649	Pelodiscus_sinensis
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	76	45.402	ENSPSIG00000012568	-	75	45.402	Pelodiscus_sinensis
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	96	63.470	ENSPEMG00000023841	Apobec1	96	63.470	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	100	91.667	ENSPCIG00000023973	APOBEC1	97	91.667	Phascolarctos_cinereus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	70.044	ENSPPYG00000004228	APOBEC1	92	70.044	Pongo_abelii
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	78	71.348	ENSPCAG00000008733	APOBEC1	95	71.348	Procavia_capensis
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	97	68.468	ENSPCOG00000013957	APOBEC1	98	68.468	Propithecus_coquereli
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	55.947	ENSPVAG00000010709	APOBEC1	96	55.947	Pteropus_vampyrus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	96	62.844	ENSRNOG00000015411	Apobec1	95	62.844	Rattus_norvegicus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	69.604	ENSRBIG00000031161	APOBEC1	96	69.604	Rhinopithecus_bieti
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	69.604	ENSRROG00000033576	APOBEC1	99	68.947	Rhinopithecus_roxellana
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	76	72.254	ENSSBOG00000030587	APOBEC1	98	72.254	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	57	65.116	ENSSARG00000011972	-	98	65.116	Sorex_araneus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	75	58.721	ENSSARG00000000032	-	100	58.721	Sorex_araneus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	93	41.395	ENSSPUG00000009044	-	82	41.395	Sphenodon_punctatus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	65.198	ENSSSCG00000000668	APOBEC1	96	65.198	Sus_scrofa
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	63	46.528	ENSTGUG00000013118	-	99	46.528	Taeniopygia_guttata
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	97	64.253	ENSTBEG00000010043	APOBEC1	94	64.253	Tupaia_belangeri
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	78	65.169	ENSTTRG00000014015	APOBEC1	95	65.169	Tursiops_truncatus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	68.282	ENSUAMG00000011636	APOBEC1	93	68.282	Ursus_americanus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	68.282	ENSUMAG00000016552	APOBEC1	93	68.282	Ursus_maritimus
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	64.758	ENSVPAG00000001343	APOBEC1	96	64.758	Vicugna_pacos
ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	68.722	ENSVVUG00000010522	APOBEC1	96	68.722	Vulpes_vulpes