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PPI

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Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSSPUG00000015741 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Sphenodon_punctatus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 48560 bases
Position: chrQEPC01001423.1:7635968-7684527
Accession: 7330
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSSPUP00000020532	RRM_1	PF00076.22	2.3e-34	1	2
ENSSPUP00000020532	RRM_1	PF00076.22	2.3e-34	2	2
ENSSPUP00000020510	RRM_1	PF00076.22	2.4e-34	1	2
ENSSPUP00000020510	RRM_1	PF00076.22	2.4e-34	2	2
ENSSPUP00000020521	RRM_1	PF00076.22	2.8e-34	1	2
ENSSPUP00000020521	RRM_1	PF00076.22	2.8e-34	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSSPUT00000021873	MSI1-203	3054	-	ENSSPUP00000020532	351 (aa)	-	-
ENSSPUT00000021861	MSI1-202	3133	-	ENSSPUP00000020521	373 (aa)	-	-
ENSSPUT00000021850	MSI1-201	2984	-	ENSSPUP00000020510	352 (aa)	-	-

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSSPUG00000015741	MSI1	50	43.750	ENSSPUG00000015955	HNRNPA2B1	62	41.341
ENSSPUG00000015741	MSI1	54	41.579	ENSSPUG00000005423	HNRNPA3	72	38.596
ENSSPUG00000015741	MSI1	51	35.616	ENSSPUG00000006688	TARDBP	67	35.616
ENSSPUG00000015741	MSI1	54	42.308	ENSSPUG00000006680	DAZAP1	55	42.308
ENSSPUG00000015741	MSI1	51	41.209	ENSSPUG00000010643	-	68	39.056
ENSSPUG00000015741	MSI1	50	43.860	ENSSPUG00000016613	HNRNPA0	59	42.935
ENSSPUG00000015741	MSI1	51	45.556	ENSSPUG00000016806	HNRNPAB	71	44.000
ENSSPUG00000015741	MSI1	54	78.481	ENSSPUG00000000913	-	93	78.481
ENSSPUG00000015741	MSI1	51	47.222	ENSSPUG00000013700	HNRNPDL	80	40.891

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.028	ENSG00000135097	MSI1	100	95.028	Homo_sapiens
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.464	ENSAPOG00000023458	-	100	87.464	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.402	ENSAPOG00000003191	MSI1	100	86.402	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSPUG00000015741	MSI1	91	100.000	ENSAMEG00000013302	MSI1	81	100.000	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSPUG00000015741	MSI1	96	82.927	ENSACIG00000017754	-	80	81.306	Amphilophus_citrinellus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.402	ENSAOCG00000003804	MSI1	100	86.402	Amphiprion_ocellaris
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	80.363	ENSAOCG00000009031	-	95	80.363	Amphiprion_ocellaris
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.464	ENSAPEG00000006857	-	84	87.464	Amphiprion_percula
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.402	ENSAPEG00000003245	MSI1	100	86.402	Amphiprion_percula
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	80.845	ENSATEG00000023779	-	100	80.845	Anabas_testudineus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	83.473	ENSATEG00000017059	MSI1	100	83.473	Anabas_testudineus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.845	ENSACAG00000002762	MSI1	100	95.845	Anolis_carolinensis
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.028	ENSANAG00000027151	MSI1	100	95.028	Aotus_nancymaae
ENSSPUG00000015741	MSI1	83	93.448	ENSANAG00000027901	-	89	94.424	Aotus_nancymaae
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	88.485	ENSACLG00000000117	-	100	88.485	Astatotilapia_calliptera
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.402	ENSACLG00000011230	MSI1	100	86.402	Astatotilapia_calliptera
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.293	ENSAMXG00000038960	msi1	76	86.293	Astyanax_mexicanus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.601	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	95.601	Bos_taurus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.028	ENSCJAG00000008578	MSI1	100	95.028	Callithrix_jacchus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	94.751	ENSCAFG00000010283	MSI1	100	94.751	Canis_familiaris
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.498	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	95.498	Canis_lupus_dingo
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	89.702	ENSCHIG00000024304	MSI1	100	89.702	Capra_hircus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.413	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	95.413	Carlito_syrichta
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	85.623	ENSCAPG00000003919	MSI1	89	85.623	Cavia_aperea
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.614	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	95.614	Cavia_porcellus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.028	ENSCCAG00000035567	MSI1	100	95.028	Cebus_capucinus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.028	ENSCATG00000030019	MSI1	100	95.028	Cercocebus_atys
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.614	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	95.614	Chinchilla_lanigera
ENSSPUG00000015741	MSI1	77	93.863	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	93.863	Chlorocebus_sabaeus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	99.396	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	99.145	Chrysemys_picta_bellii
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.427	ENSCANG00000040651	MSI1	100	95.427	Colobus_angolensis_palliatus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.028	ENSCGRG00001018883	Msi1	100	95.028	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.441	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	95.441	Cricetulus_griseus_crigri
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	85.552	ENSCSEG00000005834	-	100	85.552	Cynoglossus_semilaevis
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.325	ENSCSEG00000008352	-	100	86.325	Cynoglossus_semilaevis
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	81.212	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	81.212	Cynoglossus_semilaevis
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.464	ENSCVAG00000009100	MSI1	100	87.464	Cyprinodon_variegatus
ENSSPUG00000015741	MSI1	50	61.194	ENSCVAG00000017430	zgc:110796	94	61.194	Cyprinodon_variegatus
ENSSPUG00000015741	MSI1	63	70.909	ENSCVAG00000017463	-	89	70.909	Cyprinodon_variegatus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	83.281	ENSDARG00000010710	msi1	100	88.426	Danio_rerio
ENSSPUG00000015741	MSI1	79	87.156	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	89	87.156	Danio_rerio
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	91.509	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	91.509	Dasypus_novemcinctus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	91.243	ENSDORG00000005610	Msi1	99	91.243	Dipodomys_ordii
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	91.463	ENSETEG00000004756	MSI1	100	91.463	Echinops_telfairi
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.028	ENSEASG00005004736	MSI1	100	95.028	Equus_asinus_asinus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.614	ENSECAG00000017526	MSI1	100	95.028	Equus_caballus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	83.191	ENSELUG00000023219	MSI1	92	83.191	Esox_lucius
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	84.242	ENSELUG00000023280	-	100	84.242	Esox_lucius
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.028	ENSFCAG00000011007	MSI1	100	95.028	Felis_catus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	99.667	ENSFALG00000007574	MSI1	100	99.667	Ficedula_albicollis
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.122	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	95.122	Fukomys_damarensis
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.402	ENSFHEG00000003560	-	100	86.402	Fundulus_heteroclitus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.749	ENSFHEG00000022446	MSI1	100	87.749	Fundulus_heteroclitus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	78.592	ENSGMOG00000017838	-	100	78.592	Gadus_morhua
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	85.755	ENSGMOG00000001006	MSI1	99	85.755	Gadus_morhua
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	100.000	ENSGALG00000007227	MSI1	97	87.013	Gallus_gallus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	67.797	ENSGAFG00000005860	-	100	67.797	Gambusia_affinis
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.915	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	87.915	Gambusia_affinis
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.610	ENSGACG00000012679	MSI1	100	86.610	Gasterosteus_aculeatus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	80.939	ENSGACG00000008674	-	100	80.939	Gasterosteus_aculeatus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	98.860	ENSGAGG00000016037	MSI1	100	98.860	Gopherus_agassizii
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.541	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	95.541	Gorilla_gorilla
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.402	ENSHBUG00000021921	MSI1	100	86.402	Haplochromis_burtoni
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.179	ENSHBUG00000011841	-	100	87.179	Haplochromis_burtoni
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	94.751	ENSHGLG00000012782	MSI1	100	94.751	Heterocephalus_glaber_female
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.122	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	95.122	Heterocephalus_glaber_male
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	81.690	ENSHCOG00000012067	-	100	81.690	Hippocampus_comes
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	83.333	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	83.333	Hippocampus_comes
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	84.900	ENSIPUG00000001976	msi1	100	84.900	Ictalurus_punctatus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.498	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	95.498	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	79.558	ENSJJAG00000010643	-	100	79.282	Jaculus_jaculus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.028	ENSJJAG00000010463	Msi1	100	95.028	Jaculus_jaculus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	85.152	ENSKMAG00000019877	-	100	85.152	Kryptolebias_marmoratus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.895	ENSKMAG00000011251	MSI1	100	86.895	Kryptolebias_marmoratus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.402	ENSLBEG00000001375	-	100	86.402	Labrus_bergylta
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.464	ENSLBEG00000008789	MSI1	100	87.464	Labrus_bergylta
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.135	ENSLACG00000018287	MSI1	100	87.135	Latimeria_chalumnae
ENSSPUG00000015741	MSI1	52	70.909	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	71	70.909	Lepisosteus_oculatus
ENSSPUG00000015741	MSI1	91	84.894	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	84.894	Loxodonta_africana
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.614	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	95.614	Macaca_fascicularis
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	93.557	ENSMMUG00000031527	MSI1	99	93.557	Macaca_mulatta
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.028	ENSMNEG00000040034	MSI1	100	95.028	Macaca_nemestrina
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.427	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	95.427	Mandrillus_leucophaeus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	84.894	ENSMAMG00000018426	-	100	86.119	Mastacembelus_armatus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.895	ENSMAMG00000002279	MSI1	100	86.895	Mastacembelus_armatus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.179	ENSMZEG00005000340	-	100	87.179	Maylandia_zebra
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.402	ENSMZEG00005026892	MSI1	100	86.402	Maylandia_zebra
ENSSPUG00000015741	MSI1	68	99.408	ENSMGAG00000016518	-	100	99.408	Meleagris_gallopavo
ENSSPUG00000015741	MSI1	75	98.354	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	98.354	Mesocricetus_auratus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.028	ENSMICG00000033181	MSI1	100	95.028	Microcebus_murinus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	94.751	ENSMOCG00000002286	Msi1	100	94.751	Microtus_ochrogaster
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	79.154	ENSMMOG00000010492	MSI1	94	79.154	Mola_mola
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	84.062	ENSMMOG00000012265	-	97	84.062	Mola_mola
ENSSPUG00000015741	MSI1	91	64.458	ENSMODG00000003189	-	100	64.458	Monodelphis_domestica
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.179	ENSMALG00000017889	MSI1	100	87.179	Monopterus_albus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.576	ENSMALG00000001426	-	100	87.576	Monopterus_albus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	94.475	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	100	94.475	Mus_caroli
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	98.148	ENSMUSG00000054256	Msi1	99	98.148	Mus_musculus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	97.151	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	100	97.151	Mus_pahari
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	94.475	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	100	94.475	Mus_spretus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.498	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	95.498	Mustela_putorius_furo
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	85.714	ENSMLUG00000010313	MSI1	100	85.714	Myotis_lucifugus
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	89.665	ENSNGAG00000014508	Msi1	97	89.665	Nannospalax_galili
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.179	ENSNBRG00000000841	-	100	87.179	Neolamprologus_brichardi
ENSSPUG00000015741	MSI1	89	81.707	ENSNBRG00000018012	MSI1	99	81.707	Neolamprologus_brichardi
ENSSPUG00000015741	MSI1	90	85.061	ENSNLEG00000015636	MSI1	100	85.061	Nomascus_leucogenys
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	75.305	ENSMEUG00000015759	MSI1	100	75.305	Notamacropus_eugenii
ENSSPUG00000015741	MSI1	96	87.302	ENSOPRG00000016879	MSI1	100	87.302	Ochotona_princeps
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.427	ENSODEG00000006328	MSI1	100	95.427	Octodon_degus
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ENSSPUG00000015741	MSI1	100	83.791	ENSONIG00000019452	-	100	83.791	Oreochromis_niloticus
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ENSSPUG00000015741	MSI1	100	89.124	ENSOMEG00000002272	-	100	86.969	Oryzias_melastigma
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ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.749	ENSPKIG00000023575	-	100	87.749	Paramormyrops_kingsleyae
ENSSPUG00000015741	MSI1	79	91.266	ENSPSIG00000009621	-	100	91.266	Pelodiscus_sinensis
ENSSPUG00000015741	MSI1	100	95.770	ENSPSIG00000011608	-	93	95.770	Pelodiscus_sinensis
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ENSSPUG00000015741	MSI1	100	87.464	ENSPLAG00000014025	-	100	87.464	Poecilia_latipinna
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