EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Paralogs

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSSSCG00000000668 (Gene tree)
Gene ID: 100512412
Gene Symbol: APOBEC1
Alias: APOBEC-1|BEDP|CDAR1|HEPR
Full Name: apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 1
Gene Type: protein_coding
Species: Sus_scrofa
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 8373 bases
Position: chr5:62812291-62820663
Accession: 100512412
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSSSCP00000000709	APOBEC_N	PF08210.11	9.1e-29	1	1
ENSSSCP00000000709	APOBEC_C	PF05240.14	2.4e-23	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSSSCT00000000724	APOBEC1-201	1229	XM_003126519	ENSSSCP00000000709	236 (aa)	XP_003126567	F1SLW4

Gene Model

Click here to download ENSSSCG00000000668's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSSSCG00000000668's network

Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	53	34.921	ENSSSCG00000000667	AICDA	60	34.921

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	79.237	ENSG00000111701	APOBEC1	100	79.237	Homo_sapiens
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	98	81.385	ENSAMEG00000007098	APOBEC1	98	81.385	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	78	41.398	ENSACAG00000028578	-	98	41.398	Anolis_carolinensis
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	78.390	ENSANAG00000027743	APOBEC1	95	78.390	Aotus_nancymaae
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	78.390	ENSBTAG00000014683	APOBEC1	100	78.390	Bos_taurus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	94	79.186	ENSCJAG00000005398	APOBEC1	100	79.186	Callithrix_jacchus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	79.661	ENSCAFG00000013901	APOBEC1	100	79.661	Canis_familiaris
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	96	77.876	ENSCAFG00020003511	APOBEC1	95	77.876	Canis_lupus_dingo
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	98	77.489	ENSCHIG00000011898	APOBEC1	96	77.489	Capra_hircus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	58	77.536	ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	77.536	Carlito_syrichta
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	91	68.692	ENSCAPG00000015882	-	99	68.692	Cavia_aperea
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	67.249	ENSCPOG00000033068	APOBEC1	97	67.249	Cavia_porcellus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	79.237	ENSCCAG00000022258	APOBEC1	100	79.237	Cebus_capucinus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	78.814	ENSCATG00000021613	APOBEC1	95	78.814	Cercocebus_atys
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	69.869	ENSCLAG00000014645	APOBEC1	99	69.869	Chinchilla_lanigera
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	81	81.579	ENSCSAG00000009817	APOBEC1	99	81.579	Chlorocebus_sabaeus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	82	48.205	ENSCPBG00000014329	-	53	48.205	Chrysemys_picta_bellii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	86	45.238	ENSCPBG00000014328	-	92	45.238	Chrysemys_picta_bellii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	89	39.336	ENSCPBG00000014327	-	82	39.336	Chrysemys_picta_bellii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	98	41.702	ENSCPBG00000014331	-	94	41.702	Chrysemys_picta_bellii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	77	43.316	ENSCPBG00000017398	-	82	43.316	Chrysemys_picta_bellii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	78	47.594	ENSCPBG00000014335	-	76	47.594	Chrysemys_picta_bellii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	79.565	ENSCANG00000038359	APOBEC1	100	79.565	Colobus_angolensis_palliatus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	70.742	ENSCGRG00001011130	Apobec1	100	70.742	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	70.742	ENSCGRG00000008644	Apobec1	100	70.742	Cricetulus_griseus_crigri
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	75.424	ENSDNOG00000010926	APOBEC1	100	75.424	Dasypus_novemcinctus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	90	66.355	ENSDORG00000023717	Apobec1	100	66.355	Dipodomys_ordii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	75.652	ENSETEG00000004867	APOBEC1	97	75.652	Echinops_telfairi
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	98	80.952	ENSEASG00005015951	APOBEC1	97	80.952	Equus_asinus_asinus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	81	81.579	ENSECAG00000017163	APOBEC1	99	81.579	Equus_caballus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	86	55.392	ENSEEUG00000007530	-	97	55.392	Erinaceus_europaeus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	92	67.281	ENSEEUG00000009112	-	96	67.281	Erinaceus_europaeus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	81.356	ENSFCAG00000009350	APOBEC1	100	81.356	Felis_catus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	60	45.070	ENSFALG00000007257	-	70	45.070	Ficedula_albicollis
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	85	61.692	ENSFDAG00000018470	APOBEC1	97	61.692	Fukomys_damarensis
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	91	48.148	ENSGAGG00000011837	-	88	50.888	Gopherus_agassizii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	77	43.716	ENSGAGG00000006624	-	64	43.716	Gopherus_agassizii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	87	42.584	ENSGAGG00000021744	-	79	42.584	Gopherus_agassizii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	72	43.103	ENSGAGG00000021745	-	64	43.103	Gopherus_agassizii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	68	49.383	ENSGAGG00000004947	-	75	54.701	Gopherus_agassizii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	65.939	ENSHGLG00000001495	APOBEC1	97	65.939	Heterocephalus_glaber_female
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	64.192	ENSHGLG00100002187	APOBEC1	97	64.192	Heterocephalus_glaber_male
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	91	63.256	ENSSTOG00000021971	APOBEC1	100	76.531	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	75.546	ENSJJAG00000022108	Apobec1	100	75.546	Jaculus_jaculus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	94	72.072	ENSLAFG00000030837	APOBEC1	99	72.072	Loxodonta_africana
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	78.390	ENSMFAG00000000277	APOBEC1	99	80.000	Macaca_fascicularis
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	77.966	ENSMNEG00000029670	APOBEC1	100	77.966	Macaca_nemestrina
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	78.814	ENSMLEG00000036301	APOBEC1	100	78.814	Mandrillus_leucophaeus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	91	71.163	ENSMAUG00000022167	Apobec1	97	71.163	Mesocricetus_auratus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	75.424	ENSMICG00000043645	APOBEC1	100	75.424	Microcebus_murinus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	64.407	ENSMODG00000018004	APOBEC1	100	64.407	Monodelphis_domestica
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	70.614	ENSMUSG00000040613	Apobec1	99	70.614	Mus_musculus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	68.860	MGP_PahariEiJ_G0022580	-	99	68.860	Mus_pahari
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	70.614	MGP_SPRETEiJ_G0029857	Apobec1	99	70.614	Mus_spretus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	80.085	ENSMPUG00000017532	APOBEC1	100	80.085	Mustela_putorius_furo
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	72.926	ENSNGAG00000022607	Apobec1	100	72.926	Nannospalax_galili
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	78.390	ENSNLEG00000005342	APOBEC1	100	78.390	Nomascus_leucogenys
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	61.864	ENSMEUG00000013406	APOBEC1	100	61.864	Notamacropus_eugenii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	77	61.878	ENSOPRG00000009508	-	100	61.878	Ochotona_princeps
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	74.153	ENSOCUG00000025736	APOBEC1	88	74.153	Oryctolagus_cuniculus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	98	75.758	ENSOGAG00000026415	APOBEC1	98	75.758	Otolemur_garnettii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	77.966	ENSOARG00000002072	APOBEC1	99	77.966	Ovis_aries
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	98	74.459	ENSPPAG00000027657	APOBEC1	98	74.459	Pan_paniscus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	80.932	ENSPPRG00000012182	APOBEC1	100	80.932	Panthera_pardus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	80.932	ENSPTIG00000020280	APOBEC1	100	80.932	Panthera_tigris_altaica
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	79.661	ENSPTRG00000004614	APOBEC1	100	79.661	Pan_troglodytes
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	78.814	ENSPANG00000021027	APOBEC1	100	78.814	Papio_anubis
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	53	52.294	ENSPSIG00000012791	-	72	52.294	Pelodiscus_sinensis
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	41.921	ENSPSIG00000012568	-	96	41.921	Pelodiscus_sinensis
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	70.306	ENSPEMG00000023841	Apobec1	100	70.306	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	65.678	ENSPCIG00000023973	APOBEC1	100	65.678	Phascolarctos_cinereus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	77.966	ENSPPYG00000004228	APOBEC1	95	77.966	Pongo_abelii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	79	72.727	ENSPCAG00000008733	APOBEC1	100	72.727	Procavia_capensis
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	95	77.333	ENSPCOG00000013957	APOBEC1	99	77.333	Propithecus_coquereli
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	62.288	ENSPVAG00000010709	APOBEC1	100	62.288	Pteropus_vampyrus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	97	68.421	ENSRNOG00000015411	Apobec1	99	68.421	Rattus_norvegicus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	77.542	ENSRBIG00000031161	APOBEC1	100	77.542	Rhinopithecus_bieti
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	77.542	ENSRROG00000033576	APOBEC1	99	78.947	Rhinopithecus_roxellana
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	75	78.977	ENSSBOG00000030587	APOBEC1	99	78.977	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	96	65.198	ENSSHAG00000008925	APOBEC1	99	65.198	Sarcophilus_harrisii
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	73	70.930	ENSSARG00000000032	-	100	70.930	Sorex_araneus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	56	75.000	ENSSARG00000011972	-	100	75.000	Sorex_araneus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	91	40.271	ENSSPUG00000009044	-	85	40.271	Sphenodon_punctatus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	61	49.315	ENSTGUG00000013118	-	100	49.315	Taeniopygia_guttata
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	94	73.303	ENSTBEG00000010043	APOBEC1	94	73.303	Tupaia_belangeri
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	79	81.283	ENSTTRG00000014015	APOBEC1	100	81.283	Tursiops_truncatus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	98	80.519	ENSUAMG00000011636	APOBEC1	95	80.519	Ursus_americanus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	98	80.519	ENSUMAG00000016552	APOBEC1	95	80.519	Ursus_maritimus
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	79.237	ENSVPAG00000001343	APOBEC1	100	79.237	Vicugna_pacos
ENSSSCG00000000668	APOBEC1	100	80.085	ENSVVUG00000010522	APOBEC1	100	80.085	Vulpes_vulpes