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Description

Ensembl ID: ENSSSCG00000005232 (Gene tree)
Gene ID: 100157302
Gene Symbol: SMARCA2
Alias: BAF190|BRM|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a
Full Name: SWI/SNF related%2C matrix associated%2C actin dependent regulator of chromatin%2C subfamily a%2C member 2
Gene Type: protein_coding
Species: Sus_scrofa
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 190705 bases
Position: chr1:219624776-219815480
Accession: 100157302
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSSSCP00000005624	ResIII	PF04851.15	3.4e-08	1	1
ENSSSCP00000039027	ResIII	PF04851.15	3.4e-08	1	1
ENSSSCP00000053360	ResIII	PF04851.15	3.4e-08	1	1
ENSSSCP00000053448	ResIII	PF04851.15	3.4e-08	1	1
ENSSSCP00000054457	ResIII	PF04851.15	3.4e-08	1	1
ENSSSCP00000054457	BRK	PF07533.16	3.9e-17	1	1
ENSSSCP00000005624	BRK	PF07533.16	3.9e-17	1	1
ENSSSCP00000039027	BRK	PF07533.16	3.9e-17	1	1
ENSSSCP00000053360	BRK	PF07533.16	3.9e-17	1	1
ENSSSCP00000053448	BRK	PF07533.16	3.9e-17	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSSSCT00000056608	SMARCA2-207	5375	XM_021064291	ENSSSCP00000054457	1573 (aa)	XP_020919950	A0A287BED4
ENSSSCT00000061394	SMARCA2-205	1656	-	ENSSSCP00000032704	236 (aa)	-	A0A286ZMM0
ENSSSCT00000048038	SMARCA2-203	5748	XM_021064340	ENSSSCP00000039027	1555 (aa)	XP_020919999	F1SJG5
ENSSSCT00000042433	SMARCA2-206	5688	XM_021064344	ENSSSCP00000053448	1555 (aa)	XP_020920003	F1SJG5
ENSSSCT00000051022	SMARCA2-208	1475	-	ENSSSCP00000038975	294 (aa)	-	A0A287A525
ENSSSCT00000043939	SMARCA2-201	5900	XM_021064364	ENSSSCP00000053360	1555 (aa)	XP_020920023	F1SJG5
ENSSSCT00000048039	SMARCA2-204	1800	-	ENSSSCP00000043121	276 (aa)	-	A0A287AGY7
ENSSSCT00000062859	SMARCA2-209	1456	-	ENSSSCP00000047669	236 (aa)	-	A0A286ZMM0
ENSSSCT00000005766	SMARCA2-202	5673	XM_021064345	ENSSSCP00000005624	1555 (aa)	XP_020920004	F1SJG5

Gene Model

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
ssc04714	Thermogenesis	KEGG
ssc05225	Hepatocellular carcinoma	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	96	75.683	ENSSSCG00000013629	SMARCA4	98	75.899

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	97.296	ENSG00000080503	SMARCA2	100	100.000	Homo_sapiens
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	79.862	ENSAPOG00000002641	SMARCA2	97	79.923	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	81	99.452	ENSAMEG00000012325	SMARCA2	100	99.452	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	80.126	ENSACIG00000015607	SMARCA2	97	80.494	Amphilophus_citrinellus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	79.825	ENSAOCG00000009647	-	97	79.387	Amphiprion_ocellaris
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	79.987	ENSAPEG00000007646	SMARCA2	97	78.947	Amphiprion_percula
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	81.321	ENSATEG00000006916	SMARCA2	96	81.113	Anabas_testudineus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	89	90.375	ENSAPLG00000013873	SMARCA2	93	90.163	Anas_platyrhynchos
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	91.107	ENSACAG00000002423	SMARCA2	100	90.403	Anolis_carolinensis
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	97.417	ENSANAG00000026498	SMARCA2	100	97.417	Aotus_nancymaae
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	81.801	ENSACLG00000004248	SMARCA2	97	81.979	Astatotilapia_calliptera
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	82.272	ENSAMXG00000012404	smarca2	97	83.051	Astyanax_mexicanus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	99.165	ENSBTAG00000007494	SMARCA2	100	99.165	Bos_taurus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	97.436	ENSCJAG00000010710	SMARCA2	100	96.183	Callithrix_jacchus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	98.650	ENSCAFG00000002013	SMARCA2	100	98.650	Canis_familiaris
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	78	94.823	ENSCAFG00020026802	SMARCA2	98	94.823	Canis_lupus_dingo
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	99.174	ENSCHIG00000025863	SMARCA2	100	99.174	Capra_hircus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	96.547	ENSTSYG00000003858	SMARCA2	100	96.547	Carlito_syrichta
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	92.264	ENSCAPG00000002890	SMARCA2	100	92.517	Cavia_aperea
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	96.376	ENSCPOG00000005475	SMARCA2	100	96.376	Cavia_porcellus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	97.452	ENSCCAG00000030636	SMARCA2	100	97.452	Cebus_capucinus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	97.259	ENSCATG00000031470	SMARCA2	100	97.259	Cercocebus_atys
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	96.635	ENSCLAG00000014484	SMARCA2	100	96.635	Chinchilla_lanigera
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	93	97.679	ENSCSAG00000008650	SMARCA2	99	97.679	Chlorocebus_sabaeus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	87	93.576	ENSCHOG00000004316	SMARCA2	87	93.576	Choloepus_hoffmanni
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	92.048	ENSCPBG00000025463	SMARCA2	100	91.321	Chrysemys_picta_bellii
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	97.729	ENSCANG00000039597	SMARCA2	100	97.729	Colobus_angolensis_palliatus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	88.931	ENSCGRG00001002323	Smarca2	100	89.594	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	77.921	ENSCSEG00000019311	SMARCA2	97	77.975	Cynoglossus_semilaevis
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	84	80.135	ENSCVAG00000016571	SMARCA2	95	79.985	Cyprinodon_variegatus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	82.405	ENSDARG00000008904	smarca2	97	82.238	Danio_rerio
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	96.397	ENSDNOG00000006402	SMARCA2	100	96.397	Dasypus_novemcinctus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	96.413	ENSDORG00000014832	Smarca2	100	96.413	Dipodomys_ordii
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	86	63.307	ENSEBUG00000002449	-	95	64.663	Eptatretus_burgeri
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	94	71.938	ENSEBUG00000011442	-	94	71.784	Eptatretus_burgeri
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	98.458	ENSEASG00005010312	SMARCA2	100	98.458	Equus_asinus_asinus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	67	98.611	ENSEEUG00000015540	-	69	98.611	Erinaceus_europaeus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	92	80.842	ENSELUG00000010318	smarca2	96	78.958	Esox_lucius
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	98.202	ENSFCAG00000001568	SMARCA2	100	98.202	Felis_catus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	92.239	ENSFALG00000010416	SMARCA2	100	92.808	Ficedula_albicollis
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	95.247	ENSFDAG00000010502	SMARCA2	99	95.226	Fukomys_damarensis
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	81.120	ENSFHEG00000021250	SMARCA2	97	80.504	Fundulus_heteroclitus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	98	77.785	ENSGMOG00000014229	SMARCA2	97	78.613	Gadus_morhua
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	92.875	ENSGALG00000010164	SMARCA2	100	91.825	Gallus_gallus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	95	76.569	ENSGAFG00000001164	SMARCA2	93	75.799	Gambusia_affinis
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	79.682	ENSGACG00000014488	SMARCA2	97	79.053	Gasterosteus_aculeatus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	92.303	ENSGAGG00000024412	SMARCA2	100	92.112	Gopherus_agassizii
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	93.241	ENSGGOG00000000513	SMARCA2	100	93.355	Gorilla_gorilla
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	81.824	ENSHBUG00000006691	SMARCA2	96	81.950	Haplochromis_burtoni
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	95.223	ENSHGLG00000005215	SMARCA2	99	95.374	Heterocephalus_glaber_female
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	96.787	ENSHGLG00100010496	SMARCA2	100	96.787	Heterocephalus_glaber_male
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	89	75.917	ENSHCOG00000015348	-	74	86.733	Hippocampus_comes
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	80.544	ENSIPUG00000011060	smarca2	97	81.572	Ictalurus_punctatus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	96.734	ENSSTOG00000006812	SMARCA2	100	96.734	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	97.199	ENSJJAG00000010867	Smarca2	100	97.199	Jaculus_jaculus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	79.022	ENSKMAG00000015844	-	98	79.222	Kryptolebias_marmoratus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	98	83.844	ENSLOCG00000011499	smarca2	97	83.685	Lepisosteus_oculatus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	95.954	ENSLAFG00000014061	SMARCA2	100	95.954	Loxodonta_africana
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	96.091	ENSMFAG00000003814	SMARCA2	100	96.091	Macaca_fascicularis
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	97.667	ENSMMUG00000015279	SMARCA2	100	97.667	Macaca_mulatta
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	97.040	ENSMNEG00000041069	SMARCA2	100	97.040	Macaca_nemestrina
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	94.890	ENSMLEG00000027418	SMARCA2	100	94.890	Mandrillus_leucophaeus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	80.124	ENSMAMG00000003056	SMARCA2	97	81.832	Mastacembelus_armatus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	81.983	ENSMZEG00005020709	SMARCA2	96	82.112	Maylandia_zebra
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	76	77.955	ENSMGAG00000005160	-	100	76.760	Meleagris_gallopavo
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	97.911	ENSMICG00000005162	SMARCA2	100	97.911	Microcebus_murinus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	96.120	ENSMOCG00000001611	Smarca2	100	96.120	Microtus_ochrogaster
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	77.799	ENSMMOG00000014196	SMARCA2	97	78.454	Mola_mola
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	94.211	ENSMODG00000003578	SMARCA2	100	93.014	Monodelphis_domestica
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	81.202	ENSMALG00000009611	SMARCA2	97	81.295	Monopterus_albus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	95.194	MGP_CAROLIEiJ_G0022841	Smarca2	100	95.543	Mus_caroli
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	95.199	ENSMUSG00000024921	Smarca2	99	99.441	Mus_musculus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	95.503	MGP_PahariEiJ_G0014334	Smarca2	100	95.503	Mus_pahari
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	94.949	MGP_SPRETEiJ_G0023759	Smarca2	100	95.013	Mus_spretus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	81	99.297	ENSMPUG00000005171	SMARCA2	94	99.297	Mustela_putorius_furo
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	91.509	ENSMLUG00000002342	SMARCA2	99	91.436	Myotis_lucifugus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	95.757	ENSNGAG00000000108	Smarca2	99	95.757	Nannospalax_galili
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	95	68.348	ENSNBRG00000017998	SMARCA2	94	83.085	Neolamprologus_brichardi
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	94.828	ENSNLEG00000008575	SMARCA2	100	94.828	Nomascus_leucogenys
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	86.713	ENSMEUG00000009812	SMARCA2	100	86.395	Notamacropus_eugenii
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	90.558	ENSOPRG00000013474	SMARCA2	100	90.684	Ochotona_princeps
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	96.101	ENSODEG00000005452	SMARCA2	99	96.101	Octodon_degus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	79.975	ENSONIG00000014163	SMARCA2	97	79.846	Oreochromis_niloticus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	50	94.480	ENSOANG00000008299	-	95	98.248	Ornithorhynchus_anatinus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	96.390	ENSOCUG00000006320	SMARCA2	100	96.390	Oryctolagus_cuniculus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	79.711	ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	79.474	Oryzias_latipes
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	79.824	ENSORLG00015006289	SMARCA2	97	79.217	Oryzias_latipes_hsok
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	81.388	ENSOMEG00000009736	-	97	80.656	Oryzias_melastigma
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	99	94.225	ENSOGAG00000017053	SMARCA2	99	94.347	Otolemur_garnettii
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	97.628	ENSOARG00000013265	SMARCA2	100	97.628	Ovis_aries
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	93.167	ENSPPAG00000038717	SMARCA2	100	94.221	Pan_paniscus
ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	98.266	ENSPPRG00000001879	SMARCA2	100	98.266	Panthera_pardus
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