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PPI

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Description

Ensembl ID: ENSSSCG00000029365 (Gene tree)
Gene ID: 100627974
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Sus_scrofa
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 27225 bases
Position: chr14:40329564-40356788
Accession: 100627974
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSSSCP00000025987	RRM_1	PF00076.22	7.3e-34	1	2
ENSSSCP00000025987	RRM_1	PF00076.22	7.3e-34	2	2
ENSSSCP00000058377	RRM_1	PF00076.22	8.7e-34	1	2
ENSSSCP00000058377	RRM_1	PF00076.22	8.7e-34	2	2
ENSSSCP00000036994	RRM_1	PF00076.22	2.3e-21	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSSSCT00000040263	MSI1-201	5542	-	ENSSSCP00000036994	311 (aa)	-	A0A286ZZB9
ENSSSCT00000046574	MSI1-202	4811	XM_021072062	ENSSSCP00000058377	362 (aa)	XP_020927721	A0A287BPE3
ENSSSCT00000027694	MSI1-203	3000	XM_021072064	ENSSSCP00000025987	343 (aa)	XP_020927723	I3LPG0

Gene Model

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
ssc03015	mRNA surveillance pathway	KEGG

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSSSCG00000029365	MSI1	78	33.803	ENSSSCG00000023409	TIA1	60	33.803
ENSSSCG00000029365	MSI1	50	49.133	ENSSSCG00000037245	-	58	39.271
ENSSSCG00000029365	MSI1	52	38.674	ENSSSCG00000040926	-	55	38.674
ENSSSCG00000029365	MSI1	54	38.624	ENSSSCG00000033635	-	57	38.624
ENSSSCG00000029365	MSI1	54	40.686	ENSSSCG00000015988	HNRNPA3	70	38.258
ENSSSCG00000029365	MSI1	54	35.638	ENSSSCG00000036878	-	66	35.227
ENSSSCG00000029365	MSI1	53	37.500	ENSSSCG00000012473	-	61	37.500
ENSSSCG00000029365	MSI1	50	31.395	ENSSSCG00000022449	-	54	31.944
ENSSSCG00000029365	MSI1	51	36.986	ENSSSCG00000013611	-	51	36.986
ENSSSCG00000029365	MSI1	53	40.659	ENSSSCG00000012503	-	54	40.580
ENSSSCG00000029365	MSI1	55	41.346	ENSSSCG00000022528	DAZAP1	55	42.308
ENSSSCG00000029365	MSI1	52	46.667	ENSSSCG00000014031	-	70	44.000
ENSSSCG00000029365	MSI1	52	45.251	ENSSSCG00000009249	HNRNPD	76	39.313
ENSSSCG00000029365	MSI1	52	43.750	ENSSSCG00000036350	HNRNPA2B1	80	39.583
ENSSSCG00000029365	MSI1	52	34.932	ENSSSCG00000023126	-	54	32.258
ENSSSCG00000029365	MSI1	52	42.308	ENSSSCG00000000288	HNRNPA1	75	39.080
ENSSSCG00000029365	MSI1	51	42.135	ENSSSCG00000013607	-	57	43.478
ENSSSCG00000029365	MSI1	96	73.636	ENSSSCG00000038505	MSI2	97	74.695
ENSSSCG00000029365	MSI1	68	36.842	ENSSSCG00000007504	RBM38	59	36.842

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSG00000135097	MSI1	100	99.724	Homo_sapiens
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.531	ENSAPOG00000003191	MSI1	100	83.516	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.852	ENSAPOG00000023458	-	100	83.978	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSSCG00000029365	MSI1	98	85.359	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	85.359	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSSCG00000029365	MSI1	94	87.419	ENSACIG00000017754	-	78	87.419	Amphilophus_citrinellus
ENSSSCG00000029365	MSI1	98	81.424	ENSAOCG00000009031	-	95	81.424	Amphiprion_ocellaris
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.531	ENSAOCG00000003804	MSI1	100	83.516	Amphiprion_ocellaris
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.531	ENSAPEG00000003245	MSI1	100	83.516	Amphiprion_percula
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.852	ENSAPEG00000006857	-	84	83.978	Amphiprion_percula
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	82.372	ENSATEG00000023779	-	100	78.142	Anabas_testudineus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.531	ENSATEG00000017059	MSI1	100	81.089	Anabas_testudineus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	96.463	ENSACAG00000002762	MSI1	100	96.143	Anolis_carolinensis
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSANAG00000027151	MSI1	100	99.724	Aotus_nancymaae
ENSSSCG00000029365	MSI1	82	96.309	ENSANAG00000027901	-	92	96.309	Aotus_nancymaae
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.209	ENSACLG00000000117	-	100	85.209	Astatotilapia_calliptera
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	84.887	ENSACLG00000011230	MSI1	100	82.967	Astatotilapia_calliptera
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	84.566	ENSAMXG00000038960	msi1	76	84.566	Astyanax_mexicanus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	99.724	Bos_taurus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSCJAG00000008578	MSI1	100	99.724	Callithrix_jacchus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.448	ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.448	Canis_familiaris
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.678	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	99.678	Canis_lupus_dingo
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	94.309	ENSCHIG00000024304	MSI1	100	94.309	Capra_hircus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.678	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	99.694	Carlito_syrichta
ENSSSCG00000029365	MSI1	94	92.674	ENSCAPG00000003919	MSI1	89	89.457	Cavia_aperea
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.678	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	99.708	Cavia_porcellus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSCCAG00000035567	MSI1	100	99.724	Cebus_capucinus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSCATG00000030019	MSI1	100	99.724	Cercocebus_atys
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.678	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.708	Chinchilla_lanigera
ENSSSCG00000029365	MSI1	75	96.390	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	96.390	Chlorocebus_sabaeus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	95.820	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	95.580	Chrysemys_picta_bellii
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.678	ENSCANG00000040651	MSI1	100	99.695	Colobus_angolensis_palliatus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSCGRG00001018883	Msi1	100	99.724	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.678	ENSCGRG00000002191	Msi1	73	99.678	Cricetulus_griseus_crigri
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	84.244	ENSCSEG00000008352	-	100	83.965	Cynoglossus_semilaevis
ENSSSCG00000029365	MSI1	98	82.609	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	82.609	Cynoglossus_semilaevis
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.209	ENSCSEG00000005834	-	100	83.242	Cynoglossus_semilaevis
ENSSSCG00000029365	MSI1	74	67.965	ENSCVAG00000017463	-	89	67.965	Cyprinodon_variegatus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.852	ENSCVAG00000009100	MSI1	100	85.131	Cyprinodon_variegatus
ENSSSCG00000029365	MSI1	52	61.194	ENSCVAG00000017430	zgc:110796	94	61.194	Cyprinodon_variegatus
ENSSSCG00000029365	MSI1	80	81.659	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	89	81.659	Danio_rerio
ENSSSCG00000029365	MSI1	98	86.084	ENSDARG00000010710	msi1	99	86.084	Danio_rerio
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	89.389	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	89.970	Dasypus_novemcinctus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.678	ENSDORG00000005610	Msi1	99	95.198	Dipodomys_ordii
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	95.177	ENSETEG00000004756	MSI1	100	95.427	Echinops_telfairi
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSEASG00005004736	MSI1	100	99.724	Equus_asinus_asinus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSECAG00000017526	MSI1	100	99.724	Equus_caballus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	80.386	ENSELUG00000023280	-	100	80.645	Esox_lucius
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	79.758	ENSELUG00000023219	MSI1	92	80.110	Esox_lucius
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSFCAG00000011007	MSI1	100	99.724	Felis_catus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	95.498	ENSFALG00000007574	MSI1	100	95.498	Ficedula_albicollis
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.357	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	99.390	Fukomys_damarensis
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.209	ENSFHEG00000003560	-	100	83.516	Fundulus_heteroclitus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	86.174	ENSFHEG00000022446	MSI1	100	84.254	Fundulus_heteroclitus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	83.280	ENSGMOG00000001006	MSI1	99	82.044	Gadus_morhua
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	76.527	ENSGMOG00000017838	-	100	76.309	Gadus_morhua
ENSSSCG00000029365	MSI1	94	94.872	ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.701	Gallus_gallus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	68.497	ENSGAFG00000005860	-	100	68.497	Gambusia_affinis
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	84.566	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	85.088	Gambusia_affinis
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	81.029	ENSGACG00000008674	-	100	80.387	Gasterosteus_aculeatus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	84.566	ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.149	Gasterosteus_aculeatus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	95.820	ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.304	Gopherus_agassizii
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.678	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	99.682	Gorilla_gorilla
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.209	ENSHBUG00000011841	-	100	83.702	Haplochromis_burtoni
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	84.887	ENSHBUG00000021921	MSI1	100	82.967	Haplochromis_burtoni
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.448	ENSHGLG00000012782	MSI1	100	99.448	Heterocephalus_glaber_female
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.357	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	99.390	Heterocephalus_glaber_male
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	84.244	ENSHCOG00000012067	-	100	79.251	Hippocampus_comes
ENSSSCG00000029365	MSI1	98	85.404	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	85.404	Hippocampus_comes
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	83.923	ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.044	Ictalurus_punctatus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.678	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	99.678	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSJJAG00000010463	Msi1	100	99.724	Jaculus_jaculus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	86.589	ENSJJAG00000010643	-	100	86.589	Jaculus_jaculus
ENSSSCG00000029365	MSI1	98	88.199	ENSKMAG00000019877	-	100	88.199	Kryptolebias_marmoratus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	84.887	ENSKMAG00000011251	MSI1	100	83.425	Kryptolebias_marmoratus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.209	ENSLBEG00000008789	MSI1	100	85.131	Labrus_bergylta
ENSSSCG00000029365	MSI1	98	86.997	ENSLBEG00000001375	-	100	82.967	Labrus_bergylta
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	87.460	ENSLACG00000018287	MSI1	100	87.460	Latimeria_chalumnae
ENSSSCG00000029365	MSI1	53	70.000	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	71	70.000	Lepisosteus_oculatus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	88.498	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	89.124	Loxodonta_africana
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.678	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	99.708	Macaca_fascicularis
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.678	ENSMMUG00000031527	MSI1	96	99.678	Macaca_mulatta
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSMNEG00000040034	MSI1	100	99.724	Macaca_nemestrina
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.678	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	99.695	Mandrillus_leucophaeus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	84.566	ENSMAMG00000002279	MSI1	100	83.149	Mastacembelus_armatus
ENSSSCG00000029365	MSI1	98	87.307	ENSMAMG00000018426	-	100	83.516	Mastacembelus_armatus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	85.209	ENSMZEG00005000340	-	100	84.840	Maylandia_zebra
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	84.887	ENSMZEG00005026892	MSI1	100	82.967	Maylandia_zebra
ENSSSCG00000029365	MSI1	68	98.817	ENSMGAG00000016518	-	100	98.817	Meleagris_gallopavo
ENSSSCG00000029365	MSI1	71	100.000	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	100.000	Mesocricetus_auratus
ENSSSCG00000029365	MSI1	100	99.724	ENSMICG00000033181	MSI1	100	99.724	Microcebus_murinus
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ENSSSCG00000029365	MSI1	98	86.218	ENSMMOG00000012265	-	99	84.906	Mola_mola
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