EuRBPDB

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PPI

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Description

Ensembl ID: ENSTGUG00000009534 (Gene tree)
Gene ID: 100227649
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Taeniopygia_guttata
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 26860 bases
Position: chr15:10896123-10922982
Accession: 7330
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSTGUP00000009824	RRM_1	PF00076.22	1.3e-34	1	2
ENSTGUP00000009824	RRM_1	PF00076.22	1.3e-34	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSTGUT00000009930	MSI1-201	1023	-	ENSTGUP00000009824	340 (aa)	-	H0ZGW1

Gene Model

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
tgu03015	mRNA surveillance pathway	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSTGUG00000009534	MSI1	52	36.301	ENSTGUG00000003255	TARDBP	54	34.940
ENSTGUG00000009534	MSI1	56	42.308	ENSTGUG00000000869	-	52	42.308
ENSTGUG00000009534	MSI1	50	42.775	ENSTGUG00000008996	HNRNPA3	54	42.857
ENSTGUG00000009534	MSI1	52	42.458	ENSTGUG00000002869	HNRNPA2B1	56	42.458
ENSTGUG00000009534	MSI1	53	45.789	ENSTGUG00000002858	HNRNPD	72	42.045
ENSTGUG00000009534	MSI1	50	49.704	ENSTGUG00000002850	HNRNPDL	85	41.949
ENSTGUG00000009534	MSI1	82	62.162	ENSTGUG00000008452	MSI2	100	63.203
ENSTGUG00000009534	MSI1	50	48.521	ENSTGUG00000001168	HNRNPAB	95	40.873

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSG00000135097	MSI1	98	96.784	Homo_sapiens
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	87.059	ENSAPOG00000023458	-	94	87.059	Acanthochromis_polyacanthus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSAPOG00000003191	MSI1	94	86.471	Acanthochromis_polyacanthus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	69.452	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	69.452	Ailuropoda_melanoleuca
ENSTGUG00000009534	MSI1	96	83.841	ENSACIG00000017754	-	78	83.841	Amphilophus_citrinellus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSAOCG00000003804	MSI1	94	86.471	Amphiprion_ocellaris
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	78.529	ENSAOCG00000009031	-	95	78.824	Amphiprion_ocellaris
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	87.059	ENSAPEG00000006857	-	79	87.059	Amphiprion_percula
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSAPEG00000003245	MSI1	94	86.471	Amphiprion_percula
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	81.176	ENSATEG00000023779	-	93	81.176	Anabas_testudineus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.239	ENSATEG00000017059	MSI1	95	85.976	Anabas_testudineus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	97.353	ENSACAG00000002762	MSI1	94	97.353	Anolis_carolinensis
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSANAG00000027151	MSI1	98	96.784	Aotus_nancymaae
ENSTGUG00000009534	MSI1	80	93.727	ENSANAG00000027901	-	90	93.727	Aotus_nancymaae
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSACLG00000000117	-	100	86.431	Astatotilapia_calliptera
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSACLG00000011230	MSI1	94	86.471	Astatotilapia_calliptera
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	84.242	ENSAMXG00000038960	msi1	76	84.242	Astyanax_mexicanus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	96.774	Bos_taurus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSCJAG00000008578	MSI1	98	96.784	Callithrix_jacchus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.491	ENSCAFG00000010283	MSI1	98	96.491	Canis_familiaris
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.785	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	96.785	Canis_lupus_dingo
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	91.117	ENSCHIG00000024304	MSI1	98	91.117	Capra_hircus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.636	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	96.636	Carlito_syrichta
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.337	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	96.337	Cavia_aperea
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	96.784	Cavia_porcellus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSCCAG00000035567	MSI1	98	96.784	Cebus_capucinus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSCATG00000030019	MSI1	98	96.784	Cercocebus_atys
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	96.784	Chinchilla_lanigera
ENSTGUG00000009534	MSI1	74	94.942	ENSCSAG00000002265	MSI1	89	94.942	Chlorocebus_sabaeus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	97.059	ENSCPBG00000011349	MSI1	98	97.059	Chrysemys_picta_bellii
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.646	ENSCANG00000040651	MSI1	100	96.646	Colobus_angolensis_palliatus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSCGRG00001018883	Msi1	98	96.784	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.657	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	96.657	Cricetulus_griseus_crigri
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	79.351	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	79.351	Cynoglossus_semilaevis
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	85.588	ENSCSEG00000005834	-	94	85.588	Cynoglossus_semilaevis
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	85.588	ENSCSEG00000008352	-	94	85.588	Cynoglossus_semilaevis
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	87.059	ENSCVAG00000009100	MSI1	94	87.059	Cyprinodon_variegatus
ENSTGUG00000009534	MSI1	67	68.122	ENSCVAG00000017463	-	89	68.122	Cyprinodon_variegatus
ENSTGUG00000009534	MSI1	85	83.700	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	89	83.700	Danio_rerio
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	81.288	ENSDARG00000010710	msi1	100	84.889	Danio_rerio
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	89.602	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	89.602	Dasypus_novemcinctus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	95.808	ENSDORG00000005610	Msi1	94	95.808	Dipodomys_ordii
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	92.378	ENSETEG00000004756	MSI1	100	92.378	Echinops_telfairi
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSEASG00005004736	MSI1	98	96.784	Equus_asinus_asinus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSECAG00000017526	MSI1	98	96.784	Equus_caballus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	81.389	ENSELUG00000023219	MSI1	92	81.389	Esox_lucius
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	82.301	ENSELUG00000023280	-	100	82.301	Esox_lucius
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSFCAG00000011007	MSI1	98	96.784	Felis_catus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	97.087	ENSFALG00000007574	MSI1	100	97.087	Ficedula_albicollis
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.341	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	96.341	Fukomys_damarensis
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSFHEG00000003560	-	94	86.471	Fundulus_heteroclitus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	87.353	ENSFHEG00000022446	MSI1	94	87.353	Fundulus_heteroclitus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	78.235	ENSGMOG00000017838	-	94	78.235	Gadus_morhua
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	84.706	ENSGMOG00000001006	MSI1	94	84.706	Gadus_morhua
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.679	ENSGALG00000007227	MSI1	96	87.601	Gallus_gallus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	85.882	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	85.882	Gambusia_affinis
ENSTGUG00000009534	MSI1	97	68.882	ENSGAFG00000005860	-	90	68.882	Gambusia_affinis
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	82.164	ENSGACG00000008674	-	94	82.164	Gasterosteus_aculeatus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	85.882	ENSGACG00000012679	MSI1	94	85.882	Gasterosteus_aculeatus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	97.059	ENSGAGG00000016037	MSI1	94	97.059	Gopherus_agassizii
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.815	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	96.815	Gorilla_gorilla
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSHBUG00000021921	MSI1	94	86.471	Haplochromis_burtoni
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSHBUG00000011841	-	94	86.471	Haplochromis_burtoni
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.491	ENSHGLG00000012782	MSI1	98	96.491	Heterocephalus_glaber_female
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.341	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	96.341	Heterocephalus_glaber_male
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	81.416	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	81.416	Hippocampus_comes
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	85.015	ENSHCOG00000012067	-	89	85.015	Hippocampus_comes
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	85.000	ENSIPUG00000001976	msi1	95	85.000	Ictalurus_punctatus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.785	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	96.785	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSJJAG00000010463	Msi1	98	96.784	Jaculus_jaculus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	80.409	ENSJJAG00000010643	-	94	80.117	Jaculus_jaculus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.176	ENSKMAG00000011251	MSI1	94	86.176	Kryptolebias_marmoratus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	83.186	ENSKMAG00000019877	-	100	83.186	Kryptolebias_marmoratus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSLBEG00000001375	-	94	86.471	Labrus_bergylta
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSLBEG00000008789	MSI1	94	86.471	Labrus_bergylta
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	88.081	ENSLACG00000018287	MSI1	100	88.012	Latimeria_chalumnae
ENSTGUG00000009534	MSI1	96	86.103	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	86.103	Loxodonta_africana
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	96.784	Macaca_fascicularis
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSMMUG00000031527	MSI1	97	96.784	Macaca_mulatta
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSMNEG00000040034	MSI1	98	96.784	Macaca_nemestrina
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.646	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	96.646	Mandrillus_leucophaeus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.176	ENSMAMG00000002279	MSI1	94	86.176	Mastacembelus_armatus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.176	ENSMAMG00000018426	-	94	86.176	Mastacembelus_armatus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSMZEG00005026892	MSI1	94	86.471	Maylandia_zebra
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSMZEG00005000340	-	94	86.471	Maylandia_zebra
ENSTGUG00000009534	MSI1	65	100.000	ENSMGAG00000016518	-	100	100.000	Meleagris_gallopavo
ENSTGUG00000009534	MSI1	71	98.765	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	98.765	Mesocricetus_auratus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.784	ENSMICG00000033181	MSI1	98	96.784	Microcebus_murinus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.491	ENSMOCG00000002286	Msi1	98	96.491	Microtus_ochrogaster
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	77.353	ENSMMOG00000010492	MSI1	94	77.353	Mola_mola
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	82.067	ENSMMOG00000012265	-	99	80.896	Mola_mola
ENSTGUG00000009534	MSI1	96	65.361	ENSMODG00000003189	-	100	65.361	Monodelphis_domestica
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSMALG00000017889	MSI1	94	86.471	Monopterus_albus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	85.546	ENSMALG00000001426	-	100	85.546	Monopterus_albus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.199	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	98	96.199	Mus_caroli
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.199	ENSMUSG00000054256	Msi1	99	95.796	Mus_musculus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	95.906	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	98	95.906	Mus_pahari
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.199	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	98	96.199	Mus_spretus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.785	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	96.785	Mustela_putorius_furo
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.905	ENSMLUG00000010313	MSI1	100	86.905	Myotis_lucifugus
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	96.657	ENSNGAG00000014508	Msi1	91	96.657	Nannospalax_galili
ENSTGUG00000009534	MSI1	100	86.471	ENSNBRG00000000841	-	94	86.471	Neolamprologus_brichardi
ENSTGUG00000009534	MSI1	94	78.824	ENSNBRG00000018012	MSI1	99	78.824	Neolamprologus_brichardi
ENSTGUG00000009534	MSI1	96	86.280	ENSNLEG00000015636	MSI1	100	86.280	Nomascus_leucogenys
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ENSTGUG00000009534	MSI1	96	88.571	ENSOPRG00000016879	MSI1	100	88.571	Ochotona_princeps
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