EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Paralogs

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSTNIG00000010116 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: polr1a
Alias: fa26a03|sb:cb935|wu:fa26a03
Full Name: RNA polymerase I subunit A
Gene Type: protein_coding
Species: Tetraodon_nigroviridis
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 24153 bases
Position: chrUn_random:91855320-91879472
Accession: ZDB-GENE-030131-5286
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSTNIP00000013014	RNA_pol_Rpb1_5	PF04998.17	2.9e-90	1	1
ENSTNIP00000013014	RNA_pol_Rpb1_4	PF05000.17	4.4e-21	1	1
ENSTNIP00000013014	RNA_pol_Rpb1_2	PF00623.20	1.4e-55	1	1
ENSTNIP00000013014	RNA_pol_Rpb1_3	PF04983.18	7.9e-36	1	1
ENSTNIP00000013014	RNA_pol_Rpb1_1	PF04997.12	1.9e-17	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSTNIT00000013206	-	5127	-	ENSTNIP00000013014	1708 (aa)	-	H3CXM9

Gene Model

Click here to download ENSTNIG00000010116's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSTNIG00000010116's network

Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSTNIG00000010116	polr1a	58	32.690	ENSTNIG00000013151	polr3a	65	32.690
ENSTNIG00000010116	polr1a	63	32.031	ENSTNIG00000010136	polr2a	60	32.031

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.529	ENSG00000068654	POLR1A	100	60.552	Homo_sapiens
ENSTNIG00000010116	polr1a	70	78.243	ENSAPOG00000017945	polr1a	99	78.243	Acanthochromis_polyacanthus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.277	ENSAMEG00000005807	POLR1A	100	64.496	Ailuropoda_melanoleuca
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	68.921	ENSACIG00000022147	polr1a	100	69.038	Amphilophus_citrinellus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	73.647	ENSAOCG00000017336	polr1a	100	73.709	Amphiprion_ocellaris
ENSTNIG00000010116	polr1a	94	88.889	ENSAPEG00000016105	polr1a	98	88.889	Amphiprion_percula
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	74.169	ENSATEG00000016773	polr1a	100	74.111	Anabas_testudineus
ENSTNIG00000010116	polr1a	85	59.907	ENSAPLG00000013871	POLR1A	99	59.854	Anas_platyrhynchos
ENSTNIG00000010116	polr1a	99	58.381	ENSACAG00000012141	POLR1A	99	58.300	Anolis_carolinensis
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.219	ENSANAG00000033927	POLR1A	100	60.276	Aotus_nancymaae
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	68.026	ENSACLG00000020541	polr1a	100	68.084	Astatotilapia_calliptera
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.092	ENSBTAG00000006481	POLR1A	100	60.265	Bos_taurus
ENSTNIG00000010116	polr1a	99	35.730	WBGene00012999	rpoa-1	77	58.696	Caenorhabditis_elegans
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.103	ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	60.115	Callithrix_jacchus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.873	ENSCAFG00000007613	POLR1A	100	59.873	Canis_familiaris
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.988	ENSCAFG00020014752	POLR1A	100	59.988	Canis_lupus_dingo
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.290	ENSCHIG00000018204	POLR1A	100	60.290	Capra_hircus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.161	ENSTSYG00000002761	POLR1A	100	60.184	Carlito_syrichta
ENSTNIG00000010116	polr1a	97	56.789	ENSCAPG00000010132	POLR1A	99	56.789	Cavia_aperea
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.642	ENSCPOG00000012350	POLR1A	100	59.642	Cavia_porcellus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.265	ENSCCAG00000019839	POLR1A	100	60.322	Cebus_capucinus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.414	ENSCATG00000029786	POLR1A	100	60.437	Cercocebus_atys
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.746	ENSCLAG00000005187	POLR1A	100	59.746	Chinchilla_lanigera
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.299	ENSCSAG00000016251	POLR1A	100	60.437	Chlorocebus_sabaeus
ENSTNIG00000010116	polr1a	99	60.681	ENSCPBG00000001115	POLR1A	99	60.681	Chrysemys_picta_bellii
ENSTNIG00000010116	polr1a	91	65.600	ENSCSAVG00000007184	-	94	65.600	Ciona_savignyi
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	58.309	ENSCANG00000031785	POLR1A	100	58.309	Colobus_angolensis_palliatus
ENSTNIG00000010116	polr1a	96	59.306	ENSCGRG00001006651	Polr1a	100	59.306	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSTNIG00000010116	polr1a	60	58.897	ENSCGRG00000010834	Polr1a	100	58.994	Cricetulus_griseus_crigri
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	67.652	ENSCSEG00000020190	polr1a	100	67.652	Cynoglossus_semilaevis
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	70.012	ENSCVAG00000020941	polr1a	100	70.064	Cyprinodon_variegatus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	64.760	ENSDARG00000098375	polr1a	100	64.876	Danio_rerio
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	56.945	ENSDNOG00000010829	POLR1A	100	57.020	Dasypus_novemcinctus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.206	ENSDORG00000008298	Polr1a	100	59.206	Dipodomys_ordii
ENSTNIG00000010116	polr1a	91	41.905	FBgn0019938	RpI1	99	39.953	Drosophila_melanogaster
ENSTNIG00000010116	polr1a	72	84.375	ENSETEG00000000412	-	72	84.375	Echinops_telfairi
ENSTNIG00000010116	polr1a	80	62.992	ENSEBUG00000005667	-	99	43.831	Eptatretus_burgeri
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.161	ENSEASG00005001625	POLR1A	100	60.253	Equus_asinus_asinus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.161	ENSECAG00000010092	POLR1A	99	64.337	Equus_caballus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.161	ENSECAG00000030510	-	99	64.337	Equus_caballus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.161	ENSECAG00000036306	-	99	64.337	Equus_caballus
ENSTNIG00000010116	polr1a	81	81.102	ENSEEUG00000000676	POLR1A	80	81.102	Erinaceus_europaeus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	67.530	ENSELUG00000012769	polr1a	99	67.473	Esox_lucius
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.242	ENSFCAG00000008966	POLR1A	100	60.185	Felis_catus
ENSTNIG00000010116	polr1a	99	59.322	ENSFALG00000010082	POLR1A	99	58.922	Ficedula_albicollis
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.678	ENSFDAG00000013726	POLR1A	100	59.839	Fukomys_damarensis
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	66.258	ENSFHEG00000005996	polr1a	100	66.085	Fundulus_heteroclitus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	61.270	ENSGMOG00000002230	polr1a	100	61.453	Gadus_morhua
ENSTNIG00000010116	polr1a	89	58.831	ENSGALG00000038160	-	98	58.831	Gallus_gallus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	68.372	ENSGAFG00000015266	polr1a	100	68.884	Gambusia_affinis
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	70.836	ENSGACG00000018791	polr1a	100	70.716	Gasterosteus_aculeatus
ENSTNIG00000010116	polr1a	89	60.479	ENSGAGG00000004984	-	95	65.820	Gopherus_agassizii
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.529	ENSGGOG00000001788	POLR1A	100	60.552	Gorilla_gorilla
ENSTNIG00000010116	polr1a	88	72.029	ENSHBUG00000020021	polr1a	98	72.029	Haplochromis_burtoni
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.335	ENSHGLG00000006334	POLR1A	100	60.335	Heterocephalus_glaber_female
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.161	ENSHGLG00100006614	POLR1A	100	60.161	Heterocephalus_glaber_male
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	65.991	ENSHCOG00000003345	polr1a	99	68.327	Hippocampus_comes
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	63.961	ENSIPUG00000013174	polr1a	100	64.076	Ictalurus_punctatus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.561	ENSSTOG00000012580	POLR1A	100	59.527	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.608	ENSJJAG00000013113	Polr1a	100	59.665	Jaculus_jaculus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	72.494	ENSKMAG00000007399	polr1a	100	72.494	Kryptolebias_marmoratus
ENSTNIG00000010116	polr1a	94	73.699	ENSLBEG00000015401	polr1a	99	73.932	Labrus_bergylta
ENSTNIG00000010116	polr1a	54	63.922	ENSLACG00000003218	polr1a	100	63.922	Latimeria_chalumnae
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	64.101	ENSLOCG00000010881	polr1a	100	64.078	Lepisosteus_oculatus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.884	ENSLAFG00000014948	POLR1A	100	59.977	Loxodonta_africana
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.472	ENSMFAG00000046097	POLR1A	100	60.495	Macaca_fascicularis
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.472	ENSMMUG00000015815	POLR1A	100	60.495	Macaca_mulatta
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.472	ENSMNEG00000043313	POLR1A	100	60.495	Macaca_nemestrina
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.012	ENSMLEG00000042428	POLR1A	100	60.150	Mandrillus_leucophaeus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	73.819	ENSMAMG00000016565	polr1a	100	73.819	Mastacembelus_armatus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	73.019	ENSMZEG00005004915	polr1a	100	73.077	Maylandia_zebra
ENSTNIG00000010116	polr1a	99	58.338	ENSMGAG00000013111	POLR1A	99	58.124	Meleagris_gallopavo
ENSTNIG00000010116	polr1a	92	59.269	ENSMAUG00000008497	Polr1a	99	59.332	Mesocricetus_auratus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.931	ENSMICG00000000757	POLR1A	100	60.104	Microcebus_murinus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.689	ENSMOCG00000000122	Polr1a	100	59.746	Microtus_ochrogaster
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	72.600	ENSMMOG00000010216	polr1a	100	72.775	Mola_mola
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	57.943	ENSMODG00000009335	POLR1A	100	57.925	Monodelphis_domestica
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	73.151	ENSMALG00000013363	polr1a	100	73.209	Monopterus_albus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.167	MGP_CAROLIEiJ_G0028494	Polr1a	100	59.353	Mus_caroli
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.167	ENSMUSG00000049553	Polr1a	100	59.122	Mus_musculus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.619	MGP_PahariEiJ_G0022230	Polr1a	100	59.619	Mus_pahari
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	58.452	MGP_SPRETEiJ_G0029499	Polr1a	100	58.452	Mus_spretus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.828	ENSMPUG00000009135	POLR1A	100	59.839	Mustela_putorius_furo
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.850	ENSMLUG00000015723	POLR1A	100	59.965	Myotis_lucifugus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.850	ENSNGAG00000017907	Polr1a	100	59.781	Nannospalax_galili
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	72.844	ENSNBRG00000000519	polr1a	100	72.817	Neolamprologus_brichardi
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	58.992	ENSNLEG00000002264	POLR1A	100	58.992	Nomascus_leucogenys
ENSTNIG00000010116	polr1a	75	81.890	ENSMEUG00000011665	-	75	81.890	Notamacropus_eugenii
ENSTNIG00000010116	polr1a	99	54.822	ENSOPRG00000008269	POLR1A	100	55.003	Ochotona_princeps
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.734	ENSODEG00000003542	POLR1A	100	59.792	Octodon_degus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	72.780	ENSONIG00000015895	polr1a	100	72.896	Oreochromis_niloticus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.517	ENSOCUG00000010138	POLR1A	100	59.804	Oryctolagus_cuniculus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	70.979	ENSORLG00000008753	polr1a	99	71.112	Oryzias_latipes
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	68.375	ENSORLG00020020726	polr1a	99	68.473	Oryzias_latipes_hni
ENSTNIG00000010116	polr1a	95	85.106	ENSORLG00015016071	polr1a	98	85.106	Oryzias_latipes_hsok
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.219	ENSOGAG00000004031	POLR1A	100	60.219	Otolemur_garnettii
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.828	ENSOARG00000020601	POLR1A	100	59.954	Ovis_aries
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.529	ENSPPAG00000042450	POLR1A	100	60.552	Pan_paniscus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.115	ENSPPRG00000006702	POLR1A	100	60.185	Panthera_pardus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.736	ENSPTIG00000018783	POLR1A	100	59.747	Panthera_tigris_altaica
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.345	ENSPTRG00000012147	POLR1A	100	60.482	Pan_troglodytes
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.299	ENSPANG00000025908	POLR1A	100	60.322	Papio_anubis
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	63.736	ENSPKIG00000005468	polr1a	99	69.444	Paramormyrops_kingsleyae
ENSTNIG00000010116	polr1a	63	60.110	ENSPSIG00000009321	-	99	60.110	Pelodiscus_sinensis
ENSTNIG00000010116	polr1a	55	73.751	ENSPMGG00000009718	polr1a	95	73.751	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.608	ENSPEMG00000022224	Polr1a	100	59.608	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSTNIG00000010116	polr1a	95	58.545	ENSPCIG00000004222	POLR1A	99	58.909	Phascolarctos_cinereus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	70.534	ENSPFOG00000005025	polr1a	100	70.616	Poecilia_formosa
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	70.698	ENSPLAG00000021389	polr1a	100	70.732	Poecilia_latipinna
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	68.074	ENSPMEG00000006463	polr1a	100	68.479	Poecilia_mexicana
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	70.459	ENSPREG00000002389	polr1a	100	70.578	Poecilia_reticulata
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.150	ENSPPYG00000012217	POLR1A	100	60.172	Pongo_abelii
ENSTNIG00000010116	polr1a	87	57.492	ENSPCAG00000011582	POLR1A	87	57.492	Procavia_capensis
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.069	ENSPCOG00000026987	POLR1A	100	60.127	Propithecus_coquereli
ENSTNIG00000010116	polr1a	94	59.114	ENSPVAG00000012674	POLR1A	95	59.483	Pteropus_vampyrus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	73.019	ENSPNYG00000000026	polr1a	100	73.077	Pundamilia_nyererei
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	64.991	ENSPNAG00000019223	polr1a	98	72.917	Pygocentrus_nattereri
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.573	ENSRNOG00000009545	Polr1a	100	59.689	Rattus_norvegicus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.587	ENSRBIG00000028335	POLR1A	100	60.610	Rhinopithecus_bieti
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.644	ENSRROG00000031473	POLR1A	100	60.667	Rhinopithecus_roxellana
ENSTNIG00000010116	polr1a	99	33.575	YOR341W	RPA190	99	33.575	Saccharomyces_cerevisiae
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.172	ENSSBOG00000030262	POLR1A	100	60.172	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	55.238	ENSSHAG00000014739	POLR1A	100	55.352	Sarcophilus_harrisii
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	63.578	ENSSFOG00015019716	polr1a	100	63.458	Scleropages_formosus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	73.620	ENSSMAG00000014342	polr1a	100	73.749	Scophthalmus_maximus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	74.316	ENSSDUG00000014631	polr1a	100	74.158	Seriola_dumerili
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	70.955	ENSSLDG00000024095	polr1a	100	70.807	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSTNIG00000010116	polr1a	68	84.043	ENSSARG00000003136	-	68	84.043	Sorex_araneus
ENSTNIG00000010116	polr1a	98	60.423	ENSSPUG00000004215	POLR1A	97	66.265	Sphenodon_punctatus
ENSTNIG00000010116	polr1a	64	77.489	ENSSPAG00000016341	polr1a	95	77.489	Stegastes_partitus
ENSTNIG00000010116	polr1a	83	62.552	ENSSSCG00000008226	POLR1A	99	62.552	Sus_scrofa
ENSTNIG00000010116	polr1a	99	58.879	ENSTGUG00000010704	POLR1A	100	58.879	Taeniopygia_guttata
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	79.883	ENSTRUG00000002210	polr1a	99	79.895	Takifugu_rubripes
ENSTNIG00000010116	polr1a	70	82.051	ENSTBEG00000008646	POLR1A	70	82.051	Tupaia_belangeri
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	57.725	ENSTTRG00000008597	POLR1A	100	57.949	Tursiops_truncatus
ENSTNIG00000010116	polr1a	68	62.098	ENSUAMG00000012158	-	94	62.183	Ursus_americanus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.492	ENSUMAG00000006700	POLR1A	97	63.474	Ursus_maritimus
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	59.931	ENSVVUG00000001245	POLR1A	100	59.988	Vulpes_vulpes
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	56.963	ENSXETG00000001952	polr1a	100	59.820	Xenopus_tropicalis
ENSTNIG00000010116	polr1a	100	70.261	ENSXMAG00000004032	polr1a	100	70.377	Xiphophorus_maculatus