EuRBPDB

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PPI

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Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSTNIG00000011469 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Tetraodon_nigroviridis
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 8131 bases
Position: chr12:11807884-11816014
Accession: 7330
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSTNIP00000014416	RRM_1	PF00076.22	4.8e-33	1	2
ENSTNIP00000014416	RRM_1	PF00076.22	4.8e-33	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSTNIT00000014615	MSI1-201	1023	-	ENSTNIP00000014416	340 (aa)	-	H3D1M8

Gene Model

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSTNIG00000011469	MSI1	51	44.767	ENSTNIG00000010512	hnrnpaba	64	44.767
ENSTNIG00000011469	MSI1	72	35.526	ENSTNIG00000009181	rbm24a	71	35.526
ENSTNIG00000011469	MSI1	54	41.848	ENSTNIG00000007596	-	82	36.742
ENSTNIG00000011469	MSI1	57	38.308	ENSTNIG00000015047	hnrnpa1b	78	36.916
ENSTNIG00000011469	MSI1	56	33.158	ENSTNIG00000014758	tardbp	55	35.503
ENSTNIG00000011469	MSI1	57	38.860	ENSTNIG00000016958	hnrnpa3	69	37.349
ENSTNIG00000011469	MSI1	59	44.335	ENSTNIG00000013499	hnrnpd	77	45.833
ENSTNIG00000011469	MSI1	52	38.202	ENSTNIG00000007398	-	79	36.842
ENSTNIG00000011469	MSI1	99	59.420	ENSTNIG00000019814	-	99	59.420

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.178	ENSG00000135097	MSI1	100	79.178	Homo_sapiens
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	93.466	ENSAPOG00000023458	-	100	93.466	Acanthochromis_polyacanthus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	87.784	ENSAPOG00000003191	MSI1	100	87.784	Acanthochromis_polyacanthus
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	83.333	ENSAMEG00000013302	MSI1	82	83.333	Ailuropoda_melanoleuca
ENSTNIG00000011469	MSI1	86	87.797	ENSACIG00000017754	-	74	92.481	Amphilophus_citrinellus
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	90.625	ENSAOCG00000009031	-	95	90.625	Amphiprion_ocellaris
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	87.784	ENSAOCG00000003804	MSI1	100	87.784	Amphiprion_ocellaris
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	93.466	ENSAPEG00000006857	-	84	93.466	Amphiprion_percula
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	87.784	ENSAPEG00000003245	MSI1	100	87.784	Amphiprion_percula
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	89.944	ENSATEG00000017059	MSI1	100	89.944	Anabas_testudineus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.775	ENSATEG00000023779	-	100	79.775	Anabas_testudineus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	80.220	ENSACAG00000002762	MSI1	100	80.220	Anolis_carolinensis
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.178	ENSANAG00000027151	MSI1	100	79.178	Aotus_nancymaae
ENSTNIG00000011469	MSI1	81	82.545	ENSANAG00000027901	-	100	73.780	Aotus_nancymaae
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	87.288	ENSACLG00000011230	MSI1	100	87.288	Astatotilapia_calliptera
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	94.302	ENSACLG00000000117	-	100	94.545	Astatotilapia_calliptera
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	89.677	ENSAMXG00000038960	msi1	76	88.820	Astyanax_mexicanus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.178	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	80.233	Bos_taurus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.178	ENSCJAG00000008578	MSI1	100	79.178	Callithrix_jacchus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	78.904	ENSCAFG00000010283	MSI1	100	78.904	Canis_familiaris
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.936	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	79.936	Canis_lupus_dingo
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	77.027	ENSCHIG00000024304	MSI1	100	77.027	Capra_hircus
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.394	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	79.394	Carlito_syrichta
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	70.886	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	78.261	Cavia_aperea
ENSTNIG00000011469	MSI1	95	80.115	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	80.290	Cavia_porcellus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.178	ENSCCAG00000035567	MSI1	100	79.178	Cebus_capucinus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.178	ENSCATG00000030019	MSI1	100	79.178	Cercocebus_atys
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	80.290	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	80.290	Chinchilla_lanigera
ENSTNIG00000011469	MSI1	81	82.143	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	82.143	Chlorocebus_sabaeus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	82.486	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	82.486	Chrysemys_picta_bellii
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.456	ENSCANG00000040651	MSI1	100	79.456	Colobus_angolensis_palliatus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.178	ENSCGRG00001018883	Msi1	100	79.178	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.518	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	79.518	Cricetulus_griseus_crigri
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	86.402	ENSCSEG00000005834	-	100	86.402	Cynoglossus_semilaevis
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	84.802	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	84.802	Cynoglossus_semilaevis
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	93.162	ENSCSEG00000008352	-	100	93.162	Cynoglossus_semilaevis
ENSTNIG00000011469	MSI1	53	64.234	ENSCVAG00000017430	zgc:110796	94	64.234	Cyprinodon_variegatus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	93.732	ENSCVAG00000009100	MSI1	100	93.732	Cyprinodon_variegatus
ENSTNIG00000011469	MSI1	61	69.444	ENSCVAG00000017463	-	89	69.444	Cyprinodon_variegatus
ENSTNIG00000011469	MSI1	76	86.512	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	98	86.512	Danio_rerio
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	83.648	ENSDARG00000010710	msi1	100	86.636	Danio_rerio
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	77.743	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	77.743	Dasypus_novemcinctus
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	78.932	ENSDORG00000005610	Msi1	94	78.932	Dipodomys_ordii
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.154	ENSETEG00000004756	MSI1	100	79.154	Echinops_telfairi
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.178	ENSEASG00005004736	MSI1	100	79.178	Equus_asinus_asinus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.178	ENSECAG00000017526	MSI1	100	79.178	Equus_caballus
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	86.080	ENSELUG00000023219	MSI1	92	86.080	Esox_lucius
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	83.587	ENSELUG00000023280	-	100	83.587	Esox_lucius
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.178	ENSFCAG00000011007	MSI1	100	79.178	Felis_catus
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	83.498	ENSFALG00000007574	MSI1	100	83.498	Ficedula_albicollis
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.154	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	79.154	Fukomys_damarensis
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	87.252	ENSFHEG00000003560	-	100	87.252	Fundulus_heteroclitus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	93.182	ENSFHEG00000022446	MSI1	100	93.182	Fundulus_heteroclitus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	91.977	ENSGMOG00000001006	MSI1	99	91.977	Gadus_morhua
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	78.652	ENSGMOG00000017838	-	100	78.652	Gadus_morhua
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	82.264	ENSGALG00000007227	MSI1	98	68.528	Gallus_gallus
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	88.146	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	88.146	Gambusia_affinis
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	70.904	ENSGAFG00000005860	-	100	70.904	Gambusia_affinis
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.945	ENSGACG00000008674	-	100	79.945	Gasterosteus_aculeatus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	92.330	ENSGACG00000012679	MSI1	100	92.330	Gasterosteus_aculeatus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	82.486	ENSGAGG00000016037	MSI1	100	82.486	Gopherus_agassizii
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.811	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	79.811	Gorilla_gorilla
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	87.288	ENSHBUG00000021921	MSI1	100	87.288	Haplochromis_burtoni
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	94.302	ENSHBUG00000011841	-	100	94.302	Haplochromis_burtoni
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	78.904	ENSHGLG00000012782	MSI1	100	78.904	Heterocephalus_glaber_female
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.154	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	79.154	Heterocephalus_glaber_male
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	87.324	ENSHCOG00000012067	-	100	87.324	Hippocampus_comes
ENSTNIG00000011469	MSI1	90	86.076	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	81.155	Hippocampus_comes
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	87.500	ENSIPUG00000001976	msi1	100	87.500	Ictalurus_punctatus
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.936	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	79.936	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	74.203	ENSJJAG00000010643	-	100	74.203	Jaculus_jaculus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.178	ENSJJAG00000010463	Msi1	100	79.178	Jaculus_jaculus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	93.429	ENSKMAG00000011251	MSI1	100	93.429	Kryptolebias_marmoratus
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	82.371	ENSKMAG00000019877	-	100	82.371	Kryptolebias_marmoratus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	93.466	ENSLBEG00000008789	MSI1	100	93.466	Labrus_bergylta
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	87.252	ENSLBEG00000001375	-	100	87.252	Labrus_bergylta
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.710	ENSLACG00000018287	MSI1	100	79.827	Latimeria_chalumnae
ENSTNIG00000011469	MSI1	90	70.679	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	70.679	Loxodonta_africana
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	80.290	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	80.290	Macaca_fascicularis
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	80.290	ENSMMUG00000031527	MSI1	97	79.096	Macaca_mulatta
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	79.178	ENSMNEG00000040034	MSI1	100	79.178	Macaca_nemestrina
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.456	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	79.456	Mandrillus_leucophaeus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	87.749	ENSMAMG00000018426	-	100	87.749	Mastacembelus_armatus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	94.000	ENSMAMG00000002279	MSI1	100	94.000	Mastacembelus_armatus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	87.288	ENSMZEG00005026892	MSI1	100	87.288	Maylandia_zebra
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	94.302	ENSMZEG00005000340	-	100	94.302	Maylandia_zebra
ENSTNIG00000011469	MSI1	66	90.698	ENSMGAG00000016518	-	100	90.698	Meleagris_gallopavo
ENSTNIG00000011469	MSI1	72	86.992	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	86.992	Mesocricetus_auratus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	80.627	ENSMICG00000033181	MSI1	100	80.627	Microcebus_murinus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	78.904	ENSMOCG00000002286	Msi1	100	78.904	Microtus_ochrogaster
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	87.500	ENSMMOG00000010492	MSI1	94	87.500	Mola_mola
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	78.000	ENSMMOG00000012265	-	100	78.000	Mola_mola
ENSTNIG00000011469	MSI1	90	56.119	ENSMODG00000003189	-	100	56.119	Monodelphis_domestica
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	94.302	ENSMALG00000017889	MSI1	100	94.302	Monopterus_albus
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	88.991	ENSMALG00000001426	-	100	88.991	Monopterus_albus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	78.630	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	100	78.630	Mus_caroli
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	78.630	ENSMUSG00000054256	Msi1	99	81.957	Mus_musculus
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	81.303	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	100	81.303	Mus_pahari
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	78.630	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	100	78.630	Mus_spretus
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.936	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	79.936	Mustela_putorius_furo
ENSTNIG00000011469	MSI1	90	71.386	ENSMLUG00000010313	MSI1	100	71.386	Myotis_lucifugus
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	79.518	ENSNGAG00000014508	Msi1	91	79.518	Nannospalax_galili
ENSTNIG00000011469	MSI1	85	79.098	ENSNBRG00000018012	MSI1	99	79.098	Neolamprologus_brichardi
ENSTNIG00000011469	MSI1	100	94.302	ENSNBRG00000000841	-	100	94.302	Neolamprologus_brichardi
ENSTNIG00000011469	MSI1	90	70.091	ENSNLEG00000015636	MSI1	100	70.091	Nomascus_leucogenys
ENSTNIG00000011469	MSI1	94	60.121	ENSMEUG00000015759	MSI1	100	60.121	Notamacropus_eugenii
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ENSTNIG00000011469	MSI1	100	78.904	ENSSSCG00000029365	MSI1	100	79.618	Sus_scrofa
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