EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSTNIG00000013331 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: smndc1
Alias: TDRD10|spf30|wu:fb37h07|wu:fc23a07
Full Name: survival motor neuron domain containing 1
Gene Type: protein_coding
Species: Tetraodon_nigroviridis
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 1735 bases
Position: chr17:7175777-7177511
Accession: ZDB-GENE-030131-614
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSTNIP00000016321	TUDOR	PF00567.24	0.00028	1	1
ENSTNIP00000016321	SMN	PF06003.12	7.9e-13	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSTNIT00000016534	-	717	-	ENSTNIP00000016321	238 (aa)	-	H3D730

Gene Model

Click here to download ENSTNIG00000013331's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSTNIG00000013331's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSG00000119953	SMNDC1	100	75.210	Homo_sapiens
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	85.714	ENSAPOG00000021772	smndc1	100	85.714	Acanthochromis_polyacanthus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSAMEG00000005251	SMNDC1	100	74.790	Ailuropoda_melanoleuca
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.034	ENSACIG00000004819	smndc1	100	84.034	Amphilophus_citrinellus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	86.555	ENSAOCG00000017869	smndc1	100	86.555	Amphiprion_ocellaris
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	86.555	ENSAPEG00000007752	smndc1	100	86.555	Amphiprion_percula
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	86.134	ENSATEG00000006830	smndc1	100	86.134	Anabas_testudineus
ENSTNIG00000013331	smndc1	83	73.737	ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	73.737	Anas_platyrhynchos
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSACAG00000005983	SMNDC1	100	74.790	Anolis_carolinensis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSANAG00000032875	SMNDC1	100	74.790	Aotus_nancymaae
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.454	ENSACLG00000016360	smndc1	100	84.454	Astatotilapia_calliptera
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	76.471	ENSAMXG00000020310	smndc1	100	76.471	Astyanax_mexicanus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSBTAG00000000551	SMNDC1	100	74.790	Bos_taurus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSCJAG00000018624	SMNDC1	100	74.790	Callithrix_jacchus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSCAFG00000010720	SMNDC1	100	74.790	Canis_familiaris
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSCAFG00020011913	SMNDC1	100	74.790	Canis_lupus_dingo
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSCHIG00000010604	SMNDC1	100	74.790	Capra_hircus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSTSYG00000026454	SMNDC1	100	74.790	Carlito_syrichta
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	62.500	ENSCAPG00000009132	SMNDC1	100	71.642	Cavia_aperea
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSCPOG00000031666	SMNDC1	100	75.210	Cavia_porcellus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSCCAG00000021793	SMNDC1	100	74.790	Cebus_capucinus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.370	ENSCATG00000035910	SMNDC1	100	74.370	Cercocebus_atys
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSCLAG00000002838	SMNDC1	100	75.210	Chinchilla_lanigera
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSCSAG00000005169	SMNDC1	100	74.790	Chlorocebus_sabaeus
ENSTNIG00000013331	smndc1	81	70.466	ENSCHOG00000002936	SMNDC1	100	70.466	Choloepus_hoffmanni
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSCPBG00000012837	SMNDC1	100	74.790	Chrysemys_picta_bellii
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	68.908	ENSCANG00000034620	-	100	68.908	Colobus_angolensis_palliatus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	57.563	ENSCANG00000036994	-	100	57.563	Colobus_angolensis_palliatus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSCANG00000031720	-	100	74.790	Colobus_angolensis_palliatus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.370	ENSCGRG00001012973	Smndc1	100	74.370	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.370	ENSCGRG00000012396	Smndc1	100	74.370	Cricetulus_griseus_crigri
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	83.613	ENSCSEG00000015621	smndc1	100	83.613	Cynoglossus_semilaevis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	83.193	ENSCVAG00000020432	smndc1	100	83.193	Cyprinodon_variegatus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	79.916	ENSDARG00000056235	smndc1	100	79.916	Danio_rerio
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSDNOG00000016387	SMNDC1	83	74.790	Dasypus_novemcinctus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSDORG00000023715	Smndc1	100	74.790	Dipodomys_ordii
ENSTNIG00000013331	smndc1	95	40.964	FBgn0039977	CG17454	98	42.169	Drosophila_melanogaster
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	66.805	ENSEBUG00000010929	smndc1	100	67.635	Eptatretus_burgeri
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSEASG00005014930	SMNDC1	100	74.790	Equus_asinus_asinus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSECAG00000029973	SMNDC1	100	74.790	Equus_caballus
ENSTNIG00000013331	smndc1	83	53.030	ENSEEUG00000013407	-	100	53.030	Erinaceus_europaeus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	78.571	ENSELUG00000000227	smndc1	100	78.571	Esox_lucius
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSFCAG00000027353	SMNDC1	100	74.790	Felis_catus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.370	ENSFALG00000002306	SMNDC1	100	74.370	Ficedula_albicollis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.630	ENSFDAG00000006468	SMNDC1	100	75.630	Fukomys_damarensis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	82.773	ENSFHEG00000020150	smndc1	100	82.773	Fundulus_heteroclitus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	79.832	ENSGMOG00000016585	smndc1	100	79.832	Gadus_morhua
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.370	ENSGALG00000008561	SMNDC1	100	74.370	Gallus_gallus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	82.773	ENSGAFG00000011582	smndc1	100	82.773	Gambusia_affinis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.034	ENSGACG00000009468	smndc1	100	84.034	Gasterosteus_aculeatus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSGAGG00000024547	SMNDC1	100	74.790	Gopherus_agassizii
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSGGOG00000010071	SMNDC1	100	74.790	Gorilla_gorilla
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.454	ENSHBUG00000017596	smndc1	100	84.454	Haplochromis_burtoni
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.630	ENSHGLG00000013390	-	100	75.630	Heterocephalus_glaber_female
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	55.328	ENSHGLG00000001157	-	100	54.918	Heterocephalus_glaber_female
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.630	ENSHGLG00100004814	-	100	75.630	Heterocephalus_glaber_male
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	60.656	ENSHGLG00100004278	-	100	58.943	Heterocephalus_glaber_male
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	80.335	ENSHCOG00000000783	smndc1	100	80.335	Hippocampus_comes
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	78.992	ENSIPUG00000004217	smndc1	100	78.992	Ictalurus_punctatus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSSTOG00000006088	SMNDC1	100	74.790	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSJJAG00000019974	Smndc1	100	75.210	Jaculus_jaculus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	83.193	ENSKMAG00000020134	smndc1	100	83.193	Kryptolebias_marmoratus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	83.613	ENSLBEG00000004598	smndc1	100	83.613	Labrus_bergylta
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.370	ENSLACG00000007784	SMNDC1	100	74.370	Latimeria_chalumnae
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	78.151	ENSLOCG00000012355	smndc1	100	78.151	Lepisosteus_oculatus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.370	ENSLAFG00000014353	SMNDC1	100	74.370	Loxodonta_africana
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSMFAG00000002433	-	100	74.790	Macaca_fascicularis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	62.605	ENSMFAG00000038381	-	100	62.605	Macaca_fascicularis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSMMUG00000007775	SMNDC1	100	74.790	Macaca_mulatta
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	62.605	ENSMMUG00000045875	-	100	62.605	Macaca_mulatta
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	65.966	ENSMNEG00000033853	-	100	65.966	Macaca_nemestrina
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSMNEG00000042963	-	100	74.790	Macaca_nemestrina
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	69.874	ENSMLEG00000040236	SMNDC1	100	69.456	Mandrillus_leucophaeus
ENSTNIG00000013331	smndc1	89	81.690	ENSMAMG00000018233	smndc1	87	81.690	Mastacembelus_armatus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.454	ENSMZEG00005027510	smndc1	100	84.454	Maylandia_zebra
ENSTNIG00000013331	smndc1	84	74.000	ENSMGAG00000010777	SMNDC1	84	74.000	Meleagris_gallopavo
ENSTNIG00000013331	smndc1	99	61.250	ENSMAUG00000005459	-	93	61.250	Mesocricetus_auratus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSMAUG00000012243	-	100	74.790	Mesocricetus_auratus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSMICG00000027336	-	100	74.790	Microcebus_murinus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	65.126	ENSMICG00000031640	-	100	65.126	Microcebus_murinus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.370	ENSMOCG00000002458	Smndc1	100	74.370	Microtus_ochrogaster
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	86.555	ENSMMOG00000008856	smndc1	100	86.555	Mola_mola
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSMODG00000010542	SMNDC1	100	75.210	Monodelphis_domestica
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	83.193	ENSMALG00000017598	smndc1	100	83.193	Monopterus_albus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	MGP_CAROLIEiJ_G0023072	Smndc1	100	75.210	Mus_caroli
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSMUSG00000025024	Smndc1	100	74.790	Mus_musculus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	MGP_PahariEiJ_G0014560	Smndc1	100	74.790	Mus_pahari
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	MGP_SPRETEiJ_G0023993	Smndc1	100	74.790	Mus_spretus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSMPUG00000002089	SMNDC1	100	74.790	Mustela_putorius_furo
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSMLUG00000016007	SMNDC1	100	74.790	Myotis_lucifugus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.370	ENSNGAG00000006833	Smndc1	100	74.370	Nannospalax_galili
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.034	ENSNBRG00000017089	smndc1	100	84.034	Neolamprologus_brichardi
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSNLEG00000015471	SMNDC1	100	74.790	Nomascus_leucogenys
ENSTNIG00000013331	smndc1	70	60.479	ENSMEUG00000010120	-	100	55.224	Notamacropus_eugenii
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSOPRG00000015348	SMNDC1	100	75.210	Ochotona_princeps
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	53.782	ENSODEG00000007594	-	100	52.521	Octodon_degus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.034	ENSONIG00000000434	smndc1	100	84.034	Oreochromis_niloticus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.630	ENSOANG00000001598	SMNDC1	100	75.630	Ornithorhynchus_anatinus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	57.563	ENSOCUG00000012274	-	100	58.824	Oryctolagus_cuniculus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSOCUG00000008145	-	100	75.210	Oryctolagus_cuniculus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	81.513	ENSORLG00000005934	smndc1	95	81.513	Oryzias_latipes
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	81.513	ENSORLG00020008796	smndc1	95	81.513	Oryzias_latipes_hni
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	81.513	ENSORLG00015013666	smndc1	100	81.513	Oryzias_latipes_hsok
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	79.412	ENSOMEG00000007590	smndc1	100	79.412	Oryzias_melastigma
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSOGAG00000000571	SMNDC1	100	74.790	Otolemur_garnettii
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSOARG00000009500	SMNDC1	100	74.790	Ovis_aries
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSPPAG00000027815	SMNDC1	100	74.790	Pan_paniscus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSPPRG00000013749	SMNDC1	100	74.790	Panthera_pardus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSPTIG00000011451	SMNDC1	100	74.790	Panthera_tigris_altaica
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSPTRG00000002937	SMNDC1	100	74.790	Pan_troglodytes
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSPANG00000020805	-	100	74.790	Papio_anubis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	70.168	ENSPANG00000031346	-	100	70.168	Papio_anubis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	76.891	ENSPKIG00000017164	smndc1	100	76.891	Paramormyrops_kingsleyae
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSPSIG00000012257	SMNDC1	100	75.210	Pelodiscus_sinensis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	80.672	ENSPMGG00000015651	smndc1	100	80.672	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSPEMG00000022058	Smndc1	100	74.790	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	66.255	ENSPMAG00000007705	smndc1	100	66.255	Petromyzon_marinus
ENSTNIG00000013331	smndc1	95	57.080	ENSPCIG00000009693	-	98	57.080	Phascolarctos_cinereus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSPCIG00000018419	SMNDC1	100	75.210	Phascolarctos_cinereus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	83.613	ENSPFOG00000017113	smndc1	100	83.613	Poecilia_formosa
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.034	ENSPLAG00000010372	smndc1	100	84.034	Poecilia_latipinna
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	83.193	ENSPMEG00000012288	smndc1	100	83.193	Poecilia_mexicana
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.034	ENSPREG00000012279	smndc1	100	84.034	Poecilia_reticulata
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSPPYG00000002643	SMNDC1	100	74.790	Pongo_abelii
ENSTNIG00000013331	smndc1	81	69.948	ENSPCAG00000016183	SMNDC1	100	69.948	Procavia_capensis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.370	ENSPCOG00000024343	SMNDC1	100	74.370	Propithecus_coquereli
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	59.664	ENSPVAG00000004368	SMNDC1	100	59.664	Pteropus_vampyrus
ENSTNIG00000013331	smndc1	83	83.838	ENSPNYG00000024093	smndc1	86	83.838	Pundamilia_nyererei
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.630	ENSPNAG00000025285	smndc1	100	75.630	Pygocentrus_nattereri
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSRNOG00000014833	Smndc1	100	75.210	Rattus_norvegicus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	61.345	ENSRBIG00000032452	-	100	61.345	Rhinopithecus_bieti
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSRBIG00000000224	-	100	74.790	Rhinopithecus_bieti
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	61.345	ENSRROG00000039125	-	100	61.345	Rhinopithecus_roxellana
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSRROG00000044992	-	100	74.790	Rhinopithecus_roxellana
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSSBOG00000026789	SMNDC1	100	74.790	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSSHAG00000015189	SMNDC1	100	75.210	Sarcophilus_harrisii
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	76.891	ENSSFOG00015008311	smndc1	100	76.891	Scleropages_formosus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.874	ENSSMAG00000020118	smndc1	100	84.874	Scophthalmus_maximus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.454	ENSSDUG00000015330	smndc1	100	84.454	Seriola_dumerili
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.874	ENSSLDG00000017325	smndc1	100	84.874	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSSARG00000006063	SMNDC1	100	75.210	Sorex_araneus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	73.950	ENSSPUG00000004574	SMNDC1	100	73.950	Sphenodon_punctatus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	84.454	ENSSPAG00000000338	smndc1	100	84.454	Stegastes_partitus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSSSCG00000030507	SMNDC1	100	74.790	Sus_scrofa
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.370	ENSTGUG00000010599	SMNDC1	100	74.370	Taeniopygia_guttata
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	93.697	ENSTRUG00000023281	smndc1	100	93.697	Takifugu_rubripes
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	75.210	ENSTBEG00000014337	SMNDC1	100	75.210	Tupaia_belangeri
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSUAMG00000008142	SMNDC1	100	74.790	Ursus_americanus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSUMAG00000023722	SMNDC1	100	74.790	Ursus_maritimus
ENSTNIG00000013331	smndc1	83	73.737	ENSVPAG00000003402	SMNDC1	100	73.737	Vicugna_pacos
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	74.790	ENSVVUG00000007820	SMNDC1	100	74.790	Vulpes_vulpes
ENSTNIG00000013331	smndc1	60	61.972	ENSXETG00000015415	SMNDC1	100	61.972	Xenopus_tropicalis
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	83.613	ENSXCOG00000009159	smndc1	100	83.613	Xiphophorus_couchianus
ENSTNIG00000013331	smndc1	100	83.613	ENSXMAG00000012755	smndc1	100	83.613	Xiphophorus_maculatus