EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Paralogs

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSTSYG00000029141 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: APOBEC1
Alias: -
Full Name: apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 1
Gene Type: protein_coding
Species: Carlito_syrichta
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 3668 bases
Position: chrKE942289.1:699-4366
Accession: 103265738
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSTSYP00000026327	APOBEC_N	PF08210.11	9e-24	1	1
ENSTSYP00000026327	APOBEC_C	PF05240.14	7.3e-13	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSTSYT00000031315	APOBEC1-201	424	XM_008063391	ENSTSYP00000026327	141 (aa)	XP_008061582	UPI000C2F7D7F

Gene Model

Click here to download ENSTSYG00000029141's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSTSYG00000029141's network

Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	79	35.043	ENSTSYG00000011304	AICDA	59	35.043
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	79	30.357	ENSTSYG00000032894	-	60	30.357
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	79	39.286	ENSTSYG00000030036	-	58	39.286

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	83.688	ENSG00000111701	APOBEC1	60	83.688	Homo_sapiens
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	84.058	ENSAMEG00000007098	APOBEC1	59	84.058	Ailuropoda_melanoleuca
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	92	45.038	ENSACAG00000028578	-	72	45.038	Anolis_carolinensis
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	82.270	ENSANAG00000027743	APOBEC1	57	82.270	Aotus_nancymaae
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	71.942	ENSBTAG00000014683	APOBEC1	59	71.942	Bos_taurus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	94	79.545	ENSCJAG00000005398	APOBEC1	60	79.545	Callithrix_jacchus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	81.884	ENSCAFG00000013901	APOBEC1	58	81.884	Canis_familiaris
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	95	79.851	ENSCAFG00020003511	APOBEC1	56	79.851	Canis_lupus_dingo
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	72.143	ENSCHIG00000011898	APOBEC1	58	72.143	Capra_hircus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	94	68.182	ENSCAPG00000015882	-	61	68.182	Cavia_aperea
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	68.085	ENSCPOG00000033068	APOBEC1	60	68.085	Cavia_porcellus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	82.270	ENSCCAG00000022258	APOBEC1	60	82.270	Cebus_capucinus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	83.688	ENSCATG00000021613	APOBEC1	57	83.688	Cercocebus_atys
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	69.504	ENSCLAG00000014645	APOBEC1	61	69.504	Chinchilla_lanigera
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	70	82.828	ENSCSAG00000009817	APOBEC1	52	82.828	Chlorocebus_sabaeus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	97	47.482	ENSCPBG00000014331	-	57	47.482	Chrysemys_picta_bellii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	92	52.672	ENSCPBG00000014335	-	53	52.672	Chrysemys_picta_bellii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	84	47.899	ENSCPBG00000017398	-	52	47.899	Chrysemys_picta_bellii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	84	49.580	ENSCPBG00000014327	-	52	40.152	Chrysemys_picta_bellii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	84	52.941	ENSCPBG00000014328	-	52	52.941	Chrysemys_picta_bellii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	82.270	ENSCANG00000038359	APOBEC1	61	82.270	Colobus_angolensis_palliatus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	70.213	ENSCGRG00001011130	Apobec1	62	70.213	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	70.213	ENSCGRG00000008644	Apobec1	62	70.213	Cricetulus_griseus_crigri
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	83.453	ENSDNOG00000010926	APOBEC1	59	83.453	Dasypus_novemcinctus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	92	67.939	ENSDORG00000023717	Apobec1	61	67.939	Dipodomys_ordii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	74.101	ENSETEG00000004867	APOBEC1	59	74.101	Echinops_telfairi
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	79.433	ENSEASG00005015951	APOBEC1	59	79.433	Equus_asinus_asinus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	72	79.208	ENSECAG00000017163	APOBEC1	53	79.208	Equus_caballus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	94	68.421	ENSEEUG00000009112	-	59	68.421	Erinaceus_europaeus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	94	67.424	ENSEEUG00000007530	-	63	67.424	Erinaceus_europaeus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	83.453	ENSFCAG00000009350	APOBEC1	59	83.453	Felis_catus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	91	50.388	ENSFALG00000007257	-	63	50.388	Ficedula_albicollis
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	84	54.237	ENSFDAG00000018470	APOBEC1	57	54.237	Fukomys_damarensis
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	94	52.985	ENSGAGG00000011837	-	68	53.968	Gopherus_agassizii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	84	58.333	ENSGAGG00000004947	-	76	58.475	Gopherus_agassizii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	62.857	ENSHGLG00000001495	APOBEC1	59	62.857	Heterocephalus_glaber_female
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	97	62.774	ENSHGLG00100002187	APOBEC1	58	62.774	Heterocephalus_glaber_male
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	94	81.061	ENSSTOG00000021971	APOBEC1	100	81.633	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	78.417	ENSJJAG00000022108	Apobec1	61	78.417	Jaculus_jaculus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	95	77.612	ENSLAFG00000030837	APOBEC1	60	77.612	Loxodonta_africana
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	83.688	ENSMFAG00000000277	APOBEC1	60	83.688	Macaca_fascicularis
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	83.688	ENSMNEG00000029670	APOBEC1	60	83.688	Macaca_nemestrina
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	83.688	ENSMLEG00000036301	APOBEC1	60	83.688	Mandrillus_leucophaeus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	95	67.164	ENSMAUG00000022167	Apobec1	60	67.164	Mesocricetus_auratus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	82.979	ENSMICG00000043645	APOBEC1	60	82.979	Microcebus_murinus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	75	69.811	ENSMOCG00000016170	-	94	69.811	Microtus_ochrogaster
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	68.794	ENSMODG00000018004	APOBEC1	60	68.794	Monodelphis_domestica
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	71.631	ENSMUSG00000040613	Apobec1	94	73.585	Mus_musculus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	70.714	MGP_PahariEiJ_G0022580	-	94	71.698	Mus_pahari
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	71.631	MGP_SPRETEiJ_G0029857	Apobec1	94	73.585	Mus_spretus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	81.295	ENSMPUG00000017532	APOBEC1	59	81.295	Mustela_putorius_furo
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	69.286	ENSNGAG00000022607	Apobec1	61	69.286	Nannospalax_galili
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	84.397	ENSNLEG00000005342	APOBEC1	60	84.397	Nomascus_leucogenys
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	71.014	ENSMEUG00000013406	APOBEC1	58	71.014	Notamacropus_eugenii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	68.841	ENSOPRG00000009508	-	77	68.841	Ochotona_princeps
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	70	64.286	ENSODEG00000001157	-	100	64.286	Octodon_degus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	76.596	ENSOCUG00000025736	APOBEC1	53	76.596	Oryctolagus_cuniculus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	79.286	ENSOGAG00000026415	APOBEC1	59	79.286	Otolemur_garnettii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	72.857	ENSOARG00000002072	APOBEC1	59	72.857	Ovis_aries
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	73.759	ENSPPAG00000027657	APOBEC1	56	73.759	Pan_paniscus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	84.173	ENSPPRG00000012182	APOBEC1	59	84.173	Panthera_pardus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	84.173	ENSPTIG00000020280	APOBEC1	59	84.173	Panthera_tigris_altaica
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	85.106	ENSPTRG00000004614	APOBEC1	60	85.106	Pan_troglodytes
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	82.979	ENSPANG00000021027	APOBEC1	60	82.979	Papio_anubis
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	62	56.790	ENSPSIG00000012791	-	52	56.790	Pelodiscus_sinensis
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	46.043	ENSPSIG00000012568	-	60	46.043	Pelodiscus_sinensis
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	67.857	ENSPEMG00000023841	Apobec1	61	67.857	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	73.050	ENSPCIG00000023973	APOBEC1	60	73.050	Phascolarctos_cinereus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	82.979	ENSPPYG00000004228	APOBEC1	57	82.979	Pongo_abelii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	78.723	ENSPCAG00000008733	APOBEC1	75	78.723	Procavia_capensis
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	92	83.077	ENSPCOG00000013957	APOBEC1	58	83.077	Propithecus_coquereli
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	85.106	ENSPVAG00000010709	APOBEC1	61	85.106	Pteropus_vampyrus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	71.429	ENSRNOG00000015411	Apobec1	61	71.429	Rattus_norvegicus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	81.560	ENSRBIG00000031161	APOBEC1	60	81.560	Rhinopithecus_bieti
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	100	81.560	ENSRROG00000033576	APOBEC1	60	81.560	Rhinopithecus_roxellana
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	94	81.955	ENSSBOG00000030587	APOBEC1	75	81.955	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	99	70.504	ENSSHAG00000008925	APOBEC1	61	70.504	Sarcophilus_harrisii
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	93	71.756	ENSSARG00000000032	-	76	71.756	Sorex_araneus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	92	74.615	ENSSARG00000011972	-	98	74.615	Sorex_araneus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	94	48.529	ENSSPUG00000009044	-	52	48.529	Sphenodon_punctatus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	77.536	ENSSSCG00000000668	APOBEC1	58	77.536	Sus_scrofa
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	91	51.938	ENSTGUG00000013118	-	88	51.938	Taeniopygia_guttata
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	91	74.419	ENSTBEG00000010043	APOBEC1	55	74.419	Tupaia_belangeri
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	76.812	ENSTTRG00000014015	APOBEC1	74	76.812	Tursiops_truncatus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	83.333	ENSUAMG00000011636	APOBEC1	57	83.333	Ursus_americanus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	83.333	ENSUMAG00000016552	APOBEC1	57	83.333	Ursus_maritimus
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	73.913	ENSVPAG00000001343	APOBEC1	58	73.913	Vicugna_pacos
ENSTSYG00000029141	APOBEC1	98	81.884	ENSVVUG00000010522	APOBEC1	58	81.884	Vulpes_vulpes