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PPI

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Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSUAMG00000015514 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Ursus_americanus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 15182 bases
Position: chrLZNR01002937.1:378-15559
Accession: 7330
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSUAMP00000019603	RRM_1	PF00076.22	4.3e-27	1	2
ENSUAMP00000019603	RRM_1	PF00076.22	4.3e-27	2	2
ENSUAMP00000019601	RRM_1	PF00076.22	6.4e-22	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSUAMT00000021923	MSI1-202	630	-	ENSUAMP00000019603	209 (aa)	-	-
ENSUAMT00000021921	MSI1-201	684	-	ENSUAMP00000019601	227 (aa)	-	-

Gene Model

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSUAMG00000015514	MSI1	64	51.128	ENSUAMG00000011358	HNRNPDL	55	38.554
ENSUAMG00000015514	MSI1	87	82.741	ENSUAMG00000000700	MSI2	92	82.741
ENSUAMG00000015514	MSI1	70	46.512	ENSUAMG00000025628	HNRNPA2B1	75	43.750
ENSUAMG00000015514	MSI1	65	32.174	ENSUAMG00000012355	TARDBP	53	31.111
ENSUAMG00000015514	MSI1	64	30.370	ENSUAMG00000013026	ELAVL4	55	30.370
ENSUAMG00000015514	MSI1	64	50.376	ENSUAMG00000011374	HNRNPD	67	40.206
ENSUAMG00000015514	MSI1	68	43.478	ENSUAMG00000019780	RBM38	54	31.298
ENSUAMG00000015514	MSI1	63	48.855	ENSUAMG00000003337	HNRNPAB	55	48.855

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSG00000135097	MSI1	75	100.000	Homo_sapiens
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.500	ENSAPOG00000003191	MSI1	71	87.500	Acanthochromis_polyacanthus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.963	ENSAPOG00000023458	-	71	87.963	Acanthochromis_polyacanthus
ENSUAMG00000015514	MSI1	92	93.780	ENSAMEG00000013302	MSI1	63	93.780	Ailuropoda_melanoleuca
ENSUAMG00000015514	MSI1	90	89.320	ENSACIG00000017754	-	65	89.474	Amphilophus_citrinellus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.500	ENSAOCG00000003804	MSI1	71	87.500	Amphiprion_ocellaris
ENSUAMG00000015514	MSI1	85	92.746	ENSAOCG00000009031	-	80	81.385	Amphiprion_ocellaris
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.963	ENSAPEG00000006857	-	60	87.963	Amphiprion_percula
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.500	ENSAPEG00000003245	MSI1	71	87.500	Amphiprion_percula
ENSUAMG00000015514	MSI1	85	91.710	ENSATEG00000023779	-	63	91.710	Anabas_testudineus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.963	ENSATEG00000017059	MSI1	70	87.963	Anabas_testudineus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	91.324	ENSACAG00000002762	MSI1	68	91.324	Anolis_carolinensis
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSANAG00000027151	MSI1	68	92.694	Aotus_nancymaae
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	89.498	ENSANAG00000027901	-	76	89.498	Aotus_nancymaae
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.963	ENSACLG00000000117	-	75	87.963	Astatotilapia_calliptera
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.037	ENSACLG00000011230	MSI1	70	87.037	Astatotilapia_calliptera
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.037	ENSAMXG00000038960	msi1	57	89.756	Astyanax_mexicanus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSBTAG00000009800	MSI1	74	93.780	Bos_taurus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSCJAG00000008578	MSI1	68	92.694	Callithrix_jacchus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.237	ENSCAFG00000010283	MSI1	68	92.237	Canis_familiaris
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSCAFG00020020585	MSI1	69	92.694	Canis_lupus_dingo
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	95.327	ENSCHIG00000024304	MSI1	74	91.189	Capra_hircus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSTSYG00000033949	MSI1	67	92.694	Carlito_syrichta
ENSUAMG00000015514	MSI1	77	91.160	ENSCAPG00000003919	MSI1	51	91.160	Cavia_aperea
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSCPOG00000012361	MSI1	72	92.694	Cavia_porcellus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSCCAG00000035567	MSI1	68	92.694	Cebus_capucinus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSCATG00000030019	MSI1	67	100.000	Cercocebus_atys
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSCLAG00000011329	MSI1	72	92.694	Chinchilla_lanigera
ENSUAMG00000015514	MSI1	89	95.673	ENSCSAG00000002265	MSI1	82	95.673	Chlorocebus_sabaeus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.237	ENSCPBG00000011349	MSI1	71	93.301	Chrysemys_picta_bellii
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSCANG00000040651	MSI1	71	92.694	Colobus_angolensis_palliatus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSCGRG00001018883	Msi1	65	97.959	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSCGRG00000002191	Msi1	52	92.694	Cricetulus_griseus_crigri
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	86.574	ENSCSEG00000005834	-	71	86.574	Cynoglossus_semilaevis
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.037	ENSCSEG00000008352	-	79	81.140	Cynoglossus_semilaevis
ENSUAMG00000015514	MSI1	85	87.047	ENSCSEG00000011032	MSI1	83	77.093	Cynoglossus_semilaevis
ENSUAMG00000015514	MSI1	59	60.294	ENSCVAG00000017463	-	51	60.294	Cyprinodon_variegatus
ENSUAMG00000015514	MSI1	63	63.393	ENSCVAG00000017430	zgc:110796	78	63.393	Cyprinodon_variegatus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	88.426	ENSCVAG00000009100	MSI1	75	86.175	Cyprinodon_variegatus
ENSUAMG00000015514	MSI1	54	85.714	ENSDARG00000041299	zgc:110796	74	85.714	Danio_rerio
ENSUAMG00000015514	MSI1	85	93.264	ENSDARG00000010710	msi1	83	87.640	Danio_rerio
ENSUAMG00000015514	MSI1	58	85.075	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	57	85.075	Danio_rerio
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSDNOG00000005713	MSI1	67	92.694	Dasypus_novemcinctus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSDORG00000005610	Msi1	66	92.694	Dipodomys_ordii
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.237	ENSETEG00000004756	MSI1	71	92.237	Echinops_telfairi
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSEASG00005004736	MSI1	65	100.000	Equus_asinus_asinus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSECAG00000017526	MSI1	68	92.694	Equus_caballus
ENSUAMG00000015514	MSI1	86	90.816	ENSELUG00000023280	-	71	90.816	Esox_lucius
ENSUAMG00000015514	MSI1	91	87.923	ENSELUG00000023219	MSI1	63	87.923	Esox_lucius
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSFCAG00000011007	MSI1	68	92.694	Felis_catus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	91.781	ENSFALG00000007574	MSI1	72	91.781	Ficedula_albicollis
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.237	ENSFDAG00000019586	MSI1	71	92.237	Fukomys_damarensis
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.500	ENSFHEG00000003560	-	77	84.793	Fundulus_heteroclitus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	88.426	ENSFHEG00000022446	MSI1	71	88.426	Fundulus_heteroclitus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.500	ENSGMOG00000001006	MSI1	71	87.500	Gadus_morhua
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	75.463	ENSGMOG00000017838	-	61	75.463	Gadus_morhua
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	91.781	ENSGALG00000007227	MSI1	72	86.695	Gallus_gallus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.500	ENSGAFG00000021522	MSI1	70	91.710	Gambusia_affinis
ENSUAMG00000015514	MSI1	85	70.619	ENSGAFG00000005860	-	70	66.055	Gambusia_affinis
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.963	ENSGACG00000012679	MSI1	74	87.081	Gasterosteus_aculeatus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	80.465	ENSGACG00000008674	-	68	80.465	Gasterosteus_aculeatus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.237	ENSGAGG00000016037	MSI1	72	93.301	Gopherus_agassizii
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSGGOG00000010328	MSI1	69	92.694	Gorilla_gorilla
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.963	ENSHBUG00000011841	-	71	87.963	Haplochromis_burtoni
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.037	ENSHBUG00000021921	MSI1	70	87.037	Haplochromis_burtoni
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.237	ENSHGLG00000012782	MSI1	68	92.237	Heterocephalus_glaber_female
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.237	ENSHGLG00100016848	MSI1	71	92.237	Heterocephalus_glaber_male
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	86.574	ENSHCOG00000012019	MSI1	73	91.192	Hippocampus_comes
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.500	ENSHCOG00000012067	-	77	94.000	Hippocampus_comes
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	86.111	ENSIPUG00000001976	msi1	77	84.762	Ictalurus_punctatus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSSTOG00000009799	MSI1	69	92.694	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSUAMG00000015514	MSI1	93	85.714	ENSJJAG00000010643	-	79	85.714	Jaculus_jaculus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSJJAG00000010463	Msi1	66	100.000	Jaculus_jaculus
ENSUAMG00000015514	MSI1	85	92.228	ENSKMAG00000019877	-	80	85.185	Kryptolebias_marmoratus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.500	ENSKMAG00000011251	MSI1	71	87.500	Kryptolebias_marmoratus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	86.574	ENSLBEG00000001375	-	71	86.574	Labrus_bergylta
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.963	ENSLBEG00000008789	MSI1	75	85.321	Labrus_bergylta
ENSUAMG00000015514	MSI1	85	94.301	ENSLACG00000018287	MSI1	66	94.301	Latimeria_chalumnae
ENSUAMG00000015514	MSI1	63	72.222	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	58	72.222	Lepisosteus_oculatus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	76.923	ENSLAFG00000009412	MSI1	80	77.533	Loxodonta_africana
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSMFAG00000001798	MSI1	72	92.694	Macaca_fascicularis
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSMMUG00000031527	MSI1	69	92.694	Macaca_mulatta
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSMNEG00000040034	MSI1	65	100.000	Macaca_nemestrina
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSMLEG00000003921	MSI1	71	92.694	Mandrillus_leucophaeus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.963	ENSMAMG00000002279	MSI1	71	87.963	Mastacembelus_armatus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.500	ENSMAMG00000018426	-	76	84.651	Mastacembelus_armatus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.037	ENSMZEG00005026892	MSI1	70	87.037	Maylandia_zebra
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.963	ENSMZEG00005000340	-	75	85.714	Maylandia_zebra
ENSUAMG00000015514	MSI1	74	98.817	ENSMGAG00000016518	-	100	98.817	Meleagris_gallopavo
ENSUAMG00000015514	MSI1	89	95.673	ENSMAUG00000016820	Msi1	98	95.673	Mesocricetus_auratus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSMICG00000033181	MSI1	69	95.673	Microcebus_murinus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.237	ENSMOCG00000002286	Msi1	68	92.237	Microtus_ochrogaster
ENSUAMG00000015514	MSI1	85	91.192	ENSMMOG00000012265	-	79	84.259	Mola_mola
ENSUAMG00000015514	MSI1	91	89.474	ENSMMOG00000010492	MSI1	80	89.474	Mola_mola
ENSUAMG00000015514	MSI1	85	63.590	ENSMODG00000003189	-	64	63.590	Monodelphis_domestica
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.500	ENSMALG00000001426	-	80	85.446	Monopterus_albus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.963	ENSMALG00000017889	MSI1	68	91.837	Monopterus_albus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.237	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	85	93.301	Mus_caroli
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.237	ENSMUSG00000054256	Msi1	84	93.301	Mus_musculus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.237	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	87	90.826	Mus_pahari
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.237	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	85	93.301	Mus_spretus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSMPUG00000003168	MSI1	69	92.694	Mustela_putorius_furo
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	78.924	ENSMLUG00000010313	MSI1	71	78.924	Myotis_lucifugus
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	92.694	ENSNGAG00000014508	Msi1	67	92.694	Nannospalax_galili
ENSUAMG00000015514	MSI1	54	84.286	ENSNBRG00000018002	zgc:110796	74	84.286	Neolamprologus_brichardi
ENSUAMG00000015514	MSI1	67	78.065	ENSNBRG00000018012	MSI1	66	75.309	Neolamprologus_brichardi
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	87.963	ENSNBRG00000000841	-	75	85.714	Neolamprologus_brichardi
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	77.626	ENSNLEG00000015636	MSI1	62	77.626	Nomascus_leucogenys
ENSUAMG00000015514	MSI1	94	60.274	ENSMEUG00000015759	MSI1	66	60.274	Notamacropus_eugenii
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