EuRBPDB

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PPI

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Description

Ensembl ID: ENSXCOG00000017605 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Xiphophorus_couchianus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 28605 bases
Position: chrKQ557213.1:6442495-6471099
Accession: 7330
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSXCOP00000023569	RRM_1	PF00076.22	9.6e-25	1	2
ENSXCOP00000023569	RRM_1	PF00076.22	9.6e-25	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSXCOT00000023850	MSI1-201	1002	-	ENSXCOP00000023569	333 (aa)	-	-

Gene Model

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSXCOG00000017605	MSI1	50	35.211	ENSXCOG00000009001	-	77	35.211
ENSXCOG00000017605	MSI1	86	67.188	ENSXCOG00000006113	msi2a	87	67.188
ENSXCOG00000017605	MSI1	54	35.714	ENSXCOG00000019224	HNRNPA1P48	82	35.714

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.930	ENSG00000135097	MSI1	99	70.259	Homo_sapiens
ENSXCOG00000017605	MSI1	90	81.410	ENSAPOG00000003191	MSI1	94	80.734	Acanthochromis_polyacanthus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	74.772	ENSAPOG00000023458	-	94	74.772	Acanthochromis_polyacanthus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	57.182	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	57.182	Ailuropoda_melanoleuca
ENSXCOG00000017605	MSI1	94	76.968	ENSACIG00000017754	-	86	76.149	Amphilophus_citrinellus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	80.734	ENSAOCG00000003804	MSI1	94	80.734	Amphiprion_ocellaris
ENSXCOG00000017605	MSI1	91	73.981	ENSAOCG00000009031	-	98	73.668	Amphiprion_ocellaris
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	80.734	ENSAPEG00000003245	MSI1	94	80.734	Amphiprion_percula
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	74.772	ENSAPEG00000006857	-	79	74.772	Amphiprion_percula
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	78.788	ENSATEG00000017059	MSI1	91	82.488	Anabas_testudineus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	77.508	ENSATEG00000023779	-	93	77.508	Anabas_testudineus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.471	ENSACAG00000002762	MSI1	94	72.353	Anolis_carolinensis
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.930	ENSANAG00000027151	MSI1	94	71.930	Aotus_nancymaae
ENSXCOG00000017605	MSI1	70	67.669	ENSANAG00000027901	-	82	67.669	Aotus_nancymaae
ENSXCOG00000017605	MSI1	92	85.897	ENSACLG00000011230	MSI1	88	85.897	Astatotilapia_calliptera
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	75.305	ENSACLG00000000117	-	100	75.229	Astatotilapia_calliptera
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	75.333	ENSAMXG00000038960	msi1	75	75.333	Astyanax_mexicanus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	76.087	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	76.087	Bos_taurus
ENSXCOG00000017605	MSI1	94	73.824	ENSCJAG00000008578	MSI1	94	71.930	Callithrix_jacchus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.930	ENSCAFG00000010283	MSI1	94	71.930	Canis_familiaris
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.096	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	70.096	Canis_lupus_dingo
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.304	ENSCHIG00000024304	MSI1	95	71.304	Capra_hircus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.642	ENSTSYG00000033949	MSI1	100	71.924	Carlito_syrichta
ENSXCOG00000017605	MSI1	80	78.355	ENSCAPG00000003919	MSI1	72	78.355	Cavia_aperea
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.930	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	71.930	Cavia_porcellus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.930	ENSCCAG00000035567	MSI1	94	71.930	Cebus_capucinus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	73.795	ENSCATG00000030019	MSI1	94	73.795	Cercocebus_atys
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.930	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	71.930	Chinchilla_lanigera
ENSXCOG00000017605	MSI1	64	75.000	ENSCSAG00000002265	MSI1	77	75.000	Chlorocebus_sabaeus
ENSXCOG00000017605	MSI1	90	77.848	ENSCPBG00000011349	MSI1	92	77.848	Chrysemys_picta_bellii
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.732	ENSCANG00000040651	MSI1	100	70.732	Colobus_angolensis_palliatus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.930	ENSCGRG00001018883	Msi1	94	71.930	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.821	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	70.821	Cricetulus_griseus_crigri
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	78.641	ENSCSEG00000008352	-	94	78.641	Cynoglossus_semilaevis
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	79.573	ENSCSEG00000005834	-	94	88.318	Cynoglossus_semilaevis
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	81.145	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	81.145	Cynoglossus_semilaevis
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	80.259	ENSCVAG00000009100	MSI1	94	80.259	Cyprinodon_variegatus
ENSXCOG00000017605	MSI1	81	72.646	ENSCVAG00000017463	-	92	72.646	Cyprinodon_variegatus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	76.351	ENSDARG00000010710	msi1	99	76.351	Danio_rerio
ENSXCOG00000017605	MSI1	59	83.333	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	90	83.333	Danio_rerio
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	67.089	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	67.089	Dasypus_novemcinctus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.821	ENSDORG00000005610	Msi1	93	70.821	Dipodomys_ordii
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	68.598	ENSETEG00000004756	MSI1	100	68.293	Echinops_telfairi
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	76.161	ENSEASG00005004736	MSI1	94	76.161	Equus_asinus_asinus
ENSXCOG00000017605	MSI1	94	74.118	ENSECAG00000017526	MSI1	94	71.930	Equus_caballus
ENSXCOG00000017605	MSI1	94	67.391	ENSELUG00000023219	MSI1	97	67.391	Esox_lucius
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	75.000	ENSELUG00000023280	-	100	75.312	Esox_lucius
ENSXCOG00000017605	MSI1	94	73.824	ENSFCAG00000011007	MSI1	94	71.930	Felis_catus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	72.667	ENSFALG00000007574	MSI1	100	72.667	Ficedula_albicollis
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.427	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	70.427	Fukomys_damarensis
ENSXCOG00000017605	MSI1	90	82.109	ENSFHEG00000003560	-	98	82.109	Fundulus_heteroclitus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	79.208	ENSFHEG00000022446	MSI1	91	79.208	Fundulus_heteroclitus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	74.847	ENSGMOG00000001006	MSI1	94	74.847	Gadus_morhua
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	69.254	ENSGMOG00000017838	-	94	69.254	Gadus_morhua
ENSXCOG00000017605	MSI1	80	82.273	ENSGALG00000007227	MSI1	90	68.328	Gallus_gallus
ENSXCOG00000017605	MSI1	86	67.550	ENSGAFG00000005860	-	90	67.550	Gambusia_affinis
ENSXCOG00000017605	MSI1	95	82.609	ENSGAFG00000021522	MSI1	99	82.609	Gambusia_affinis
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.637	ENSGACG00000008674	-	94	71.637	Gasterosteus_aculeatus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	77.097	ENSGACG00000012679	MSI1	94	77.097	Gasterosteus_aculeatus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	78.526	ENSGAGG00000016037	MSI1	94	78.526	Gopherus_agassizii
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.064	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	70.064	Gorilla_gorilla
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	79.027	ENSHBUG00000021921	MSI1	94	79.027	Haplochromis_burtoni
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	75.305	ENSHBUG00000011841	-	94	75.305	Haplochromis_burtoni
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.637	ENSHGLG00000012782	MSI1	94	71.637	Heterocephalus_glaber_female
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.427	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	70.427	Heterocephalus_glaber_male
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	78.716	ENSHCOG00000012067	-	89	78.716	Hippocampus_comes
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	83.388	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	83.388	Hippocampus_comes
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	75.333	ENSIPUG00000001976	msi1	98	75.333	Ictalurus_punctatus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.096	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	70.096	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	63.665	ENSJJAG00000010643	-	94	63.665	Jaculus_jaculus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	72.997	ENSJJAG00000010463	Msi1	94	72.997	Jaculus_jaculus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	85.993	ENSKMAG00000019877	-	100	85.993	Kryptolebias_marmoratus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	75.535	ENSKMAG00000011251	MSI1	94	75.535	Kryptolebias_marmoratus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	80.000	ENSLBEG00000008789	MSI1	94	80.000	Labrus_bergylta
ENSXCOG00000017605	MSI1	92	85.266	ENSLBEG00000001375	-	90	85.266	Labrus_bergylta
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.882	ENSLACG00000018287	MSI1	100	70.882	Latimeria_chalumnae
ENSXCOG00000017605	MSI1	85	73.927	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	73.927	Loxodonta_africana
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.930	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	71.930	Macaca_fascicularis
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.930	ENSMMUG00000031527	MSI1	95	71.720	Macaca_mulatta
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	76.161	ENSMNEG00000040034	MSI1	94	76.161	Macaca_nemestrina
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.732	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	70.732	Mandrillus_leucophaeus
ENSXCOG00000017605	MSI1	93	84.424	ENSMAMG00000018426	-	99	84.424	Mastacembelus_armatus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	74.924	ENSMAMG00000002279	MSI1	94	74.924	Mastacembelus_armatus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	79.935	ENSMZEG00005000340	-	94	79.935	Maylandia_zebra
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	79.027	ENSMZEG00005026892	MSI1	94	79.027	Maylandia_zebra
ENSXCOG00000017605	MSI1	63	70.414	ENSMGAG00000016518	-	100	70.414	Meleagris_gallopavo
ENSXCOG00000017605	MSI1	64	75.000	ENSMAUG00000016820	Msi1	92	75.000	Mesocricetus_auratus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	72.700	ENSMICG00000033181	MSI1	94	72.700	Microcebus_murinus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	72.886	ENSMOCG00000002286	Msi1	94	72.886	Microtus_ochrogaster
ENSXCOG00000017605	MSI1	92	72.727	ENSMMOG00000010492	MSI1	97	72.727	Mola_mola
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	83.224	ENSMMOG00000012265	-	99	83.224	Mola_mola
ENSXCOG00000017605	MSI1	85	47.289	ENSMODG00000003189	-	100	46.386	Monodelphis_domestica
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	84.967	ENSMALG00000001426	-	100	84.967	Monopterus_albus
ENSXCOG00000017605	MSI1	93	75.831	ENSMALG00000017889	MSI1	99	75.831	Monopterus_albus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	72.303	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	97	82.738	Mus_caroli
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	74.154	ENSMUSG00000054256	Msi1	97	82.738	Mus_musculus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	74.924	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	97	83.234	Mus_pahari
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	72.303	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	97	82.738	Mus_spretus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.096	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	70.096	Mustela_putorius_furo
ENSXCOG00000017605	MSI1	85	62.798	ENSMLUG00000010313	MSI1	100	62.798	Myotis_lucifugus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.821	ENSNGAG00000014508	Msi1	91	70.821	Nannospalax_galili
ENSXCOG00000017605	MSI1	79	85.043	ENSNBRG00000018012	MSI1	96	85.043	Neolamprologus_brichardi
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	79.935	ENSNBRG00000000841	-	94	79.935	Neolamprologus_brichardi
ENSXCOG00000017605	MSI1	85	60.976	ENSNLEG00000015636	MSI1	100	60.976	Nomascus_leucogenys
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	52.252	ENSMEUG00000015759	MSI1	100	52.252	Notamacropus_eugenii
ENSXCOG00000017605	MSI1	85	62.540	ENSOPRG00000016879	MSI1	100	62.540	Ochotona_princeps
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.732	ENSODEG00000006328	MSI1	100	70.732	Octodon_degus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	76.316	ENSONIG00000019452	-	94	76.316	Oreochromis_niloticus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	85.294	ENSONIG00000011182	MSI1	94	75.305	Oreochromis_niloticus
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	70.418	ENSOCUG00000027716	MSI1	100	70.418	Oryctolagus_cuniculus
ENSXCOG00000017605	MSI1	92	79.257	ENSORLG00000029593	MSI1	100	78.947	Oryzias_latipes
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	78.788	ENSORLG00000019978	-	93	78.788	Oryzias_latipes
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	75.076	ENSORLG00020001208	-	67	75.076	Oryzias_latipes_hni
ENSXCOG00000017605	MSI1	92	85.489	ENSORLG00020008266	MSI1	100	85.489	Oryzias_latipes_hni
ENSXCOG00000017605	MSI1	92	85.489	ENSORLG00015003916	MSI1	100	85.489	Oryzias_latipes_hsok
ENSXCOG00000017605	MSI1	89	79.677	ENSORLG00015013672	-	71	79.677	Oryzias_latipes_hsok
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ENSXCOG00000017605	MSI1	89	80.734	ENSOMEG00000002272	-	100	78.914	Oryzias_melastigma
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ENSXCOG00000017605	MSI1	89	73.701	ENSPNAG00000019337	msi1	94	72.340	Pygocentrus_nattereri
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ENSXCOG00000017605	MSI1	80	88.018	ENSSMAG00000009156	-	79	81.900	Scophthalmus_maximus
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