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PPI

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Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSXETG00000012216 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: msi1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Xenopus_tropicalis
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 18062 bases
Position: chrGL172653.1:5098739-5116800
Accession: XB-GENE-490596
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSXETP00000026694	RRM_1	PF00076.22	2.4e-33	1	2
ENSXETP00000026694	RRM_1	PF00076.22	2.4e-33	2	2
ENSXETP00000026693	RRM_1	PF00076.22	1.8e-30	1	2
ENSXETP00000026693	RRM_1	PF00076.22	1.8e-30	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSXETT00000026693	-	1095	-	ENSXETP00000026693	364 (aa)	-	F7AIR0
ENSXETT00000026694	-	1023	-	ENSXETP00000026694	340 (aa)	-	Q5I081

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSXETG00000012216	msi1	52	30.108	ENSXETG00000023721	rbm34	51	30.108
ENSXETG00000012216	msi1	54	42.574	ENSXETG00000003704	dazap1	58	42.574
ENSXETG00000012216	msi1	56	41.117	ENSXETG00000001806	hnrnpa3	53	40.909
ENSXETG00000012216	msi1	53	48.889	ENSXETG00000023026	hnrnpdl	81	40.800
ENSXETG00000012216	msi1	52	41.899	ENSXETG00000012170	hnrnpa2b1	58	42.500
ENSXETG00000012216	msi1	54	46.154	ENSXETG00000003836	hnrnpab	82	39.453
ENSXETG00000012216	msi1	52	43.889	ENSXETG00000003833	hnrnpa0	57	43.678
ENSXETG00000012216	msi1	51	43.353	ENSXETG00000021277	hnrnpa1	53	44.505
ENSXETG00000012216	msi1	52	35.616	ENSXETG00000006317	tardbp	53	34.337
ENSXETG00000012216	msi1	53	45.251	ENSXETG00000012569	hnrnpd	81	38.683

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSG00000135097	MSI1	100	91.209	Homo_sapiens
ENSXETG00000012216	msi1	100	85.960	ENSAPOG00000023458	-	100	85.387	Acanthochromis_polyacanthus
ENSXETG00000012216	msi1	100	84.241	ENSAPOG00000003191	MSI1	100	84.241	Acanthochromis_polyacanthus
ENSXETG00000012216	msi1	94	94.828	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	74.607	Ailuropoda_melanoleuca
ENSXETG00000012216	msi1	90	81.293	ENSACIG00000017754	-	78	79.518	Amphilophus_citrinellus
ENSXETG00000012216	msi1	94	82.500	ENSAOCG00000009031	-	95	82.188	Amphiprion_ocellaris
ENSXETG00000012216	msi1	100	84.241	ENSAOCG00000003804	MSI1	100	84.241	Amphiprion_ocellaris
ENSXETG00000012216	msi1	100	84.241	ENSAPEG00000003245	MSI1	100	84.241	Amphiprion_percula
ENSXETG00000012216	msi1	100	85.960	ENSAPEG00000006857	-	84	85.387	Amphiprion_percula
ENSXETG00000012216	msi1	100	81.972	ENSATEG00000017059	MSI1	100	81.408	Anabas_testudineus
ENSXETG00000012216	msi1	100	78.187	ENSATEG00000023779	-	100	78.187	Anabas_testudineus
ENSXETG00000012216	msi1	100	90.463	ENSACAG00000002762	MSI1	100	90.685	Anolis_carolinensis
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSANAG00000027151	MSI1	100	91.209	Aotus_nancymaae
ENSXETG00000012216	msi1	95	83.077	ENSANAG00000027901	-	90	88.737	Aotus_nancymaae
ENSXETG00000012216	msi1	100	86.207	ENSACLG00000000117	-	100	87.462	Astatotilapia_calliptera
ENSXETG00000012216	msi1	100	83.191	ENSACLG00000011230	MSI1	100	82.621	Astatotilapia_calliptera
ENSXETG00000012216	msi1	96	82.090	ENSAMXG00000038960	msi1	79	81.493	Astyanax_mexicanus
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	91.837	Bos_taurus
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSCJAG00000008578	MSI1	100	91.209	Callithrix_jacchus
ENSXETG00000012216	msi1	100	90.984	ENSCAFG00000010283	MSI1	100	90.934	Canis_familiaris
ENSXETG00000012216	msi1	95	92.357	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	92.308	Canis_lupus_dingo
ENSXETG00000012216	msi1	100	86.327	ENSCHIG00000024304	MSI1	100	86.253	Capra_hircus
ENSXETG00000012216	msi1	95	91.818	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	91.768	Carlito_syrichta
ENSXETG00000012216	msi1	95	91.304	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	91.241	Cavia_aperea
ENSXETG00000012216	msi1	95	91.908	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	91.860	Cavia_porcellus
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSCCAG00000035567	MSI1	100	91.209	Cebus_capucinus
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSCATG00000030019	MSI1	100	91.209	Cercocebus_atys
ENSXETG00000012216	msi1	100	88.525	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	91.860	Chinchilla_lanigera
ENSXETG00000012216	msi1	80	91.697	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	91.697	Chlorocebus_sabaeus
ENSXETG00000012216	msi1	100	92.593	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	91.738	Chrysemys_picta_bellii
ENSXETG00000012216	msi1	95	91.843	ENSCANG00000040651	MSI1	100	91.793	Colobus_angolensis_palliatus
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSCGRG00001018883	Msi1	100	91.209	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSXETG00000012216	msi1	95	91.592	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	91.541	Cricetulus_griseus_crigri
ENSXETG00000012216	msi1	94	80.061	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	80.061	Cynoglossus_semilaevis
ENSXETG00000012216	msi1	100	82.857	ENSCSEG00000005834	-	100	82.571	Cynoglossus_semilaevis
ENSXETG00000012216	msi1	100	84.195	ENSCSEG00000008352	-	100	84.195	Cynoglossus_semilaevis
ENSXETG00000012216	msi1	64	65.517	ENSCVAG00000017463	-	89	68.056	Cyprinodon_variegatus
ENSXETG00000012216	msi1	52	60.448	ENSCVAG00000017430	zgc:110796	94	60.448	Cyprinodon_variegatus
ENSXETG00000012216	msi1	100	86.494	ENSCVAG00000009100	MSI1	100	86.494	Cyprinodon_variegatus
ENSXETG00000012216	msi1	94	81.905	ENSDARG00000010710	msi1	100	84.579	Danio_rerio
ENSXETG00000012216	msi1	79	86.792	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	89	85.849	Danio_rerio
ENSXETG00000012216	msi1	94	88.608	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	87.342	Dasypus_novemcinctus
ENSXETG00000012216	msi1	91	91.867	ENSDORG00000005610	Msi1	99	87.606	Dipodomys_ordii
ENSXETG00000012216	msi1	95	89.058	ENSETEG00000004756	MSI1	100	89.058	Echinops_telfairi
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSEASG00005004736	MSI1	100	91.209	Equus_asinus_asinus
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSECAG00000017526	MSI1	100	91.209	Equus_caballus
ENSXETG00000012216	msi1	94	80.802	ENSELUG00000023219	MSI1	92	80.802	Esox_lucius
ENSXETG00000012216	msi1	94	83.129	ENSELUG00000023280	-	100	83.129	Esox_lucius
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSFCAG00000011007	MSI1	100	91.209	Felis_catus
ENSXETG00000012216	msi1	94	93.667	ENSFALG00000007574	MSI1	100	93.667	Ficedula_albicollis
ENSXETG00000012216	msi1	95	91.541	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	91.489	Fukomys_damarensis
ENSXETG00000012216	msi1	100	85.960	ENSFHEG00000022446	MSI1	100	85.387	Fundulus_heteroclitus
ENSXETG00000012216	msi1	100	83.714	ENSFHEG00000003560	-	100	83.714	Fundulus_heteroclitus
ENSXETG00000012216	msi1	100	75.637	ENSGMOG00000017838	-	100	75.637	Gadus_morhua
ENSXETG00000012216	msi1	100	85.303	ENSGMOG00000001006	MSI1	99	84.971	Gadus_morhua
ENSXETG00000012216	msi1	94	92.748	ENSGALG00000007227	MSI1	98	82.188	Gallus_gallus
ENSXETG00000012216	msi1	94	85.933	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	85.933	Gambusia_affinis
ENSXETG00000012216	msi1	100	66.667	ENSGAFG00000005860	-	100	66.667	Gambusia_affinis
ENSXETG00000012216	msi1	100	85.387	ENSGACG00000012679	MSI1	100	84.527	Gasterosteus_aculeatus
ENSXETG00000012216	msi1	100	78.082	ENSGACG00000008674	-	100	78.022	Gasterosteus_aculeatus
ENSXETG00000012216	msi1	100	92.593	ENSGAGG00000016037	MSI1	100	91.738	Gopherus_agassizii
ENSXETG00000012216	msi1	95	92.429	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	92.381	Gorilla_gorilla
ENSXETG00000012216	msi1	100	83.191	ENSHBUG00000021921	MSI1	100	82.621	Haplochromis_burtoni
ENSXETG00000012216	msi1	100	86.207	ENSHBUG00000011841	-	100	86.207	Haplochromis_burtoni
ENSXETG00000012216	msi1	100	90.984	ENSHGLG00000012782	MSI1	100	90.934	Heterocephalus_glaber_female
ENSXETG00000012216	msi1	95	91.541	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	91.489	Heterocephalus_glaber_male
ENSXETG00000012216	msi1	100	80.398	ENSHCOG00000012067	-	100	80.398	Hippocampus_comes
ENSXETG00000012216	msi1	94	81.595	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	81.595	Hippocampus_comes
ENSXETG00000012216	msi1	100	83.381	ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.808	Ictalurus_punctatus
ENSXETG00000012216	msi1	95	92.357	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	92.308	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSXETG00000012216	msi1	100	78.198	ENSJJAG00000010643	-	100	78.198	Jaculus_jaculus
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSJJAG00000010463	Msi1	100	91.209	Jaculus_jaculus
ENSXETG00000012216	msi1	100	86.167	ENSKMAG00000011251	MSI1	100	86.167	Kryptolebias_marmoratus
ENSXETG00000012216	msi1	94	83.129	ENSKMAG00000019877	-	100	83.129	Kryptolebias_marmoratus
ENSXETG00000012216	msi1	100	83.714	ENSLBEG00000001375	-	100	83.429	Labrus_bergylta
ENSXETG00000012216	msi1	100	85.673	ENSLBEG00000008789	MSI1	100	85.100	Labrus_bergylta
ENSXETG00000012216	msi1	95	85.549	ENSLACG00000018287	MSI1	100	85.465	Latimeria_chalumnae
ENSXETG00000012216	msi1	53	71.818	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	71	71.818	Lepisosteus_oculatus
ENSXETG00000012216	msi1	91	81.437	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	81.325	Loxodonta_africana
ENSXETG00000012216	msi1	95	91.908	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	91.860	Macaca_fascicularis
ENSXETG00000012216	msi1	95	91.908	ENSMMUG00000031527	MSI1	98	89.916	Macaca_mulatta
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSMNEG00000040034	MSI1	100	91.209	Macaca_nemestrina
ENSXETG00000012216	msi1	95	91.843	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	91.793	Mandrillus_leucophaeus
ENSXETG00000012216	msi1	100	86.455	ENSMAMG00000002279	MSI1	100	86.455	Mastacembelus_armatus
ENSXETG00000012216	msi1	96	85.928	ENSMAMG00000018426	-	100	83.954	Mastacembelus_armatus
ENSXETG00000012216	msi1	100	86.207	ENSMZEG00005000340	-	100	86.207	Maylandia_zebra
ENSXETG00000012216	msi1	100	83.191	ENSMZEG00005026892	MSI1	100	82.621	Maylandia_zebra
ENSXETG00000012216	msi1	69	98.225	ENSMGAG00000016518	-	100	98.225	Meleagris_gallopavo
ENSXETG00000012216	msi1	71	96.296	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	96.296	Mesocricetus_auratus
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.257	ENSMICG00000033181	MSI1	100	91.209	Microcebus_murinus
ENSXETG00000012216	msi1	100	90.984	ENSMOCG00000002286	Msi1	100	90.934	Microtus_ochrogaster
ENSXETG00000012216	msi1	97	78.550	ENSMMOG00000010492	MSI1	97	78.550	Mola_mola
ENSXETG00000012216	msi1	94	80.745	ENSMMOG00000012265	-	99	80.745	Mola_mola
ENSXETG00000012216	msi1	91	63.063	ENSMODG00000003189	-	100	63.063	Monodelphis_domestica
ENSXETG00000012216	msi1	100	86.207	ENSMALG00000017889	MSI1	100	86.207	Monopterus_albus
ENSXETG00000012216	msi1	94	85.890	ENSMALG00000001426	-	100	84.877	Monopterus_albus
ENSXETG00000012216	msi1	100	90.710	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	100	90.659	Mus_caroli
ENSXETG00000012216	msi1	100	90.710	ENSMUSG00000054256	Msi1	100	90.659	Mus_musculus
ENSXETG00000012216	msi1	100	91.714	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	100	91.143	Mus_pahari
ENSXETG00000012216	msi1	100	90.710	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	100	90.659	Mus_spretus
ENSXETG00000012216	msi1	95	92.357	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	92.308	Mustela_putorius_furo
ENSXETG00000012216	msi1	94	79.762	ENSMLUG00000010313	MSI1	100	82.143	Myotis_lucifugus
ENSXETG00000012216	msi1	95	91.592	ENSNGAG00000014508	Msi1	91	91.818	Nannospalax_galili
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ENSXETG00000012216	msi1	100	86.207	ENSNBRG00000000841	-	100	86.207	Neolamprologus_brichardi
ENSXETG00000012216	msi1	90	82.175	ENSNLEG00000015636	MSI1	100	82.067	Nomascus_leucogenys
ENSXETG00000012216	msi1	95	71.903	ENSMEUG00000015759	MSI1	100	71.733	Notamacropus_eugenii
ENSXETG00000012216	msi1	91	84.277	ENSOPRG00000016879	MSI1	100	84.177	Ochotona_princeps
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ENSXETG00000012216	msi1	100	90.984	ENSPANG00000006335	MSI1	100	90.934	Papio_anubis
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ENSXETG00000012216	msi1	95	87.651	ENSPKIG00000023575	-	100	85.632	Paramormyrops_kingsleyae
ENSXETG00000012216	msi1	80	86.580	ENSPSIG00000009621	-	100	86.087	Pelodiscus_sinensis
ENSXETG00000012216	msi1	94	93.458	ENSPSIG00000011608	-	93	93.458	Pelodiscus_sinensis
ENSXETG00000012216	msi1	94	73.602	ENSPMGG00000007743	-	92	69.592	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSXETG00000012216	msi1	90	83.810	ENSPMGG00000000514	MSI1	97	83.810	Periophthalmus_magnuspinnatus
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ENSXETG00000012216	msi1	94	71.865	ENSXCOG00000017605	MSI1	89	71.865	Xiphophorus_couchianus
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