EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSXETG00000012290 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: srp54
Alias: -
Full Name: signal recognition particle 54kDa
Gene Type: protein_coding
Species: Xenopus_tropicalis
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 9719 bases
Position: chrGL172781.1:838238-847956
Accession: XB-GENE-960992
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSXETP00000058440	SRP54	PF00448.22	1.2e-44	1	1
ENSXETP00000026869	SRP54	PF00448.22	8.7e-44	1	1
ENSXETP00000026869	SRP54_N	PF02881.19	2.4e-20	1	1
ENSXETP00000058440	SRP54_N	PF02881.19	2.4e-20	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSXETT00000061810	-	1539	-	ENSXETP00000058440	512 (aa)	-	F6YD08
ENSXETT00000026869	-	1485	-	ENSXETP00000026869	494 (aa)	-	F7BTA6

Gene Model

Click here to download ENSXETG00000012290's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSXETG00000012290's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSG00000100883	SRP54	100	98.649	Homo_sapiens
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSAPOG00000011314	srp54	100	81.262	Acanthochromis_polyacanthus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSAMEG00000015544	SRP54	100	82.249	Ailuropoda_melanoleuca
ENSXETG00000012290	srp54	89	77.899	ENSACIG00000022831	srp54	97	77.876	Amphilophus_citrinellus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSAOCG00000019401	srp54	100	81.262	Amphiprion_ocellaris
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSAPEG00000001977	srp54	100	81.262	Amphiprion_percula
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSATEG00000013877	srp54	100	81.262	Anabas_testudineus
ENSXETG00000012290	srp54	94	80.713	ENSAPLG00000010125	SRP54	95	80.713	Anas_platyrhynchos
ENSXETG00000012290	srp54	86	76.244	ENSACAG00000010631	-	100	76.201	Anolis_carolinensis
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.657	ENSACAG00000002103	-	100	81.657	Anolis_carolinensis
ENSXETG00000012290	srp54	64	64.458	ENSACAG00000001124	-	100	64.458	Anolis_carolinensis
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSANAG00000022133	SRP54	100	82.249	Aotus_nancymaae
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSACLG00000015866	srp54	100	81.262	Astatotilapia_calliptera
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSAMXG00000032669	SRP54	100	81.262	Astyanax_mexicanus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSBTAG00000019085	SRP54	100	82.249	Bos_taurus
ENSXETG00000012290	srp54	98	62.083	WBGene00009012	F21D5.7	100	62.055	Caenorhabditis_elegans
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSCJAG00000006581	SRP54	100	82.249	Callithrix_jacchus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSCAFG00000013331	SRP54	100	82.249	Canis_familiaris
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSCAFG00020023427	SRP54	100	82.249	Canis_lupus_dingo
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSCHIG00000026345	SRP54	100	82.249	Capra_hircus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.051	ENSTSYG00000002680	-	100	82.051	Carlito_syrichta
ENSXETG00000012290	srp54	94	77.634	ENSTSYG00000035333	-	93	77.634	Carlito_syrichta
ENSXETG00000012290	srp54	94	49.390	ENSCAPG00000008780	SRP54	100	47.610	Cavia_aperea
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.854	ENSCPOG00000003691	SRP54	100	81.854	Cavia_porcellus
ENSXETG00000012290	srp54	90	81.818	ENSCCAG00000024179	SRP54	100	81.818	Cebus_capucinus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSCATG00000034083	SRP54	100	82.249	Cercocebus_atys
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSCLAG00000015076	SRP54	100	82.249	Chinchilla_lanigera
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSCSAG00000015575	SRP54	100	82.249	Chlorocebus_sabaeus
ENSXETG00000012290	srp54	96	71.020	ENSCHOG00000008986	SRP54	100	70.816	Choloepus_hoffmanni
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSCPBG00000026195	SRP54	100	82.249	Chrysemys_picta_bellii
ENSXETG00000012290	srp54	100	70.809	ENSCING00000007380	-	100	70.809	Ciona_intestinalis
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSCANG00000028532	SRP54	100	82.249	Colobus_angolensis_palliatus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSCGRG00001009525	-	100	82.249	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSXETG00000012290	srp54	77	78.626	ENSCGRG00000009453	-	89	78.005	Cricetulus_griseus_crigri
ENSXETG00000012290	srp54	100	80.859	ENSCSEG00000012392	srp54	100	80.392	Cynoglossus_semilaevis
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.065	ENSCVAG00000010395	srp54	100	81.065	Cyprinodon_variegatus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSDARG00000098367	srp54	100	81.262	Danio_rerio
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSDNOG00000032525	SRP54	100	82.249	Dasypus_novemcinctus
ENSXETG00000012290	srp54	90	66.304	ENSDORG00000005159	-	98	66.154	Dipodomys_ordii
ENSXETG00000012290	srp54	96	67.213	FBgn0010747	Srp54k	98	67.066	Drosophila_melanogaster
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.055	ENSETEG00000016307	-	100	80.980	Echinops_telfairi
ENSXETG00000012290	srp54	83	50.948	ENSETEG00000012102	-	99	50.948	Echinops_telfairi
ENSXETG00000012290	srp54	100	74.219	ENSEBUG00000009437	-	100	74.162	Eptatretus_burgeri
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSEASG00005002057	SRP54	100	82.249	Equus_asinus_asinus
ENSXETG00000012290	srp54	99	81.836	ENSECAG00000018042	SRP54	98	81.836	Equus_caballus
ENSXETG00000012290	srp54	85	96.172	ENSEEUG00000001511	SRP54	83	96.172	Erinaceus_europaeus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSELUG00000003395	srp54	100	81.262	Esox_lucius
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.051	ENSFCAG00000032033	SRP54	100	82.051	Felis_catus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.854	ENSFALG00000005995	SRP54	100	81.854	Ficedula_albicollis
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSFDAG00000016767	SRP54	100	82.249	Fukomys_damarensis
ENSXETG00000012290	srp54	100	80.868	ENSFHEG00000004263	srp54	100	80.868	Fundulus_heteroclitus
ENSXETG00000012290	srp54	95	74.897	ENSGMOG00000011391	srp54	100	74.380	Gadus_morhua
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.854	ENSGALG00000023135	SRP54	100	81.854	Gallus_gallus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSGAFG00000011586	srp54	100	81.262	Gambusia_affinis
ENSXETG00000012290	srp54	100	80.671	ENSGACG00000004181	srp54	100	80.671	Gasterosteus_aculeatus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSGAGG00000014766	SRP54	100	82.249	Gopherus_agassizii
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSGGOG00000002926	SRP54	100	82.249	Gorilla_gorilla
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSHBUG00000005678	srp54	100	81.262	Haplochromis_burtoni
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSHGLG00000002850	SRP54	100	82.249	Heterocephalus_glaber_female
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSHGLG00100005263	SRP54	100	82.249	Heterocephalus_glaber_male
ENSXETG00000012290	srp54	100	60.000	ENSHGLG00100007281	-	100	60.000	Heterocephalus_glaber_male
ENSXETG00000012290	srp54	100	79.882	ENSHCOG00000021127	srp54	100	79.882	Hippocampus_comes
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSIPUG00000001420	srp54	100	81.262	Ictalurus_punctatus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSSTOG00000016023	SRP54	100	82.249	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSXETG00000012290	srp54	100	77.148	ENSJJAG00000013417	-	100	77.120	Jaculus_jaculus
ENSXETG00000012290	srp54	88	59.152	ENSJJAG00000016404	-	100	59.368	Jaculus_jaculus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSKMAG00000007707	srp54	100	81.262	Kryptolebias_marmoratus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSLBEG00000021122	srp54	100	81.262	Labrus_bergylta
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSLBEG00000018690	srp54	100	81.262	Labrus_bergylta
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSLACG00000017890	SRP54	100	81.262	Latimeria_chalumnae
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.460	ENSLOCG00000009440	srp54	100	81.460	Lepisosteus_oculatus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSLAFG00000012007	SRP54	100	82.249	Loxodonta_africana
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSMFAG00000044371	SRP54	100	82.249	Macaca_fascicularis
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSMMUG00000015073	FAM177A1	100	82.249	Macaca_mulatta
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSMNEG00000006947	SRP54	100	82.249	Macaca_nemestrina
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSMLEG00000042251	SRP54	100	82.249	Mandrillus_leucophaeus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSMAMG00000004803	srp54	100	81.262	Mastacembelus_armatus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSMZEG00005027528	srp54	100	81.262	Maylandia_zebra
ENSXETG00000012290	srp54	100	77.237	ENSMGAG00000012481	SRP54	100	77.210	Meleagris_gallopavo
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.446	ENSMAUG00000014447	-	100	82.446	Mesocricetus_auratus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSMICG00000010270	SRP54	100	82.249	Microcebus_murinus
ENSXETG00000012290	srp54	88	80.134	ENSMOCG00000000948	-	100	80.135	Microtus_ochrogaster
ENSXETG00000012290	srp54	90	76.840	ENSMMOG00000020303	srp54	99	76.304	Mola_mola
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.446	ENSMODG00000023150	-	100	82.446	Monodelphis_domestica
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.446	ENSMODG00000012925	-	100	82.446	Monodelphis_domestica
ENSXETG00000012290	srp54	88	78.936	ENSMALG00000009163	srp54	98	78.396	Monopterus_albus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.446	MGP_CAROLIEiJ_G0017754	-	100	82.446	Mus_caroli
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.657	ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	81.657	Mus_musculus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.446	ENSMUSG00000112449	Srp54b	92	94.048	Mus_musculus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.446	ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	98.182	Mus_musculus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.446	MGP_PahariEiJ_G0029510	-	100	82.446	Mus_pahari
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSMPUG00000016302	SRP54	100	82.249	Mustela_putorius_furo
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.657	ENSMLUG00000008958	SRP54	100	81.657	Myotis_lucifugus
ENSXETG00000012290	srp54	100	76.210	ENSNGAG00000019806	-	100	76.210	Nannospalax_galili
ENSXETG00000012290	srp54	88	78.795	ENSNBRG00000006000	srp54	100	78.781	Neolamprologus_brichardi
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSNLEG00000003496	SRP54	100	82.249	Nomascus_leucogenys
ENSXETG00000012290	srp54	67	98.214	ENSMEUG00000000138	-	76	98.214	Notamacropus_eugenii
ENSXETG00000012290	srp54	59	100.000	ENSOPRG00000014502	-	60	100.000	Ochotona_princeps
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSODEG00000004865	SRP54	100	82.249	Octodon_degus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSONIG00000011768	srp54	100	81.262	Oreochromis_niloticus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSOANG00000014051	SRP54	100	82.249	Ornithorhynchus_anatinus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.657	ENSOCUG00000007838	SRP54	100	81.657	Oryctolagus_cuniculus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.065	ENSORLG00000010027	srp54	100	81.065	Oryzias_latipes
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.065	ENSORLG00020001878	srp54	100	81.065	Oryzias_latipes_hni
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.065	ENSORLG00015021866	srp54	100	81.065	Oryzias_latipes_hsok
ENSXETG00000012290	srp54	100	80.868	ENSOMEG00000020952	srp54	100	80.868	Oryzias_melastigma
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSOGAG00000012188	SRP54	100	82.249	Otolemur_garnettii
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSOARG00000007160	SRP54	100	82.249	Ovis_aries
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSPPAG00000017434	SRP54	100	82.249	Pan_paniscus
ENSXETG00000012290	srp54	100	83.101	ENSPPRG00000014047	SRP54	100	83.101	Panthera_pardus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.051	ENSPTIG00000000744	SRP54	96	82.051	Panthera_tigris_altaica
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSPTRG00000006259	FAM177A1	100	82.249	Pan_troglodytes
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSPANG00000023853	SRP54	100	82.249	Papio_anubis
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.460	ENSPKIG00000001953	srp54	100	81.460	Paramormyrops_kingsleyae
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.051	ENSPSIG00000006476	SRP54	100	82.051	Pelodiscus_sinensis
ENSXETG00000012290	srp54	91	76.496	ENSPMGG00000004127	srp54	99	76.458	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSXETG00000012290	srp54	100	70.898	ENSPEMG00000019634	-	100	74.184	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSXETG00000012290	srp54	100	75.781	ENSPMAG00000006078	-	100	75.740	Petromyzon_marinus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSPCIG00000016175	SRP54	100	82.249	Phascolarctos_cinereus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSPFOG00000008870	srp54	100	81.262	Poecilia_formosa
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSPLAG00000009889	srp54	100	81.262	Poecilia_latipinna
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSPMEG00000008601	srp54	100	81.262	Poecilia_mexicana
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSPREG00000004505	srp54	100	81.262	Poecilia_reticulata
ENSXETG00000012290	srp54	100	77.148	ENSPPYG00000005739	SRP54	100	77.120	Pongo_abelii
ENSXETG00000012290	srp54	100	78.516	ENSPCAG00000006268	SRP54	100	78.501	Procavia_capensis
ENSXETG00000012290	srp54	100	80.315	ENSPCOG00000022473	SRP54	100	80.315	Propithecus_coquereli
ENSXETG00000012290	srp54	63	98.936	ENSPVAG00000010056	SRP54	82	98.936	Pteropus_vampyrus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSPNYG00000009717	srp54	100	81.262	Pundamilia_nyererei
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.460	ENSPNAG00000008544	srp54	100	81.460	Pygocentrus_nattereri
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSRNOG00000032776	Srp54a	100	82.249	Rattus_norvegicus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSRROG00000041292	SRP54	100	82.249	Rhinopithecus_roxellana
ENSXETG00000012290	srp54	86	43.875	YPR088C	SRP54	95	40.490	Saccharomyces_cerevisiae
ENSXETG00000012290	srp54	94	81.132	ENSSBOG00000035145	SRP54	100	81.132	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSXETG00000012290	srp54	69	74.929	ENSSHAG00000000671	SRP54	100	74.855	Sarcophilus_harrisii
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSSFOG00015013920	srp54	100	81.262	Scleropages_formosus
ENSXETG00000012290	srp54	100	76.199	ENSSMAG00000002441	srp54	100	76.164	Scophthalmus_maximus
ENSXETG00000012290	srp54	100	80.868	ENSSDUG00000018586	srp54	100	80.868	Seriola_dumerili
ENSXETG00000012290	srp54	100	80.868	ENSSLDG00000010476	srp54	100	80.868	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSSARG00000002744	SRP54	100	82.249	Sorex_araneus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSSPUG00000013101	SRP54	100	82.249	Sphenodon_punctatus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSSPAG00000002354	srp54	100	81.262	Stegastes_partitus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSSSCG00000001955	SRP54	100	82.249	Sus_scrofa
ENSXETG00000012290	srp54	94	80.713	ENSTGUG00000011945	-	95	80.713	Taeniopygia_guttata
ENSXETG00000012290	srp54	100	80.473	ENSTRUG00000007057	srp54	100	80.473	Takifugu_rubripes
ENSXETG00000012290	srp54	100	80.276	ENSTNIG00000002589	srp54	100	80.276	Tetraodon_nigroviridis
ENSXETG00000012290	srp54	89	72.527	ENSTBEG00000011409	SRP54	100	72.444	Tupaia_belangeri
ENSXETG00000012290	srp54	100	73.242	ENSTTRG00000000928	SRP54	73	98.137	Tursiops_truncatus
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSUMAG00000011234	SRP54	100	82.249	Ursus_maritimus
ENSXETG00000012290	srp54	94	80.922	ENSVPAG00000005668	SRP54	100	80.922	Vicugna_pacos
ENSXETG00000012290	srp54	100	82.249	ENSVVUG00000019962	SRP54	100	82.249	Vulpes_vulpes
ENSXETG00000012290	srp54	88	78.936	ENSXCOG00000004658	srp54	96	78.396	Xiphophorus_couchianus
ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	ENSXMAG00000018315	srp54	100	81.262	Xiphophorus_maculatus