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Description

Ensembl ID: MGP_CAROLIEiJ_G0018826 (Gene tree)
Gene ID: 110307666
Gene Symbol: Tnpo1
Alias: D13Ertd688e|Kpnb2
Full Name: transportin 1
Gene Type: protein_coding
Species: Mus_caroli
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 88852 bases
Position: chr13:92483043-92571894
Accession: 110307666
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
MGP_CAROLIEiJ_P0035254	IBN_N	PF03810.19	7.9e-17	1	1
MGP_CAROLIEiJ_P0035253	IBN_N	PF03810.19	7.9e-16	1	1
MGP_CAROLIEiJ_P0035252	IBN_N	PF03810.19	1e-15	1	1
MGP_CAROLIEiJ_P0035251	IBN_N	PF03810.19	1e-15	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
MGP_CAROLIEiJ_T0035254	-	614	-	MGP_CAROLIEiJ_P0035254	178 (aa)	-	UPI000268B4EB
MGP_CAROLIEiJ_T0035253	-	2503	-	MGP_CAROLIEiJ_P0035253	807 (aa)	-	-
MGP_CAROLIEiJ_T0035252	-	8357	-	MGP_CAROLIEiJ_P0035252	890 (aa)	XP_021035571	UPI000A31879A
MGP_CAROLIEiJ_T0035251	-	8365	-	MGP_CAROLIEiJ_P0035251	898 (aa)	XP_021035570	UPI000A31A729

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	99	85.821	MGP_CAROLIEiJ_G0031326	Tnpo2	99	85.795

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSG00000083312	TNPO1	100	100.000	Homo_sapiens
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.928	ENSAPOG00000003453	tnpo1	100	93.708	Acanthochromis_polyacanthus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSAMEG00000007147	TNPO1	99	98.552	Ailuropoda_melanoleuca
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.820	ENSACIG00000003711	tnpo1	99	93.023	Amphilophus_citrinellus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	94.052	ENSAOCG00000008154	tnpo1	100	93.820	Amphiprion_ocellaris
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	94.052	ENSAPEG00000001112	tnpo1	100	93.820	Amphiprion_percula
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.680	ENSATEG00000010408	tnpo1	100	93.371	Anabas_testudineus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	99	92.509	ENSAPLG00000009619	-	97	93.563	Anas_platyrhynchos
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	97.274	ENSACAG00000009599	TNPO1	100	96.854	Anolis_carolinensis
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	67.978	ENSANAG00000027118	-	99	64.088	Aotus_nancymaae
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSANAG00000022453	-	100	98.998	Aotus_nancymaae
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	88.427	ENSANAG00000025351	-	100	88.196	Aotus_nancymaae
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.820	ENSACLG00000027223	tnpo1	100	91.685	Astatotilapia_calliptera
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.258	ENSAMXG00000009842	tnpo1	100	92.377	Astyanax_mexicanus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSBTAG00000007979	TNPO1	100	99.443	Bos_taurus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSCJAG00000016409	TNPO1	100	99.109	Callithrix_jacchus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	96	99.183	ENSCAFG00000008081	TNPO1	100	99.183	Canis_familiaris
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSCAFG00020017397	TNPO1	100	96.292	Canis_lupus_dingo
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSCHIG00000023462	TNPO1	100	99.332	Capra_hircus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	99	95.141	ENSTSYG00000001871	TNPO1	97	97.661	Carlito_syrichta
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSCCAG00000026472	TNPO1	100	98.998	Cebus_capucinus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	63	93.750	ENSCCAG00000020805	-	76	91.597	Cebus_capucinus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSCATG00000043792	TNPO1	100	99.443	Cercocebus_atys
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSCLAG00000016191	TNPO1	100	98.998	Chinchilla_lanigera
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSCSAG00000015616	TNPO1	100	99.332	Chlorocebus_sabaeus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	85.998	ENSCHOG00000001746	TNPO1	100	86.541	Choloepus_hoffmanni
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	97.753	ENSCPBG00000000260	TNPO1	94	97.419	Chrysemys_picta_bellii
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	80	78.169	ENSCING00000021247	-	99	78.169	Ciona_intestinalis
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	99	75.866	ENSCSAVG00000010981	-	99	75.533	Ciona_savignyi
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSCANG00000004353	TNPO1	100	99.443	Colobus_angolensis_palliatus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSCGRG00001016580	Tnpo1	100	99.777	Cricetulus_griseus_chok1gshd
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	96	99.766	ENSCGRG00000010366	Tnpo1	100	99.766	Cricetulus_griseus_crigri
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	92.565	ENSCSEG00000012674	tnpo1	100	92.247	Cynoglossus_semilaevis
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.309	ENSCVAG00000001010	tnpo1	100	92.921	Cyprinodon_variegatus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	92.822	ENSDARG00000035390	tnpo1	100	92.144	Danio_rerio
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	99.438	ENSDNOG00000006647	TNPO1	100	93.192	Dasypus_novemcinctus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	93	99.157	ENSDORG00000006476	Tnpo1	100	99.156	Dipodomys_ordii
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	99	58.032	FBgn0035693	CG8219	99	57.111	Drosophila_melanogaster
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	89	99.543	ENSETEG00000017805	TNPO1	90	99.251	Echinops_telfairi
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	94	85.601	ENSEBUG00000001895	tnpo1	100	85.000	Eptatretus_burgeri
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSEASG00005018055	TNPO1	100	99.443	Equus_asinus_asinus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	99.438	ENSECAG00000024424	TNPO1	100	99.220	Equus_caballus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	89.888	ENSELUG00000002821	tnpo1	100	86.275	Esox_lucius
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSFCAG00000013181	TNPO1	100	99.443	Felis_catus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	97.753	ENSFALG00000010292	TNPO1	100	97.079	Ficedula_albicollis
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSFDAG00000013345	TNPO1	100	99.109	Fukomys_damarensis
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.820	ENSFHEG00000019234	tnpo1	100	93.266	Fundulus_heteroclitus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	92.135	ENSGMOG00000000347	tnpo1	99	89.922	Gadus_morhua
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	97.753	ENSGALG00000015014	TNPO1	100	96.404	Gallus_gallus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.258	ENSGAFG00000000943	tnpo1	100	92.040	Gambusia_affinis
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.820	ENSGACG00000015841	tnpo1	99	93.034	Gasterosteus_aculeatus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	97.398	ENSGAGG00000013419	TNPO1	100	97.191	Gopherus_agassizii
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	83.146	ENSGGOG00000022535	-	99	82.682	Gorilla_gorilla
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSGGOG00000026800	TNPO1	100	99.443	Gorilla_gorilla
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.820	ENSHBUG00000008068	tnpo1	100	93.258	Haplochromis_burtoni
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	68	85.950	ENSHGLG00000001198	-	93	84.821	Heterocephalus_glaber_female
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSHGLG00000000970	-	100	98.998	Heterocephalus_glaber_female
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	75.167	ENSHGLG00100000963	-	99	76.860	Heterocephalus_glaber_male
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	96	98.832	ENSHGLG00100017090	-	99	98.832	Heterocephalus_glaber_male
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	98.876	ENSSTOG00000021784	-	100	98.876	Ictidomys_tridecemlineatus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSJJAG00000010244	Tnpo1	97	99.438	Jaculus_jaculus
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MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.258	ENSLBEG00000009521	tnpo1	96	89.889	Labrus_bergylta
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	96	90.991	ENSLACG00000012199	TNPO1	100	89.186	Latimeria_chalumnae
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	95.291	ENSLOCG00000011092	tnpo1	98	94.966	Lepisosteus_oculatus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	97	98.614	ENSLAFG00000011796	TNPO1	100	98.614	Loxodonta_africana
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MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	99.438	ENSMMUG00000020923	TNPO1	100	99.332	Macaca_mulatta
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSMNEG00000044581	TNPO1	100	99.443	Macaca_nemestrina
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSMLEG00000030740	TNPO1	100	99.443	Mandrillus_leucophaeus
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MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSMAUG00000020550	Tnpo1	100	100.000	Mesocricetus_auratus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSMICG00000008468	TNPO1	99	95.297	Microcebus_murinus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSMOCG00000009301	Tnpo1	99	99.775	Microtus_ochrogaster
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	92.697	ENSMMOG00000005551	tnpo1	99	92.526	Mola_mola
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	99	97.674	ENSMODG00000001721	TNPO1	80	97.660	Monodelphis_domestica
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	92.441	ENSMALG00000009782	tnpo1	100	92.247	Monopterus_albus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	Mus_musculus
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MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	MGP_SPRETEiJ_G0019708	Tnpo1	100	100.000	Mus_spretus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSMPUG00000014387	TNPO1	100	99.332	Mustela_putorius_furo
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	96	98.719	ENSMLUG00000016317	TNPO1	100	98.719	Myotis_lucifugus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	99.555	ENSNGAG00000021263	Tnpo1	100	99.555	Nannospalax_galili
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.820	ENSNBRG00000009998	tnpo1	99	92.894	Neolamprologus_brichardi
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSNLEG00000004572	TNPO1	100	99.443	Nomascus_leucogenys
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	97	99.419	ENSOPRG00000012390	TNPO1	91	92.966	Ochotona_princeps
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	69	87.805	ENSODEG00000009802	-	96	86.614	Octodon_degus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	99.438	ENSODEG00000001771	TNPO1	100	98.775	Octodon_degus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	93.820	ENSONIG00000011151	tnpo1	99	92.522	Oreochromis_niloticus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	96	97.798	ENSOANG00000015785	TNPO1	100	97.561	Ornithorhynchus_anatinus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	96	92.874	ENSOCUG00000013318	TNPO1	100	92.874	Oryctolagus_cuniculus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	98	92.571	ENSORLG00000003182	tnpo1	99	92.348	Oryzias_latipes
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	99	92.910	ENSORLG00020011559	tnpo1	99	92.672	Oryzias_latipes_hni
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	99	93.035	ENSORLG00015019113	tnpo1	99	92.785	Oryzias_latipes_hsok
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	99	93.035	ENSOMEG00000014567	tnpo1	99	92.672	Oryzias_melastigma
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MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSPPRG00000022336	TNPO1	100	99.443	Panthera_pardus
MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	ENSPTIG00000018839	TNPO1	100	99.443	Panthera_tigris_altaica
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