EuRBPDB

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PPI

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Orthologs

Description

Ensembl ID: MGP_CAROLIEiJ_G0027508 (Gene tree)
Gene ID: 110294759
Gene Symbol: Gfi1
Alias: Gfi-1|Pal-1|Pal1
Full Name: growth factor independent 1 transcriptional repressor
Gene Type: protein_coding
Species: Mus_caroli
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 9394 bases
Position: chr5:100613340-100622733
Accession: 110294759
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
MGP_CAROLIEiJ_P0069554	zf-C2H2	PF00096.26	4.9e-28	1	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069554	zf-C2H2	PF00096.26	4.9e-28	2	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069554	zf-C2H2	PF00096.26	4.9e-28	3	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069554	zf-C2H2	PF00096.26	4.9e-28	4	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069554	zf-C2H2	PF00096.26	4.9e-28	5	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069554	zf-C2H2	PF00096.26	4.9e-28	6	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069555	zf-C2H2	PF00096.26	4.9e-28	1	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069555	zf-C2H2	PF00096.26	4.9e-28	2	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069555	zf-C2H2	PF00096.26	4.9e-28	3	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069555	zf-C2H2	PF00096.26	4.9e-28	4	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069555	zf-C2H2	PF00096.26	4.9e-28	5	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069555	zf-C2H2	PF00096.26	4.9e-28	6	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069556	zf-C2H2	PF00096.26	1.5e-27	1	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069556	zf-C2H2	PF00096.26	1.5e-27	2	6
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MGP_CAROLIEiJ_P0069556	zf-C2H2	PF00096.26	1.5e-27	5	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069556	zf-C2H2	PF00096.26	1.5e-27	6	6
MGP_CAROLIEiJ_P0069557	zf-C2H2	PF00096.26	9.1e-25	1	4
MGP_CAROLIEiJ_P0069557	zf-C2H2	PF00096.26	9.1e-25	2	4
MGP_CAROLIEiJ_P0069557	zf-C2H2	PF00096.26	9.1e-25	3	4
MGP_CAROLIEiJ_P0069557	zf-C2H2	PF00096.26	9.1e-25	4	4
MGP_CAROLIEiJ_P0069557	zf-met	PF12874.7	2.2e-08	1	1
MGP_CAROLIEiJ_P0069554	zf-met	PF12874.7	2.5e-07	1	1
MGP_CAROLIEiJ_P0069555	zf-met	PF12874.7	2.5e-07	1	1
MGP_CAROLIEiJ_P0069556	zf-met	PF12874.7	4.1e-07	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
MGP_CAROLIEiJ_T0069558	-	689	-	MGP_CAROLIEiJ_P0069558	186 (aa)	-	-
MGP_CAROLIEiJ_T0069555	-	2882	-	MGP_CAROLIEiJ_P0069555	423 (aa)	XP_021018870	UPI000A317A20
MGP_CAROLIEiJ_T0069554	-	2670	XM_021163210	MGP_CAROLIEiJ_P0069554	423 (aa)	XP_021018869	UPI000A317A20
MGP_CAROLIEiJ_T0069557	-	1489	-	MGP_CAROLIEiJ_P0069557	135 (aa)	-	UPI0000ECFA75
MGP_CAROLIEiJ_T0069556	-	2661	-	MGP_CAROLIEiJ_P0069556	489 (aa)	-	UPI000A317A2B

Gene Model

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	43.478	MGP_CAROLIEiJ_G0022445	Zfp236	56	36.842
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	42.520	MGP_CAROLIEiJ_G0021132	Zfp948	74	42.520
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	44.860	MGP_CAROLIEiJ_G0030502	-	67	44.860
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	47.788	MGP_CAROLIEiJ_G0018274	Zkscan4	55	47.788
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	46.094	MGP_CAROLIEiJ_G0031203	Zfp882	85	46.094
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	44.882	MGP_CAROLIEiJ_G0029614	Zfp715	62	44.882
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	47.368	MGP_CAROLIEiJ_G0024724	Zfp64	70	38.298
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	45.714	MGP_CAROLIEiJ_G0029356	Zfp574	60	43.925
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	48.819	MGP_CAROLIEiJ_G0016306	Zfp354a	69	48.819
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	45.522	MGP_CAROLIEiJ_G0015655	-	79	45.522
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	44.615	MGP_CAROLIEiJ_G0018661	Zfp759	89	44.615
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	47.059	MGP_CAROLIEiJ_G0018660	-	68	47.059
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	54.321	MGP_CAROLIEiJ_G0030498	Zfp768	50	53.488
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	45.133	MGP_CAROLIEiJ_G0028463	Prdm5	74	43.846
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	47.287	MGP_CAROLIEiJ_G0028343	Repin1	90	47.287
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	48.062	MGP_CAROLIEiJ_G0029135	Zfp628	54	48.062
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	48.507	MGP_CAROLIEiJ_G0029490	Zfp420	98	48.507
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	49.219	MGP_CAROLIEiJ_G0027176	Zbtb49	62	51.786
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	46.269	MGP_CAROLIEiJ_G0021128	Zfp51	78	46.269
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	46.457	MGP_CAROLIEiJ_G0031579	Zfp1	60	46.457
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	36.522	MGP_CAROLIEiJ_G0031662	Snai3	53	36.765
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	44.444	MGP_CAROLIEiJ_G0029146	Zfp784	65	44.444
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	47.368	MGP_CAROLIEiJ_G0029143	-	63	46.753
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	47.761	MGP_CAROLIEiJ_G0018683	Zfp493	80	47.761
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	45.522	MGP_CAROLIEiJ_G0029427	-	88	45.522
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	49.206	MGP_CAROLIEiJ_G0024261	Zfp661	62	49.206
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	49.254	MGP_CAROLIEiJ_G0019949	Zfp251	67	49.254
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	44.860	MGP_CAROLIEiJ_G0030501	Zfp764	67	44.860
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	39.535	MGP_CAROLIEiJ_G0031420	Zfp319	93	40.116
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	45.238	MGP_CAROLIEiJ_G0016437	Zfp867	80	45.238
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	46.457	MGP_CAROLIEiJ_G0029329	Zfp94	68	46.457
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	48.031	MGP_CAROLIEiJ_G0029322	Zfp235	61	48.031
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	50.746	MGP_CAROLIEiJ_G0029324	Zfp111	77	50.746
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	50.427	MGP_CAROLIEiJ_G0029326	Zfp108	69	50.427
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	47.761	MGP_CAROLIEiJ_G0029327	Zfp93	72	47.761
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	48.276	MGP_CAROLIEiJ_G0016391	Zfp672	93	48.276

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSG00000162676	GFI1	100	87.943	Homo_sapiens
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	97.778	ENSAPOG00000015189	gfi1ab	100	62.150	Acanthochromis_polyacanthus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSAMEG00000013858	-	99	98.953	Ailuropoda_melanoleuca
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	72.388	ENSACIG00000002180	-	99	72.388	Amphilophus_citrinellus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	97.778	ENSACIG00000016354	gfi1ab	100	61.772	Amphilophus_citrinellus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	95	89.844	ENSAOCG00000008339	gfi1ab	100	53.037	Amphiprion_ocellaris
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	97.778	ENSAPEG00000023870	gfi1ab	100	63.084	Amphiprion_percula
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	97.037	ENSATEG00000009167	gfi1ab	91	56.845	Anabas_testudineus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSAPLG00000015700	GFI1	100	72.386	Anas_platyrhynchos
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSACAG00000004498	GFI1	100	69.515	Anolis_carolinensis
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSANAG00000019656	GFI1	100	86.052	Aotus_nancymaae
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	97.778	ENSACLG00000026458	gfi1ab	93	61.916	Astatotilapia_calliptera
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	84	82.143	ENSACLG00000001258	-	91	82.143	Astatotilapia_calliptera
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	96.296	ENSAMXG00000039600	gfi1ab	100	57.569	Astyanax_mexicanus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	82	82.883	ENSAMXG00000015228	-	51	82.883	Astyanax_mexicanus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	93.284	ENSAMXG00000006669	GFI1	54	93.284	Astyanax_mexicanus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	99.259	ENSBTAG00000016723	GFI1	100	87.234	Bos_taurus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSCJAG00000017609	GFI1	100	85.343	Callithrix_jacchus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSCAFG00000020155	GFI1	100	87.707	Canis_familiaris
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSCAFG00020013371	GFI1	98	81.405	Canis_lupus_dingo
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	99.259	ENSCHIG00000016135	GFI1	100	86.761	Capra_hircus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	84	100.000	ENSCAPG00000016268	-	100	100.000	Cavia_aperea
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	99.259	ENSCPOG00000011727	GFI1	100	88.180	Cavia_porcellus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSCCAG00000036072	GFI1	100	86.288	Cebus_capucinus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSCATG00000037873	GFI1	100	87.470	Cercocebus_atys
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSCLAG00000005915	GFI1	100	83.218	Chinchilla_lanigera
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	95	100.000	ENSCSAG00000001469	GFI1	100	85.753	Chlorocebus_sabaeus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	99.259	ENSCPBG00000015742	-	100	99.259	Chrysemys_picta_bellii
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	78.358	ENSCING00000011342	-	88	74.251	Ciona_intestinalis
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	79.259	ENSCSAVG00000005904	-	100	77.160	Ciona_savignyi
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSCANG00000034077	GFI1	100	87.234	Colobus_angolensis_palliatus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSCGRG00001015432	Gfi1	100	93.144	Cricetulus_griseus_chok1gshd
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSCGRG00000013485	-	100	100.000	Cricetulus_griseus_crigri
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	96.296	ENSCSEG00000017729	GFI1	100	57.175	Cynoglossus_semilaevis
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	97.778	ENSCVAG00000011828	gfi1ab	100	59.112	Cyprinodon_variegatus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	96.296	ENSCVAG00000004930	GFI1	100	59.441	Cyprinodon_variegatus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	97.778	ENSDARG00000044457	gfi1ab	100	62.617	Danio_rerio
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSDNOG00000000782	GFI1	97	85.948	Dasypus_novemcinctus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSDORG00000023443	-	100	100.000	Dipodomys_ordii
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	86.667	ENSEBUG00000008075	gfi1ab	57	83.529	Eptatretus_burgeri
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	99.259	ENSEASG00005015509	GFI1	100	80.488	Equus_asinus_asinus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	94	78.431	ENSECAG00000006647	GFI1	92	80.000	Equus_caballus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSEEUG00000000198	GFI1	100	80.142	Erinaceus_europaeus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	94.815	ENSELUG00000019033	GFI1	100	57.845	Esox_lucius
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	99.259	ENSELUG00000003015	gfi1ab	99	62.645	Esox_lucius
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSFCAG00000005914	GFI1	100	88.180	Felis_catus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSFDAG00000019296	-	100	100.000	Fukomys_damarensis
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	96.296	ENSFHEG00000000341	GFI1	100	59.491	Fundulus_heteroclitus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	97.778	ENSFHEG00000010997	gfi1ab	100	59.674	Fundulus_heteroclitus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	99	98.507	ENSGMOG00000007737	gfi1ab	100	60.890	Gadus_morhua
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	100.000	ENSGALG00000043650	GFI1	100	71.926	Gallus_gallus
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	97.778	ENSGAFG00000016637	gfi1ab	100	59.954	Gambusia_affinis
MGP_CAROLIEiJ_G0027508	Gfi1	100	96.296	ENSGAFG00000018063	GFI1	100	60.000	Gambusia_affinis
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