EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Paralogs

Orthologs

Description

Ensembl ID: MGP_PahariEiJ_G0012839 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: -
Alias: -
Full Name: -
Gene Type: protein_coding
Species: Mus_pahari
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 71889 bases
Position: chr1:14236698-14308586
Accession: -
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	1	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	2	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	3	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	4	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	5	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	6	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	7	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	8	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	9	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	10	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	11	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	12	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	13	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	14	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-C2H2	PF00096.26	6e-81	15	15
MGP_PahariEiJ_P0015990	zf-met	PF12874.7	3.6e-10	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
MGP_PahariEiJ_T0015990	-	4407	-	MGP_PahariEiJ_P0015990	858 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0015993	-	608	-	MGP_PahariEiJ_P0015993	71 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0015989	-	535	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0015994	-	577	-	-	- (aa)	-	-

Gene Model

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	98	41.439	MGP_PahariEiJ_G0015741	Zfp759	99	44.444
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	78	47.952	MGP_PahariEiJ_G0019959	Zfp251	83	47.952
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	74	51.597	MGP_PahariEiJ_G0017434	Zfp354b	78	51.706
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	56	44.681	MGP_PahariEiJ_G0022097	Repin1	91	44.681
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	77	68.750	MGP_PahariEiJ_G0023447	Zfp51	94	68.750
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	76	47.561	MGP_PahariEiJ_G0012663	-	88	47.561
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	98	40.650	MGP_PahariEiJ_G0015756	Zfp748	99	46.239
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	60	54.545	MGP_PahariEiJ_G0013707	Zfp768	61	53.929
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	71	47.710	MGP_PahariEiJ_G0013709	-	75	47.710
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	58	36.071	MGP_PahariEiJ_G0026165	Zfp64	69	37.534
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	58	48.305	MGP_PahariEiJ_G0019324	Zkscan4	53	48.305
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	57	45.122	MGP_PahariEiJ_G0019173	Zfp236	66	45.122
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	66	36.842	MGP_PahariEiJ_G0024597	Gtf3a	78	36.842
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	64	58.161	MGP_PahariEiJ_G0012724	Zfp420	99	57.684
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	69	53.061	MGP_PahariEiJ_G0017441	Zfp354a	84	53.061
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	79	59.091	MGP_PahariEiJ_G0023178	Zfp1	79	59.091
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	71	49.206	MGP_PahariEiJ_G0017548	Zfp39	70	49.206
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	54	49.206	MGP_PahariEiJ_G0017280	Gfi1	100	49.206
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	68	53.689	MGP_PahariEiJ_G0025706	Zfp661	87	53.689
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	64	47.120	MGP_PahariEiJ_G0021003	Zfp628	60	45.550
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	54	52.000	MGP_PahariEiJ_G0021012	-	69	30.601
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	64	38.806	MGP_PahariEiJ_G0021011	-	78	35.172
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	86	57.143	MGP_PahariEiJ_G0021180	Zfp94	79	57.143
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	77	73.810	MGP_PahariEiJ_G0023460	Zfp945	91	73.810
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	68	53.571	MGP_PahariEiJ_G0022533	Zfp637	80	53.571
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	57	44.961	MGP_PahariEiJ_G0020835	Zbtb14	51	44.961
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	71	47.710	MGP_PahariEiJ_G0013708	-	75	47.710
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	55	37.418	MGP_PahariEiJ_G0029075	Zbtb17	58	37.939
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	56	35.246	MGP_PahariEiJ_G0021209	Zfp574	71	33.821
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	54	49.738	MGP_PahariEiJ_G0016960	Zbtb49	75	51.389
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	71	55.000	MGP_PahariEiJ_G0017567	Zfp867	90	55.000
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	64	37.961	MGP_PahariEiJ_G0023018	Zfp319	95	37.166
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	74	47.109	MGP_PahariEiJ_G0021668	Zfp882	98	47.109
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	57	38.142	MGP_PahariEiJ_G0022203	Prdm5	77	38.989
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	71	46.943	MGP_PahariEiJ_G0021172	Zfp112	79	49.378
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	73	55.529	MGP_PahariEiJ_G0021173	Zfp235	81	55.529
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	69	52.941	MGP_PahariEiJ_G0021177	Zfp108	79	52.941
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	64	52.941	MGP_PahariEiJ_G0021178	Zfp93	99	53.666

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	61	56.725	ENSAOCG00000013672	-	97	57.576	Amphiprion_ocellaris
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	71	48.031	ENSACLG00000008821	-	99	51.835	Astatotilapia_calliptera
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	69	58.108	ENSAMXG00000037981	-	74	58.108	Astyanax_mexicanus
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	66	56.566	ENSAMXG00000036633	-	61	62.143	Astyanax_mexicanus
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	54	54.448	ENSAMXG00000036241	-	86	54.448	Astyanax_mexicanus
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	63	56.129	ENSAMXG00000040677	-	84	57.576	Astyanax_mexicanus
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	65	60.790	ENSAMXG00000043423	-	74	60.790	Astyanax_mexicanus
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	81	56.393	ENSTSYG00000006246	-	94	56.393	Carlito_syrichta
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	74	60.656	ENSCGRG00001024303	-	99	60.656	Cricetulus_griseus_chok1gshd
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	71	57.627	ENSCGRG00001012803	-	91	57.627	Cricetulus_griseus_chok1gshd
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	58	60.000	ENSCGRG00001019143	-	84	60.000	Cricetulus_griseus_chok1gshd
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	71	57.627	ENSCGRG00000009742	-	91	57.627	Cricetulus_griseus_crigri
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	66	51.708	ENSCGRG00000008531	-	93	51.708	Cricetulus_griseus_crigri
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	57	47.783	ENSEBUG00000003236	-	95	47.500	Eptatretus_burgeri
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	58	57.531	ENSEBUG00000007375	-	87	57.531	Eptatretus_burgeri
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	68	48.658	ENSEBUG00000015834	-	83	48.658	Eptatretus_burgeri
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	68	56.522	ENSEBUG00000003590	-	74	56.522	Eptatretus_burgeri
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	57	47.430	ENSEBUG00000015993	-	66	47.430	Eptatretus_burgeri
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	65	57.975	ENSEBUG00000001121	-	78	57.975	Eptatretus_burgeri
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	64	57.279	ENSEBUG00000017017	-	73	54.921	Eptatretus_burgeri
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	66	50.976	ENSIPUG00000013315	-	95	50.976	Ictalurus_punctatus
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	73	54.054	ENSMAUG00000016437	-	100	54.054	Mesocricetus_auratus
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	71	59.322	ENSMAUG00000005691	-	89	59.322	Mesocricetus_auratus
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	74	54.592	ENSMOCG00000000365	-	97	54.592	Microtus_ochrogaster
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	72	61.017	MGP_CAROLIEiJ_G0018683	Zfp493	98	61.017	Mus_caroli
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	71	55.932	MGP_CAROLIEiJ_G0018660	-	75	55.932	Mus_caroli
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	71	55.932	ENSMUSG00000074824	Rslcan18	77	55.932	Mus_musculus
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	100	90.408	ENSMUSG00000091474	2610021A01Rik	100	90.408	Mus_musculus
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	71	55.932	MGP_SPRETEiJ_G0019543	-	77	55.932	Mus_spretus
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	57	43.114	ENSPMAG00000000404	-	99	43.114	Petromyzon_marinus
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	65	59.868	ENSPNAG00000014492	-	91	59.353	Pygocentrus_nattereri
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	64	59.804	ENSPNAG00000003017	-	96	59.804	Pygocentrus_nattereri
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	76	56.738	ENSSSCG00000040389	-	99	56.738	Sus_scrofa
MGP_PahariEiJ_G0012839	-	61	34.937	ENSTRUG00000014476	-	89	36.941	Takifugu_rubripes