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Description

Ensembl ID: MGP_PahariEiJ_G0022862 (Gene tree)
Gene ID: 110337190
Gene Symbol: Smarca5
Alias: 4933427E24Rik|D030040M08Rik|D330027N15Rik|MommeD4|Snf2h
Full Name: SWI/SNF related%2C matrix associated%2C actin dependent regulator of chromatin%2C subfamily a%2C member 5
Gene Type: protein_coding
Species: Mus_pahari
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 39473 bases
Position: chr20:5321497-5360969
Accession: 110337190
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
MGP_PahariEiJ_P0053408	ResIII	PF04851.15	1.4e-10	1	1
MGP_PahariEiJ_P0053408	DEAD	PF00270.29	7.3e-06	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
MGP_PahariEiJ_T0053412	-	668	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0053413	-	726	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0053410	-	477	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0053411	-	301	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0053409	-	3034	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0053408	-	5662	-	MGP_PahariEiJ_P0053408	1051 (aa)	XP_021075610	UPI000A31351C

Gene Model

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	93	84.576	MGP_PahariEiJ_G0031579	Smarca1	92	84.576
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	54	42.609	MGP_PahariEiJ_G0026845	Chd1l	63	42.007

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	97.814	ENSG00000153147	SMARCA5	100	97.814	Homo_sapiens
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.289	ENSAMEG00000009585	SMARCA5	100	98.289	Ailuropoda_melanoleuca
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	92	96.715	ENSAPLG00000009206	SMARCA5	100	96.715	Anas_platyrhynchos
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	98	94.180	ENSACAG00000003038	SMARCA5	99	94.180	Anolis_carolinensis
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	97.909	ENSANAG00000019345	SMARCA5	99	99.197	Aotus_nancymaae
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	97.814	ENSBTAG00000003399	SMARCA5	100	97.814	Bos_taurus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.004	ENSCJAG00000002735	SMARCA5	100	98.004	Callithrix_jacchus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.194	ENSCAFG00000007525	SMARCA5	100	98.194	Canis_familiaris
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	98	98.159	ENSCAFG00020025641	SMARCA5	99	98.159	Canis_lupus_dingo
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	96.388	ENSCHIG00000016375	-	100	96.388	Capra_hircus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.099	ENSCHIG00000013730	-	100	98.099	Capra_hircus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	96	98.411	ENSTSYG00000009954	SMARCA5	99	99.396	Carlito_syrichta
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	92	99.483	ENSCAPG00000013747	SMARCA5	95	99.483	Cavia_aperea
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.287	ENSCPOG00000002259	SMARCA5	100	98.287	Cavia_porcellus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.004	ENSCCAG00000027215	SMARCA5	99	99.297	Cebus_capucinus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.004	ENSCATG00000044917	SMARCA5	100	98.004	Cercocebus_atys
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	96	98.028	ENSCLAG00000006153	SMARCA5	100	99.698	Chinchilla_lanigera
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	92	99.484	ENSCSAG00000003448	SMARCA5	100	99.484	Chlorocebus_sabaeus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	89	98.519	ENSCHOG00000011724	SMARCA5	88	98.519	Choloepus_hoffmanni
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	96	96.090	ENSCPBG00000027535	SMARCA5	96	97.900	Chrysemys_picta_bellii
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	97.814	ENSCANG00000041629	SMARCA5	100	97.814	Colobus_angolensis_palliatus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	99	98.479	ENSCGRG00001012719	Smarca5	99	98.479	Cricetulus_griseus_chok1gshd
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	97	98.425	ENSCGRG00000001417	Smarca5	99	99.799	Cricetulus_griseus_crigri
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	98	95.247	ENSDNOG00000009158	SMARCA5	97	95.882	Dasypus_novemcinctus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	90	90.928	ENSDORG00000003466	Smarca5	97	90.928	Dipodomys_ordii
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	92	85.640	ENSEBUG00000014773	SMARCA5	96	85.640	Eptatretus_burgeri
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.384	ENSEASG00005001866	SMARCA5	100	98.384	Equus_asinus_asinus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.384	ENSECAG00000002676	SMARCA5	100	98.384	Equus_caballus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	94	95.267	ENSEEUG00000013176	SMARCA5	100	95.267	Erinaceus_europaeus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	92	89.278	ENSELUG00000014653	SMARCA5	99	89.278	Esox_lucius
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.384	ENSFCAG00000004544	SMARCA5	100	98.384	Felis_catus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	92	97.320	ENSFALG00000004987	SMARCA5	100	97.320	Ficedula_albicollis
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	99	95.798	ENSFDAG00000021016	SMARCA5	100	99.698	Fukomys_damarensis
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	99	85.014	ENSGMOG00000007519	SMARCA5	94	89.355	Gadus_morhua
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	95	97.490	ENSGALG00000009913	SMARCA5	97	97.015	Gallus_gallus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	95	88.668	ENSGACG00000017238	SMARCA5	97	88.668	Gasterosteus_aculeatus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	96	97.340	ENSGAGG00000019882	SMARCA5	96	98.000	Gopherus_agassizii
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	97.814	ENSGGOG00000012595	SMARCA5	99	99.295	Gorilla_gorilla
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	96	89.851	ENSHGLG00000000317	-	96	89.820	Heterocephalus_glaber_female
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	97.812	ENSHGLG00000000816	-	99	97.812	Heterocephalus_glaber_female
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	96	98.315	ENSHGLG00100018421	-	100	99.597	Heterocephalus_glaber_male
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.575	ENSSTOG00000010683	SMARCA5	99	98.575	Ictidomys_tridecemlineatus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	97.907	ENSJJAG00000014965	Smarca5	100	97.907	Jaculus_jaculus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	95	94.716	ENSLACG00000007091	SMARCA5	99	94.716	Latimeria_chalumnae
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	94	92.183	ENSLOCG00000008966	SMARCA5	98	90.873	Lepisosteus_oculatus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.099	ENSLAFG00000007795	SMARCA5	100	98.099	Loxodonta_africana
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.004	ENSMFAG00000043649	SMARCA5	100	98.004	Macaca_fascicularis
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.004	ENSMMUG00000000829	SMARCA5	100	98.004	Macaca_mulatta
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.004	ENSMNEG00000031916	SMARCA5	100	98.004	Macaca_nemestrina
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.004	ENSMLEG00000042393	SMARCA5	100	98.004	Mandrillus_leucophaeus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	95	97.000	ENSMGAG00000003517	SMARCA5	99	97.000	Meleagris_gallopavo
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	94	99.899	ENSMAUG00000015902	Smarca5	98	99.899	Mesocricetus_auratus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.099	ENSMICG00000003971	SMARCA5	100	98.099	Microcebus_murinus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	99	98.478	ENSMOCG00000016986	-	99	98.478	Microtus_ochrogaster
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	99	96.346	ENSMODG00000000391	SMARCA5	95	98.799	Monodelphis_domestica
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	99.810	ENSMUSG00000031715	Smarca5	100	99.810	Mus_musculus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.384	ENSMLUG00000000468	SMARCA5	100	98.384	Myotis_lucifugus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	99.144	ENSNGAG00000000441	Smarca5	100	99.144	Nannospalax_galili
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.004	ENSNLEG00000005383	SMARCA5	100	98.004	Nomascus_leucogenys
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	92	91.322	ENSMEUG00000001267	SMARCA5	100	91.322	Notamacropus_eugenii
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	85	98.429	ENSOPRG00000014427	SMARCA5	86	98.429	Ochotona_princeps
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	92	99.071	ENSOANG00000013921	SMARCA5	100	99.071	Ornithorhynchus_anatinus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	92	99.897	ENSOCUG00000013042	SMARCA5	100	99.897	Oryctolagus_cuniculus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.099	ENSOGAG00000009702	SMARCA5	100	98.099	Otolemur_garnettii
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	99	97.812	ENSOARG00000010589	SMARCA5	99	97.812	Ovis_aries
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	97.624	ENSPPAG00000028523	SMARCA5	99	99.194	Pan_paniscus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	97	93.164	ENSPPRG00000004925	SMARCA5	97	94.216	Panthera_pardus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	96	99.306	ENSPTIG00000020959	SMARCA5	97	99.306	Panthera_tigris_altaica
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	97.719	ENSPTRG00000016472	SMARCA5	99	99.295	Pan_troglodytes
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.004	ENSPANG00000001175	SMARCA5	100	98.004	Papio_anubis
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	95	89.300	ENSPKIG00000015885	SMARCA5	100	91.134	Paramormyrops_kingsleyae
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	95	89.447	ENSPKIG00000015699	SMARCA5	98	89.716	Paramormyrops_kingsleyae
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	95	95.988	ENSPSIG00000004177	SMARCA5	100	95.988	Pelodiscus_sinensis
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	92	89.815	ENSPMGG00000012316	SMARCA5	100	89.815	Periophthalmus_magnuspinnatus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	97	98.128	ENSPEMG00000008060	Smarca5	99	98.128	Peromyscus_maniculatus_bairdii
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	61	86.895	ENSPMAG00000008026	SMARCA5	99	86.895	Petromyzon_marinus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	96	69.518	ENSPMAG00000006011	SMARCA5	82	83.987	Petromyzon_marinus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	99	96.050	ENSPCIG00000003926	SMARCA5	96	98.312	Phascolarctos_cinereus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.099	ENSPPYG00000015091	SMARCA5	100	98.099	Pongo_abelii
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	86	89.189	ENSPCAG00000014230	SMARCA5	88	90.031	Procavia_capensis
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	95.342	ENSPCOG00000026744	SMARCA5	100	95.342	Propithecus_coquereli
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	99	98.000	ENSPVAG00000006482	SMARCA5	100	98.000	Pteropus_vampyrus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	97	88.039	ENSPNAG00000027824	SMARCA5	97	90.249	Pygocentrus_nattereri
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	95	99.899	ENSRNOG00000018149	Smarca5	100	99.899	Rattus_norvegicus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	97.816	ENSRBIG00000044644	SMARCA5	100	97.816	Rhinopithecus_bieti
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	98	97.677	ENSRROG00000029591	SMARCA5	99	99.296	Rhinopithecus_roxellana
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.099	ENSSBOG00000036257	SMARCA5	100	98.099	Saimiri_boliviensis_boliviensis
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	94	98.993	ENSSHAG00000008464	SMARCA5	100	98.993	Sarcophilus_harrisii
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	86.312	ENSSFOG00015013252	SMARCA5	97	89.731	Scleropages_formosus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	98	93.598	ENSSPUG00000007604	SMARCA5	99	96.281	Sphenodon_punctatus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.004	ENSSSCG00000009047	SMARCA5	100	98.004	Sus_scrofa
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	96	96.230	ENSTGUG00000002408	SMARCA5	99	96.500	Taeniopygia_guttata
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	98	98.159	ENSUAMG00000023495	SMARCA5	99	98.159	Ursus_americanus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	95	99.402	ENSUMAG00000015324	SMARCA5	97	99.402	Ursus_maritimus
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	97.909	ENSVPAG00000008982	SMARCA5	100	97.909	Vicugna_pacos
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	100	98.194	ENSVVUG00000017473	SMARCA5	100	98.194	Vulpes_vulpes
MGP_PahariEiJ_G0022862	Smarca5	95	89.289	ENSXETG00000017566	smarca5	95	93.242	Xenopus_tropicalis