EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Paralogs

Orthologs

Description

Ensembl ID: MGP_PahariEiJ_G0024329 (Gene tree)
Gene ID: 110339036
Gene Symbol: Sbno1
Alias: 9330180L10Rik|sno
Full Name: strawberry notch homolog 1
Gene Type: protein_coding
Species: Mus_pahari
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 59604 bases
Position: chr23:14304554-14364157
Accession: 110339036
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
MGP_PahariEiJ_P0059065	ResIII	PF04851.15	2.1e-07	1	1
MGP_PahariEiJ_P0059062	ResIII	PF04851.15	2.1e-07	1	1
MGP_PahariEiJ_P0059064	ResIII	PF04851.15	2.5e-07	1	1
MGP_PahariEiJ_P0059058	ResIII	PF04851.15	4e-07	1	1
MGP_PahariEiJ_P0059059	ResIII	PF04851.15	4e-07	1	1
MGP_PahariEiJ_P0059060	ResIII	PF04851.15	4e-07	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
MGP_PahariEiJ_T0059070	-	358	-	MGP_PahariEiJ_P0059070	92 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0059071	-	1736	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0059065	-	2100	-	MGP_PahariEiJ_P0059065	663 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0059064	-	2514	-	MGP_PahariEiJ_P0059064	786 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0059067	-	1224	-	MGP_PahariEiJ_P0059067	241 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0059066	-	4955	-	MGP_PahariEiJ_P0059066	263 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0059061	-	1037	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0059060	-	4167	-	MGP_PahariEiJ_P0059060	1389 (aa)	XP_021078149	UPI000A30408E
MGP_PahariEiJ_T0059063	-	516	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0059062	-	2440	-	MGP_PahariEiJ_P0059062	756 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0059058	-	10003	-	MGP_PahariEiJ_P0059058	1390 (aa)	XP_021078148	UPI000A3052EC
MGP_PahariEiJ_T0059059	-	10118	-	MGP_PahariEiJ_P0059059	1390 (aa)	XP_021078148	UPI000A3052EC
MGP_PahariEiJ_T0059069	-	628	-	MGP_PahariEiJ_P0059069	133 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0059068	-	796	-	MGP_PahariEiJ_P0059068	211 (aa)	-	-

Gene Model

Click here to download MGP_PahariEiJ_G0024329's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download MGP_PahariEiJ_G0024329's network

Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	68.421	MGP_PahariEiJ_G0030976	Sbno2	70	68.027

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.569	ENSG00000139697	SBNO1	99	97.414	Homo_sapiens
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.789	ENSAPOG00000003196	sbno1	98	81.395	Acanthochromis_polyacanthus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.962	ENSAMEG00000015151	SBNO1	99	97.491	Ailuropoda_melanoleuca
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.789	ENSACIG00000008088	sbno1	99	74.090	Amphilophus_citrinellus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.789	ENSAOCG00000014859	sbno1	99	75.229	Amphiprion_ocellaris
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.789	ENSAPEG00000006069	sbno1	99	75.229	Amphiprion_percula
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	89.912	ENSATEG00000006667	sbno1	99	75.806	Anabas_testudineus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	97.368	ENSAPLG00000015674	SBNO1	99	91.942	Anas_platyrhynchos
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	96.053	ENSACAG00000015441	SBNO1	88	86.957	Anolis_carolinensis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.833	ENSANAG00000029958	-	99	97.198	Aotus_nancymaae
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.351	ENSACLG00000024913	sbno1	99	75.000	Astatotilapia_calliptera
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	92.105	ENSAMXG00000019473	sbno1	99	79.801	Astyanax_mexicanus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	98.193	ENSBTAG00000020505	SBNO1	99	97.773	Bos_taurus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.833	ENSCJAG00000016599	SBNO1	99	97.342	Callithrix_jacchus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.205	ENSCAFG00000007503	SBNO1	99	97.579	Canis_familiaris
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	98.336	ENSCAFG00020015363	SBNO1	99	96.695	Canis_lupus_dingo
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.078	ENSCHIG00000008382	SBNO1	99	97.628	Capra_hircus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.888	ENSTSYG00000012749	SBNO1	99	97.701	Carlito_syrichta
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	98.684	ENSCAPG00000000384	SBNO1	99	98.564	Cavia_aperea
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	96.974	ENSCPOG00000008109	SBNO1	99	98.564	Cavia_porcellus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.983	ENSCCAG00000035316	SBNO1	99	92.965	Cebus_capucinus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	99.561	ENSCATG00000008239	SBNO1	98	99.099	Cercocebus_atys
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	97.126	ENSCLAG00000008995	SBNO1	99	98.564	Chinchilla_lanigera
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	99.561	ENSCSAG00000002064	SBNO1	99	98.271	Chlorocebus_sabaeus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	99.561	ENSCHOG00000008814	SBNO1	96	93.840	Choloepus_hoffmanni
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	97.368	ENSCPBG00000025968	SBNO1	99	92.081	Chrysemys_picta_bellii
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	93.675	ENSCANG00000042688	-	99	92.037	Colobus_angolensis_palliatus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	98.855	ENSCGRG00001017470	Sbno1	99	98.562	Cricetulus_griseus_chok1gshd
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	98.855	ENSCGRG00000004756	Sbno1	99	98.562	Cricetulus_griseus_crigri
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.351	ENSCSEG00000011919	sbno1	99	75.584	Cynoglossus_semilaevis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.228	ENSCVAG00000007038	sbno1	99	76.288	Cyprinodon_variegatus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	93.421	ENSDARG00000099080	sbno1	99	80.043	Danio_rerio
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.819	ENSDNOG00000017147	SBNO1	98	97.533	Dasypus_novemcinctus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	84.290	ENSDORG00000015261	Sbno1	99	84.290	Dipodomys_ordii
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	99.561	ENSETEG00000005620	SBNO1	93	90.256	Echinops_telfairi
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	85.965	ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.523	Eptatretus_burgeri
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	98.494	ENSEASG00005012595	-	92	98.071	Equus_asinus_asinus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.713	ENSECAG00000006127	SBNO1	99	97.999	Equus_caballus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	83	97.253	ENSEEUG00000003793	SBNO1	83	97.253	Erinaceus_europaeus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.789	ENSELUG00000002886	sbno1	99	78.138	Esox_lucius
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.918	ENSFCAG00000015331	SBNO1	100	97.918	Felis_catus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	96.930	ENSFALG00000009273	SBNO1	99	92.158	Ficedula_albicollis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	96.974	ENSFDAG00000014232	SBNO1	99	95.111	Fukomys_damarensis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.789	ENSFHEG00000007360	sbno1	99	76.275	Fundulus_heteroclitus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.789	ENSGMOG00000018229	sbno1	99	78.593	Gadus_morhua
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	97.368	ENSGALG00000003392	SBNO1	99	92.345	Gallus_gallus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.228	ENSGAFG00000003960	sbno1	99	76.342	Gambusia_affinis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.351	ENSGACG00000015633	sbno1	99	78.947	Gasterosteus_aculeatus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	97	94.812	ENSGAGG00000001065	SBNO1	99	91.301	Gopherus_agassizii
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.833	ENSGGOG00000015000	SBNO1	99	97.340	Gorilla_gorilla
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	89.912	ENSHBUG00000011910	sbno1	99	69.313	Haplochromis_burtoni
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	96.839	ENSHGLG00000014165	-	99	96.839	Heterocephalus_glaber_female
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	89.474	ENSHCOG00000003246	sbno1	95	71.566	Hippocampus_comes
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.789	ENSIPUG00000015830	Sbno1	98	78.708	Ictalurus_punctatus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.888	ENSSTOG00000023221	SBNO1	99	98.923	Ictidomys_tridecemlineatus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.332	ENSJJAG00000001741	Sbno1	99	97.629	Jaculus_jaculus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.228	ENSKMAG00000009696	sbno1	99	75.725	Kryptolebias_marmoratus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.228	ENSLBEG00000007623	sbno1	99	76.117	Labrus_bergylta
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	94	95.595	ENSLACG00000017227	SBNO1	99	83.644	Latimeria_chalumnae
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	92.544	ENSLOCG00000005725	sbno1	97	82.090	Lepisosteus_oculatus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	96.911	ENSLAFG00000002135	SBNO1	99	96.911	Loxodonta_africana
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.833	ENSMFAG00000031429	SBNO1	99	97.414	Macaca_fascicularis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.833	ENSMMUG00000011496	SBNO1	99	97.414	Macaca_mulatta
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	95.618	ENSMLEG00000033260	SBNO1	99	98.743	Mandrillus_leucophaeus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.789	ENSMAMG00000005473	sbno1	99	75.634	Mastacembelus_armatus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	97.368	ENSMGAG00000003274	SBNO1	99	92.264	Meleagris_gallopavo
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	99.397	ENSMAUG00000004834	-	100	99.397	Mesocricetus_auratus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.888	ENSMICG00000006573	-	99	96.962	Microcebus_murinus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	99.242	ENSMOCG00000009390	Sbno1	99	94.820	Microtus_ochrogaster
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	96	89.610	ENSMMOG00000008691	sbno1	99	72.566	Mola_mola
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	94.393	ENSMODG00000012470	SBNO1	99	94.899	Monodelphis_domestica
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.789	ENSMALG00000001056	sbno1	99	75.792	Monopterus_albus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	99.397	MGP_CAROLIEiJ_G0027749	Sbno1	100	99.397	Mus_caroli
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	99.548	ENSMUSG00000038095	Sbno1	100	99.548	Mus_musculus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	99.548	MGP_SPRETEiJ_G0028747	Sbno1	100	99.548	Mus_spretus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.586	ENSMPUG00000001658	SBNO1	99	97.917	Mustela_putorius_furo
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.823	ENSMLUG00000017159	SBNO1	99	97.198	Myotis_lucifugus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	98.941	ENSNGAG00000012620	Sbno1	99	98.060	Nannospalax_galili
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.351	ENSNBRG00000019189	sbno1	99	74.874	Neolamprologus_brichardi
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.134	ENSNLEG00000001502	SBNO1	99	93.746	Nomascus_leucogenys
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	94	97.797	ENSMEUG00000008768	-	93	90.446	Notamacropus_eugenii
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	98.246	ENSOPRG00000011054	SBNO1	99	93.826	Ochotona_princeps
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	97.126	ENSODEG00000009997	SBNO1	99	98.923	Octodon_degus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.351	ENSONIG00000015348	sbno1	99	75.670	Oreochromis_niloticus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.315	ENSOCUG00000002441	SBNO1	95	95.912	Oryctolagus_cuniculus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.228	ENSORLG00000001593	sbno1	99	75.474	Oryzias_latipes
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.228	ENSORLG00020015216	sbno1	99	75.527	Oryzias_latipes_hni
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.228	ENSORLG00015002726	sbno1	99	75.527	Oryzias_latipes_hsok
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.228	ENSOMEG00000019313	sbno1	99	75.193	Oryzias_melastigma
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	99.561	ENSOGAG00000010781	-	100	94.127	Otolemur_garnettii
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.831	ENSOARG00000004404	SBNO1	99	97.416	Ovis_aries
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.983	ENSPPAG00000024635	SBNO1	99	97.414	Pan_paniscus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.918	ENSPPRG00000022092	SBNO1	100	97.918	Panthera_pardus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.074	ENSPTIG00000017803	SBNO1	99	97.628	Panthera_tigris_altaica
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.983	ENSPTRG00000005597	SBNO1	99	97.486	Pan_troglodytes
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.833	ENSPANG00000011640	SBNO1	99	98.743	Papio_anubis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.667	ENSPKIG00000001441	sbno1	99	80.329	Paramormyrops_kingsleyae
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.667	ENSPSIG00000009256	-	100	87.782	Pelodiscus_sinensis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	92.006	ENSPSIG00000009572	-	99	91.404	Pelodiscus_sinensis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	93	84.375	ENSPMGG00000017196	sbno1	94	81.950	Periophthalmus_magnuspinnatus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	98.473	ENSPEMG00000016087	Sbno1	99	98.275	Peromyscus_maniculatus_bairdii
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	89	86.512	ENSPMAG00000007246	-	100	60.996	Petromyzon_marinus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	94.135	ENSPCIG00000010985	SBNO1	100	94.329	Phascolarctos_cinereus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.667	ENSPFOG00000005069	sbno1	99	76.500	Poecilia_formosa
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.667	ENSPLAG00000015015	sbno1	99	76.516	Poecilia_latipinna
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.667	ENSPMEG00000021212	sbno1	99	76.412	Poecilia_mexicana
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.228	ENSPREG00000017746	sbno1	99	76.059	Poecilia_reticulata
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	99	97.052	ENSPPYG00000005084	SBNO1	99	97.052	Pongo_abelii
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	99.561	ENSPCAG00000008634	SBNO1	88	92.011	Procavia_capensis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.738	ENSPCOG00000024277	SBNO1	99	98.907	Propithecus_coquereli
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	99.123	ENSPVAG00000015304	SBNO1	87	98.608	Pteropus_vampyrus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.351	ENSPNYG00000004291	sbno1	99	75.847	Pundamilia_nyererei
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	92.105	ENSPNAG00000015622	sbno1	99	79.146	Pygocentrus_nattereri
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	98.563	ENSRNOG00000001064	Sbno1	100	98.563	Rattus_norvegicus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	96.983	ENSRROG00000034230	SBNO1	99	98.743	Rhinopithecus_roxellana
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	99.561	ENSSBOG00000015422	SBNO1	99	92.256	Saimiri_boliviensis_boliviensis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	92.544	ENSSFOG00015019025	sbno1	99	80.714	Scleropages_formosus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.228	ENSSMAG00000013640	sbno1	99	76.076	Scophthalmus_maximus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.228	ENSSDUG00000023480	sbno1	99	75.507	Seriola_dumerili
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.228	ENSSLDG00000007928	sbno1	99	75.437	Seriola_lalandi_dorsalis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	99.561	ENSSARG00000002594	SBNO1	89	97.569	Sorex_araneus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	96.491	ENSSPUG00000012640	SBNO1	99	88.993	Sphenodon_punctatus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.351	ENSSPAG00000016244	sbno1	99	75.035	Stegastes_partitus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	98.193	ENSSSCG00000009776	SBNO1	99	97.845	Sus_scrofa
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	96.930	ENSTGUG00000005380	SBNO1	99	92.014	Taeniopygia_guttata
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.789	ENSTRUG00000018490	sbno1	100	75.704	Takifugu_rubripes
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	90.789	ENSTNIG00000013506	sbno1	99	71.233	Tetraodon_nigroviridis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.586	ENSUAMG00000019671	SBNO1	99	97.845	Ursus_americanus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.586	ENSUMAG00000004002	SBNO1	99	97.845	Ursus_maritimus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	92.503	ENSVPAG00000007024	SBNO1	95	95.556	Vicugna_pacos
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	100	97.205	ENSVVUG00000027807	SBNO1	99	97.629	Vulpes_vulpes
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	95.175	ENSXETG00000031930	SBNO1	100	82.500	Xenopus_tropicalis
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.667	ENSXCOG00000011607	sbno1	96	75.140	Xiphophorus_couchianus
MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	91.667	ENSXMAG00000002140	sbno1	99	76.412	Xiphophorus_maculatus