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PPI

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Orthologs

Description

Ensembl ID: MGP_PahariEiJ_G0027779 (Gene tree)
Gene ID: 110322479
Gene Symbol: R3hdm1
Alias: -
Full Name: R3H domain containing 1
Gene Type: protein_coding
Species: Mus_pahari
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 135634 bases
Position: chr5:102579626-102715259
Accession: 110322479
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
MGP_PahariEiJ_P0074920	R3H	PF01424.22	4e-12	1	1
MGP_PahariEiJ_P0074926	R3H	PF01424.22	5e-12	1	1
MGP_PahariEiJ_P0074924	R3H	PF01424.22	1.2e-11	1	1
MGP_PahariEiJ_P0074922	R3H	PF01424.22	1.4e-11	1	1
MGP_PahariEiJ_P0074921	R3H	PF01424.22	3.3e-11	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
MGP_PahariEiJ_T0074931	-	1155	-	MGP_PahariEiJ_P0074931	385 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0074934	-	1584	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0074933	-	6196	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0074930	-	549	-	MGP_PahariEiJ_P0074930	182 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0074921	-	4789	XM_021199150	MGP_PahariEiJ_P0074921	1134 (aa)	XP_021054809	UPI000A312C61
MGP_PahariEiJ_T0074920	-	1130	-	MGP_PahariEiJ_P0074920	239 (aa)	-	UPI00005AC033
MGP_PahariEiJ_T0074923	-	8017	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0074922	-	3970	-	MGP_PahariEiJ_P0074922	548 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0074925	-	453	-	MGP_PahariEiJ_P0074925	32 (aa)	-	UPI0004621072
MGP_PahariEiJ_T0074919	-	2435	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0074927	-	6024	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0074926	-	1037	-	MGP_PahariEiJ_P0074926	286 (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0074929	-	4973	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0074928	-	611	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0074932	-	3626	-	-	- (aa)	-	-
MGP_PahariEiJ_T0074924	-	1651	-	MGP_PahariEiJ_P0074924	486 (aa)	-	-

Gene Model

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	86	58.352	MGP_PahariEiJ_G0015627	Arpp21	85	60.976
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	97	59.574	MGP_PahariEiJ_G0031189	R3hdm2	96	57.598

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	94.561	ENSG00000048991	R3HDM1	99	94.346	Homo_sapiens
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	64.898	ENSAPOG00000020850	r3hdm1	97	47.451	Acanthochromis_polyacanthus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	99	93.173	ENSAMEG00000014886	R3HDM1	100	88.556	Ailuropoda_melanoleuca
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	90	54.911	ENSACIG00000018791	-	81	56.691	Amphilophus_citrinellus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	64.883	ENSAOCG00000005192	r3hdm1	99	46.994	Amphiprion_ocellaris
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	64.490	ENSAPEG00000016108	r3hdm1	99	45.143	Amphiprion_percula
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	64.344	ENSATEG00000000232	r3hdm1	99	44.557	Anabas_testudineus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	78.738	ENSAPLG00000015231	R3HDM1	100	74.472	Anas_platyrhynchos
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	94	82.913	ENSACAG00000001676	R3HDM1	100	77.233	Anolis_carolinensis
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	93.724	ENSANAG00000035334	R3HDM1	100	87.687	Aotus_nancymaae
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	62.857	ENSACLG00000027282	r3hdm1	94	46.536	Astatotilapia_calliptera
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	70.850	ENSAMXG00000012861	R3HDM1	100	71.154	Astyanax_mexicanus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	79	57.576	ENSAMXG00000020587	arpp21	84	58.704	Astyanax_mexicanus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	61.935	ENSAMXG00000003536	r3hdm1	100	62.704	Astyanax_mexicanus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	92.887	ENSBTAG00000013302	R3HDM1	100	89.877	Bos_taurus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	93.305	ENSCJAG00000011718	R3HDM1	100	87.665	Callithrix_jacchus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	99	92.989	ENSCAFG00000005075	R3HDM1	100	88.644	Canis_familiaris
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	99	92.989	ENSCAFG00020016119	R3HDM1	100	91.373	Canis_lupus_dingo
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	99	92.620	ENSCHIG00000020851	R3HDM1	100	89.877	Capra_hircus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	80.836	ENSCAPG00000013043	-	100	80.836	Cavia_aperea
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	90.941	ENSCPOG00000012784	R3HDM1	100	91.350	Cavia_porcellus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	92.593	ENSCCAG00000027199	R3HDM1	100	87.588	Cebus_capucinus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	93.724	ENSCATG00000023642	R3HDM1	100	89.710	Cercocebus_atys
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	93.380	ENSCLAG00000007962	R3HDM1	100	93.380	Chinchilla_lanigera
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	89.534	ENSCSAG00000016356	R3HDM1	100	89.622	Chlorocebus_sabaeus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	88	75.722	ENSCHOG00000013638	R3HDM1	91	75.459	Choloepus_hoffmanni
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	92	76.000	ENSCPBG00000009645	R3HDM1	100	90.775	Chrysemys_picta_bellii
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	93.724	ENSCANG00000034748	R3HDM1	100	86.895	Colobus_angolensis_palliatus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	99	96.823	ENSCGRG00001012357	R3hdm1	97	96.823	Cricetulus_griseus_chok1gshd
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	98.258	ENSCGRG00000012080	R3hdm1	100	98.258	Cricetulus_griseus_crigri
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	58.367	ENSCSEG00000008944	r3hdm1	99	42.654	Cynoglossus_semilaevis
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	64.082	ENSCVAG00000007582	r3hdm1	99	46.767	Cyprinodon_variegatus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	93	50.741	ENSDARG00000061081	arpp21	95	35.885	Danio_rerio
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	99	86.339	ENSDNOG00000000771	R3HDM1	100	84.151	Dasypus_novemcinctus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	95.819	ENSDORG00000027689	-	100	95.819	Dipodomys_ordii
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	86.047	ENSETEG00000013606	R3HDM1	100	76.937	Echinops_telfairi
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	83	54.902	ENSEBUG00000014746	arpp21	97	41.545	Eptatretus_burgeri
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	94.979	ENSEASG00005007392	R3HDM1	100	94.335	Equus_asinus_asinus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	94.979	ENSECAG00000019114	R3HDM1	100	94.335	Equus_caballus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	77.409	ENSEEUG00000012589	R3HDM1	89	82.819	Erinaceus_europaeus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	77	69.683	ENSELUG00000014413	r3hdm1	96	52.470	Esox_lucius
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	77	80.000	ENSELUG00000004909	R3HDM1	99	52.484	Esox_lucius
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	94.561	ENSFCAG00000027113	R3HDM1	100	94.828	Felis_catus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	99	79.779	ENSFALG00000013731	R3HDM1	93	69.003	Ficedula_albicollis
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	93.728	ENSFDAG00000016478	R3HDM1	100	93.728	Fukomys_damarensis
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	65.870	ENSFHEG00000018713	r3hdm1	99	46.544	Fundulus_heteroclitus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	78	71.353	ENSGMOG00000006042	-	74	67.245	Gadus_morhua
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	82.008	ENSGALG00000012246	R3HDM1	99	85.574	Gallus_gallus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	64.113	ENSGAFG00000006203	r3hdm1	99	44.268	Gambusia_affinis
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	80	72.034	ENSGACG00000014925	r3hdm1	99	47.901	Gasterosteus_aculeatus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	95	84.919	ENSGAGG00000007840	R3HDM1	96	82.793	Gopherus_agassizii
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	94.561	ENSGGOG00000008156	R3HDM1	100	87.412	Gorilla_gorilla
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	63.211	ENSHBUG00000015737	R3HDM1	90	57.634	Haplochromis_burtoni
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	93.728	ENSHGLG00000015718	R3HDM1	100	93.728	Heterocephalus_glaber_female
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	99	69.492	ENSHGLG00100015374	-	100	65.608	Heterocephalus_glaber_male
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	93.380	ENSHGLG00100003184	-	100	93.380	Heterocephalus_glaber_male
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	59.751	ENSHCOG00000013366	r3hdm1	88	60.000	Hippocampus_comes
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	60	57.241	ENSHCOG00000005036	-	63	42.257	Hippocampus_comes
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	63.600	ENSIPUG00000013629	r3hdm1	95	69.159	Ictalurus_punctatus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	69.355	ENSIPUG00000001676	R3HDM1	99	65.476	Ictalurus_punctatus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	69	58.929	ENSIPUG00000020552	arpp21	74	36.128	Ictalurus_punctatus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	94.425	ENSSTOG00000007572	R3HDM1	100	94.425	Ictidomys_tridecemlineatus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	94.774	ENSJJAG00000018208	-	100	94.774	Jaculus_jaculus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	56	75.439	ENSKMAG00000013373	-	86	75.439	Kryptolebias_marmoratus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	62.857	ENSLBEG00000027981	-	94	60.731	Labrus_bergylta
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	74.675	ENSLACG00000005334	R3HDM1	99	71.520	Latimeria_chalumnae
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	99	73.026	ENSLOCG00000001641	r3hdm1	100	66.091	Lepisosteus_oculatus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	99	92.139	ENSLAFG00000009065	R3HDM1	100	90.132	Loxodonta_africana
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	94.561	ENSMFAG00000030331	R3HDM1	100	94.828	Macaca_fascicularis
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	94.561	ENSMMUG00000009844	R3HDM1	100	86.328	Macaca_mulatta
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	94.561	ENSMNEG00000027793	R3HDM1	100	94.828	Macaca_nemestrina
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	94.561	ENSMLEG00000043189	R3HDM1	100	87.324	Mandrillus_leucophaeus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	65.188	ENSMAMG00000004532	r3hdm1	99	46.728	Mastacembelus_armatus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	62.876	ENSMZEG00005003157	r3hdm1	99	46.791	Maylandia_zebra
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	78.073	ENSMGAG00000012461	R3HDM1	100	73.100	Meleagris_gallopavo
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	98.606	ENSMAUG00000010315	R3hdm1	100	98.606	Mesocricetus_auratus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	94.142	ENSMICG00000005900	-	100	87.170	Microcebus_murinus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	93.724	ENSMICG00000042655	-	100	84.938	Microcebus_murinus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	98.258	ENSMOCG00000019833	-	100	98.258	Microtus_ochrogaster
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	81.410	ENSMODG00000000923	R3HDM1	97	77.831	Monodelphis_domestica
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	65.306	ENSMALG00000009000	r3hdm1	100	45.188	Monopterus_albus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	100.000	MGP_CAROLIEiJ_G0014543	R3hdm1	100	100.000	Mus_caroli
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	100.000	ENSMUSG00000056211	R3hdm1	100	100.000	Mus_musculus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	100.000	MGP_SPRETEiJ_G0015350	R3hdm1	100	100.000	Mus_spretus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	99	93.173	ENSMPUG00000002412	R3HDM1	100	88.282	Mustela_putorius_furo
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	99	92.251	ENSMLUG00000013824	R3HDM1	100	87.006	Myotis_lucifugus
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	95.122	ENSNGAG00000001313	-	100	95.122	Nannospalax_galili
MGP_PahariEiJ_G0027779	R3hdm1	100	93.724	ENSNLEG00000008622	R3HDM1	100	87.324	Nomascus_leucogenys
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