EuRBPDB

Description

RBDs

RBPome

Transcripts

Gene Model

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: YKL173W (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: SNU114
Alias: GIN10
Full Name: GTPase component of U5 snRNP involved in mRNA splicing via spliceosome%3B binds directly to U5 snRNA%3B proposed to be involved in conformational changes of the spliceosome%3B similarity to ribosomal translocation factor EF-2
Gene Type: protein_coding
Species: Saccharomyces_cerevisiae
Status: confidence
Strand: Plus strand
Length: 3027 bases
Position: chrXI:122517-125543
Accession: S000001656
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
YKL173W_mRNA	GTP_EFTU	PF00009.27	9.5e-37	1	1
YKL173W_mRNA	GTP_EFTU_D2	PF03144.25	2.7e-23	1	1
YKL173W_mRNA	EFG_IV	PF03764.18	2.6e-13	1	1

RNA binding proteome (RBPome)

PID	Title	Method	Time	Author	Doi
26595419	Conserved mRNA-binding proteomes in eukaryotic organisms	mRBPome & yeast	2015 Nov 23	Matia Gonzalez AM	DOI: 10.1038/nsmb.3128

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
YKL173W_mRNA	-	3027	-	YKL173W_mRNA	1008 (aa)	-	P36048

Gene Model

Click here to download YKL173W's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download YKL173W's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSG00000108883	EFTUD2	79	57.895	Homo_sapiens
YKL173W	SNU114	91	34.431	ENSAPOG00000002433	eftud2	97	33.863	Acanthochromis_polyacanthus
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSAMEG00000018390	EFTUD2	97	34.190	Ailuropoda_melanoleuca
YKL173W	SNU114	91	33.084	ENSACIG00000009096	eftud2	97	32.473	Amphilophus_citrinellus
YKL173W	SNU114	84	32.529	ENSAOCG00000023385	eftud2	96	32.262	Amphiprion_ocellaris
YKL173W	SNU114	91	34.538	ENSAPEG00000003321	eftud2	97	33.962	Amphiprion_percula
YKL173W	SNU114	91	34.431	ENSATEG00000000457	eftud2	97	33.764	Anabas_testudineus
YKL173W	SNU114	97	32.547	ENSAPLG00000011036	EFTUD2	97	32.842	Anas_platyrhynchos
YKL173W	SNU114	91	34.567	ENSACAG00000007637	EFTUD2	97	33.794	Anolis_carolinensis
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSANAG00000025320	EFTUD2	97	34.091	Aotus_nancymaae
YKL173W	SNU114	91	34.538	ENSACLG00000001296	eftud2	97	33.863	Astatotilapia_calliptera
YKL173W	SNU114	91	34.644	ENSAMXG00000000568	eftud2	97	33.959	Astyanax_mexicanus
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSBTAG00000013526	EFTUD2	97	34.190	Bos_taurus
YKL173W	SNU114	97	32.459	WBGene00001166	eftu-2	97	32.745	Caenorhabditis_elegans
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSCJAG00000012349	EFTUD2	97	34.091	Callithrix_jacchus
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSCAFG00000014065	EFTUD2	97	34.190	Canis_familiaris
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSCAFG00020009633	EFTUD2	97	34.190	Canis_lupus_dingo
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSCHIG00000011603	EFTUD2	97	34.190	Capra_hircus
YKL173W	SNU114	97	33.992	ENSTSYG00000013172	EFTUD2	97	34.190	Carlito_syrichta
YKL173W	SNU114	91	34.672	ENSCAPG00000014639	EFTUD2	97	34.190	Cavia_aperea
YKL173W	SNU114	91	34.672	ENSCPOG00000010566	EFTUD2	97	34.190	Cavia_porcellus
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSCCAG00000035302	EFTUD2	97	34.091	Cebus_capucinus
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSCATG00000035809	EFTUD2	97	34.091	Cercocebus_atys
YKL173W	SNU114	97	33.696	ENSCLAG00000014733	EFTUD2	97	33.992	Chinchilla_lanigera
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSCSAG00000003614	EFTUD2	97	34.091	Chlorocebus_sabaeus
YKL173W	SNU114	83	38.798	ENSCHOG00000010031	EFTUD2	84	44.526	Choloepus_hoffmanni
YKL173W	SNU114	97	33.465	ENSCPBG00000008904	EFTUD2	97	33.794	Chrysemys_picta_bellii
YKL173W	SNU114	97	34.356	ENSCING00000009372	-	97	34.120	Ciona_intestinalis
YKL173W	SNU114	97	33.922	ENSCSAVG00000004985	-	98	34.302	Ciona_savignyi
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSCANG00000026557	EFTUD2	97	34.091	Colobus_angolensis_palliatus
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSCGRG00001009904	Eftud2	97	34.091	Cricetulus_griseus_chok1gshd
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSCGRG00000003825	Eftud2	97	34.091	Cricetulus_griseus_crigri
YKL173W	SNU114	91	34.325	ENSCSEG00000016775	eftud2	97	33.664	Cynoglossus_semilaevis
YKL173W	SNU114	91	34.567	ENSCVAG00000012537	eftud2	97	33.927	Cyprinodon_variegatus
YKL173W	SNU114	91	34.644	ENSDARG00000012261	eftud2	99	35.036	Danio_rerio
YKL173W	SNU114	91	34.668	ENSDNOG00000008033	EFTUD2	97	34.089	Dasypus_novemcinctus
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSDORG00000011566	Eftud2	97	34.190	Dipodomys_ordii
YKL173W	SNU114	97	34.486	FBgn0039566	CG4849	97	34.289	Drosophila_melanogaster
YKL173W	SNU114	73	40.141	ENSETEG00000005678	EFTUD2	80	40.141	Echinops_telfairi
YKL173W	SNU114	72	39.286	ENSEBUG00000004047	-	94	34.301	Eptatretus_burgeri
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSEASG00005010321	EFTUD2	97	34.190	Equus_asinus_asinus
YKL173W	SNU114	97	33.829	ENSECAG00000019363	EFTUD2	90	34.226	Equus_caballus
YKL173W	SNU114	72	47.619	ENSEEUG00000011128	EFTUD2	78	47.619	Erinaceus_europaeus
YKL173W	SNU114	91	34.249	ENSELUG00000017169	eftud2	97	33.729	Esox_lucius
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSFCAG00000005466	EFTUD2	97	34.190	Felis_catus
YKL173W	SNU114	97	33.762	ENSFALG00000007551	EFTUD2	97	34.091	Ficedula_albicollis
YKL173W	SNU114	97	33.663	ENSFDAG00000013143	EFTUD2	97	33.992	Fukomys_damarensis
YKL173W	SNU114	91	34.672	ENSFHEG00000013479	eftud2	97	34.026	Fundulus_heteroclitus
YKL173W	SNU114	91	34.530	ENSGMOG00000014277	eftud2	97	33.728	Gadus_morhua
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSGALG00000000988	EFTUD2	97	34.091	Gallus_gallus
YKL173W	SNU114	91	34.461	ENSGAFG00000002263	eftud2	97	33.729	Gambusia_affinis
YKL173W	SNU114	91	34.325	ENSGACG00000009163	eftud2	97	33.764	Gasterosteus_aculeatus
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSGGOG00000012999	EFTUD2	97	34.091	Gorilla_gorilla
YKL173W	SNU114	91	34.538	ENSHBUG00000023546	eftud2	98	33.665	Haplochromis_burtoni
YKL173W	SNU114	97	33.564	ENSHGLG00000014497	EFTUD2	97	33.893	Heterocephalus_glaber_female
YKL173W	SNU114	97	33.564	ENSHGLG00100013432	EFTUD2	97	33.893	Heterocephalus_glaber_male
YKL173W	SNU114	91	35.201	ENSHCOG00000017689	eftud2	97	34.418	Hippocampus_comes
YKL173W	SNU114	91	34.534	ENSIPUG00000023182	Eftud2	97	34.055	Ictalurus_punctatus
YKL173W	SNU114	89	34.301	ENSSTOG00000012188	EFTUD2	97	33.069	Ictidomys_tridecemlineatus
YKL173W	SNU114	91	34.672	ENSJJAG00000018268	Eftud2	94	34.424	Jaculus_jaculus
YKL173W	SNU114	91	34.431	ENSKMAG00000021027	eftud2	97	33.863	Kryptolebias_marmoratus
YKL173W	SNU114	89	34.088	ENSLBEG00000005875	eftud2	99	33.333	Labrus_bergylta
YKL173W	SNU114	91	34.567	ENSLACG00000012918	EFTUD2	97	34.026	Latimeria_chalumnae
YKL173W	SNU114	91	34.750	ENSLOCG00000011460	eftud2	97	34.095	Lepisosteus_oculatus
YKL173W	SNU114	97	33.929	ENSLAFG00000015344	EFTUD2	97	34.091	Loxodonta_africana
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSMFAG00000042655	EFTUD2	97	34.091	Macaca_fascicularis
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSMMUG00000013118	EFTUD2	79	57.895	Macaca_mulatta
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSMNEG00000037895	EFTUD2	97	34.091	Macaca_nemestrina
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSMLEG00000032960	EFTUD2	97	34.091	Mandrillus_leucophaeus
YKL173W	SNU114	91	34.644	ENSMAMG00000022190	eftud2	98	34.062	Mastacembelus_armatus
YKL173W	SNU114	91	34.538	ENSMZEG00005022885	eftud2	97	33.863	Maylandia_zebra
YKL173W	SNU114	97	33.728	ENSMGAG00000010083	EFTUD2	97	34.024	Meleagris_gallopavo
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSMAUG00000021178	Eftud2	97	34.190	Mesocricetus_auratus
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSMICG00000016592	EFTUD2	97	34.091	Microcebus_murinus
YKL173W	SNU114	66	30.429	ENSMOCG00000017653	-	72	30.100	Microtus_ochrogaster
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSMOCG00000009039	-	97	34.091	Microtus_ochrogaster
YKL173W	SNU114	84	35.160	ENSMMOG00000020811	eftud2	96	34.892	Mola_mola
YKL173W	SNU114	97	33.597	ENSMODG00000011347	EFTUD2	97	33.893	Monodelphis_domestica
YKL173W	SNU114	84	34.518	ENSMALG00000014501	eftud2	96	34.208	Monopterus_albus
YKL173W	SNU114	97	33.664	MGP_CAROLIEiJ_G0017263	Eftud2	97	33.962	Mus_caroli
YKL173W	SNU114	97	33.664	ENSMUSG00000020929	Eftud2	97	33.962	Mus_musculus
YKL173W	SNU114	97	33.664	MGP_PahariEiJ_G0018393	Eftud2	97	33.962	Mus_pahari
YKL173W	SNU114	97	33.664	MGP_SPRETEiJ_G0018106	Eftud2	97	33.962	Mus_spretus
YKL173W	SNU114	99	33.237	ENSMPUG00000009136	EFTUD2	92	33.622	Mustela_putorius_furo
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSMLUG00000012164	EFTUD2	97	34.190	Myotis_lucifugus
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSNGAG00000017834	Eftud2	97	34.190	Nannospalax_galili
YKL173W	SNU114	91	34.538	ENSNBRG00000020081	eftud2	97	33.863	Neolamprologus_brichardi
YKL173W	SNU114	96	33.730	ENSNLEG00000005210	EFTUD2	96	34.057	Nomascus_leucogenys
YKL173W	SNU114	87	33.517	ENSMEUG00000015620	EFTUD2	93	32.991	Notamacropus_eugenii
YKL173W	SNU114	83	37.363	ENSOPRG00000016323	EFTUD2	89	36.095	Ochotona_princeps
YKL173W	SNU114	97	33.696	ENSODEG00000018041	-	97	33.992	Octodon_degus
YKL173W	SNU114	91	34.538	ENSONIG00000000912	eftud2	97	33.863	Oreochromis_niloticus
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSOCUG00000006879	EFTUD2	97	34.091	Oryctolagus_cuniculus
YKL173W	SNU114	91	34.644	ENSORLG00000003109	eftud2	97	33.797	Oryzias_latipes
YKL173W	SNU114	91	34.644	ENSORLG00020009865	eftud2	97	33.897	Oryzias_latipes_hni
YKL173W	SNU114	91	34.644	ENSORLG00015002611	eftud2	97	33.930	Oryzias_latipes_hsok
YKL173W	SNU114	97	33.696	ENSOGAG00000012918	EFTUD2	97	33.893	Otolemur_garnettii
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSOARG00000009078	EFTUD2	94	34.190	Ovis_aries
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSPPAG00000029450	EFTUD2	97	34.091	Pan_paniscus
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSPPRG00000010981	EFTUD2	97	34.190	Panthera_pardus
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSPTIG00000007703	EFTUD2	97	34.190	Panthera_tigris_altaica
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSPTRG00000009287	EFTUD2	97	34.091	Pan_troglodytes
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSPANG00000021284	EFTUD2	97	34.091	Papio_anubis
YKL173W	SNU114	93	32.344	ENSPSIG00000004505	EFTUD2	99	32.686	Pelodiscus_sinensis
YKL173W	SNU114	91	31.770	ENSPMGG00000007281	eftud2	97	31.369	Periophthalmus_magnuspinnatus
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSPEMG00000005129	Eftud2	97	34.091	Peromyscus_maniculatus_bairdii
YKL173W	SNU114	97	33.696	ENSPCIG00000015027	EFTUD2	97	33.893	Phascolarctos_cinereus
YKL173W	SNU114	91	34.461	ENSPFOG00000008515	eftud2	97	33.729	Poecilia_formosa
YKL173W	SNU114	91	34.461	ENSPLAG00000010393	eftud2	97	33.729	Poecilia_latipinna
YKL173W	SNU114	91	34.461	ENSPMEG00000005087	eftud2	97	33.729	Poecilia_mexicana
YKL173W	SNU114	97	33.730	ENSPPYG00000008320	EFTUD2	97	33.893	Pongo_abelii
YKL173W	SNU114	87	33.627	ENSPCAG00000000812	EFTUD2	93	33.094	Procavia_capensis
YKL173W	SNU114	97	33.597	ENSPCOG00000020029	EFTUD2	97	34.091	Propithecus_coquereli
YKL173W	SNU114	97	31.949	ENSPVAG00000016155	EFTUD2	97	32.344	Pteropus_vampyrus
YKL173W	SNU114	91	34.538	ENSPNYG00000012448	eftud2	97	33.863	Pundamilia_nyererei
YKL173W	SNU114	97	33.766	ENSPNAG00000012490	eftud2	97	34.260	Pygocentrus_nattereri
YKL173W	SNU114	91	34.538	ENSRNOG00000002818	Eftud2	97	33.797	Rattus_norvegicus
YKL173W	SNU114	91	34.672	ENSRBIG00000043255	EFTUD2	97	34.091	Rhinopithecus_bieti
YKL173W	SNU114	97	33.202	ENSRROG00000042925	EFTUD2	97	34.091	Rhinopithecus_roxellana
YKL173W	SNU114	97	33.893	ENSSBOG00000021892	EFTUD2	97	34.091	Saimiri_boliviensis_boliviensis
YKL173W	SNU114	91	34.461	ENSSHAG00000008134	EFTUD2	96	33.746	Sarcophilus_harrisii
YKL173W	SNU114	91	34.857	ENSSFOG00015023272	eftud2	97	34.328	Scleropages_formosus
YKL173W	SNU114	91	34.355	ENSSMAG00000010174	eftud2	97	33.696	Scophthalmus_maximus
YKL173W	SNU114	91	34.431	ENSSDUG00000022675	eftud2	97	33.863	Seriola_dumerili
YKL173W	SNU114	91	34.431	ENSSLDG00000001595	eftud2	97	33.863	Seriola_lalandi_dorsalis
YKL173W	SNU114	89	35.000	ENSSARG00000008664	EFTUD2	88	36.591	Sorex_araneus
YKL173W	SNU114	97	33.465	ENSSPUG00000010249	EFTUD2	97	33.696	Sphenodon_punctatus
YKL173W	SNU114	91	34.538	ENSSPAG00000016235	eftud2	96	33.863	Stegastes_partitus
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSSSCG00000017346	EFTUD2	97	34.190	Sus_scrofa
YKL173W	SNU114	81	33.567	ENSTGUG00000002065	EFTUD2	99	32.916	Taeniopygia_guttata
YKL173W	SNU114	91	34.325	ENSTRUG00000016422	eftud2	97	33.764	Takifugu_rubripes
YKL173W	SNU114	91	33.438	ENSTNIG00000005346	eftud2	97	32.940	Tetraodon_nigroviridis
YKL173W	SNU114	85	41.667	ENSTBEG00000011337	EFTUD2	91	41.667	Tupaia_belangeri
YKL173W	SNU114	88	33.297	ENSTTRG00000006230	EFTUD2	97	31.719	Tursiops_truncatus
YKL173W	SNU114	97	33.531	ENSUAMG00000000399	EFTUD2	97	33.793	Ursus_americanus
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSUMAG00000014323	EFTUD2	97	34.190	Ursus_maritimus
YKL173W	SNU114	74	31.572	ENSVPAG00000002748	EFTUD2	74	36.726	Vicugna_pacos
YKL173W	SNU114	97	33.794	ENSVVUG00000018113	EFTUD2	97	34.190	Vulpes_vulpes
YKL173W	SNU114	93	34.089	ENSXETG00000003394	eftud2	96	33.848	Xenopus_tropicalis
YKL173W	SNU114	80	34.170	ENSXCOG00000017309	eftud2	95	33.771	Xiphophorus_couchianus
YKL173W	SNU114	91	34.461	ENSXMAG00000008494	eftud2	97	33.729	Xiphophorus_maculatus